Rebelión
Los primeros dos años y medio de Carlos en España habían llevado al país al borde de la revuelta. No había impresionado particularmente a sus nuevos súbditos. Aún era joven y aún no había alcanzado la estatura de alguien que pudiera dominar por su presencia o encanto por su ingenio. Un año más tarde, escribiría sobre este período que «No tenía la edad suficiente para conocer estos reinos ni la experiencia suficiente para gobernarlos». Pocos días después de su partida estalló una rebelión en Castilla. Conocidas como la «Revuelta de los Comuneros», las principales ciudades resistieron a la autoridad real, expulsaron a los representantes de los reyes, hicieron más demandas que darían a las ciudades un mayor control sobre los impuestos y levantaron tropas para defenderse. Habiendo capturado Tordesillas, intentaron usar la autoridad de la madre de Carlos, la reina Juana, para dar legalidad a sus acciones. En septiembre de 1520, por consejo de Adriano, Carlos nombró corregentes a dos de los grandes más antiguos de Castilla, asegurando así el apoyo de la nobleza, y abandonó la idea de recaudar los nuevos impuestos. Poco a poco, los rebeldes perdieron su unidad de propósito, pero no fue hasta abril de 1521 que su ejército fue derrotado en Villalar. Solo en febrero de 1522 las tropas reales entraron en Toledo, la última ciudad que resistió.
Incluso antes de que Carlos abandonara el país, la violencia había estallado en Valencia. Esta revuelta fue causada por una compleja combinación de descontento social, agravios políticos y el brote de peste. El hecho de que Carlos no asistiera a las cortes de Valencia y el éxodo de la nobleza de las ciudades para evitar la peste dejaron un vacío de poder. Esto fue llenado por los gremios o hermandades (Germanias) a los que se les había dado el derecho de construir su propia milicia como defensa contra los ataques de los corsarios musulmanes a lo largo de la costa mediterránea. Las Germanias pudieron ocupar la mayoría de las ciudades valencianas y fueron particularmente hostiles a la nobleza y a los musulmanes, que constituían más del 20% de la población, viviendo principalmente en las fincas rurales de la nobleza. Los rebeldes causaron mucho daño a estas propiedades y en julio de 1521 derrotaron a una fuerza realista en la batalla de Gandía. A los musulmanes capturados se les dio la opción de convertirse al cristianismo o morir. Sin embargo, las crecientes divisiones entre los rebeldes y la comprensión entre los nobles de que para evitar el desastre necesitaban unir fuerzas con los realistas, permitieron gradualmente que las tropas leales a Carlos obtuvieran el control. En febrero de 1522 la revuelta había terminado y al año siguiente se llevaron a cabo cientos de ejecuciones, en contraste con la relativa indulgencia en Castilla, donde solo unas 50 personas habían sido ejecutadas o habían muerto en prisión.
Regresar y Establecerse
Antes de salir de España en 1520, Carlos había prometido que regresaría dentro de tres años y luego convertir a España en la «roca madre» de su imperio. A su regreso en julio de 1522, las revueltas habían sido derrotadas, pero el ambiente seguía siendo sombrío y la población aún no estaba convencida de que un rey extranjero escucharía sus quejas o respondería a sus necesidades. Pasó los siguientes ocho años en España y se dedicó a cumplir su promesa, asegurando su puesto aprendiendo el idioma, entendiendo sus costumbres y ejerciendo su autoridad. Todo esto no sucedió de la noche a la mañana, pero dejó en claro sus intenciones. Hablando a las cortes castellanas poco después de su regreso, dijo: «Ayer pedí fondos; hoy quiero su consejo». Señaló que: «Usted sabe que la costumbre había sido conceder esto (el servicio) primero; así fue bajo mis predecesores reales. Por qué tratar de establecer una innovación conmigo? Y dado que muchos males me han llevado a esta necesidad, ustedes, como súbditos buenos y leales, los remediarán cumpliendo con su deber como espero que hagan». En marzo de 1526 viajó a Sevilla para casarse con Leonor de Portugal. Visitaron Córdoba y Granada antes de regresar a Valladolid, donde en mayo de 1527 Leonor dio a luz a un heredero, Felipe.
España de hecho se convirtió en una parte vital de su imperio, proporcionando comandantes y tropas para sus ejércitos, trayendo lingotes de sus colonias en las Américas, permaneciendo fuertemente católico y mostrando más lealtad que la mayoría de sus otras tierras. En la última parte de su reinado escribió a su hermano Fernando sobre preocupaciones financieras y declaró que «no puedo ser sostenido excepto por mis reinos en España». Pero reconoció que todavía había considerables problemas diciéndole a Felipe cuando se convirtió en regente en 1543 que «Tendrás problemas suficientes para ganar dinero».i
