Secuencias de Genoma completo de Cinco Cepas de Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 y NCTC7511

ANUNCIO

Kocuria rosea es una bacteria cocoide grampositiva, aeróbica, no formadora de esporas, negativa a la oxidasa, positiva a la catalasa, que crece como colonias circulares, lisas y rosadas en agar nutriente. Este organismo se conoce tradicionalmente como saprófito y existe comúnmente en el entorno natural (suelo, agua y aire) (1). K. rosea es también un comensal de la piel humana y la orofaringe y es muy rara vez un patógeno humano, aunque debido a la posible identificación errónea y a que los micrococos se consideran contaminantes, su papel en la infección podría subestimarse (2). K. rosea ha sido descrito como un patógeno oportunista; se sabe que causa enfermedades relacionadas con dispositivos médicos en inmunocompetentes y en aquellos con afecciones subyacentes, y se ha implicado en casos aislados de infección del tracto urinario, bacteriemia, endocarditis y peritonitis en aquellos que se someten a diálisis peritoneal (3-6). Las técnicas de identificación fenotípica y bioquímica pueden no identificar correctamente a K. rosea, y se pueden requerir métodos de identificación basados en el genoma para construir una imagen más completa de la enfermedad causada por este organismo (2). Actualmente, solo hay tres secuencias genómicas preliminares disponibles para las cepas de K. rosea. Aquí, reportamos secuencias genómicas adicionales de cinco cepas depositadas en la Colección Nacional de Cultivos Tipo (NCTC). Tres de estos genomas se han ensamblado en un solo contig.

Debido a la naturaleza histórica de las cepas secuenciadas en este estudio, la disponibilidad de metadatos es limitada. Los registros del NCTC destacan que las cinco cepas fueron aisladas antes de 1949. En particular, todos ellos se enumeran en un estudio realizado en el NCTC a finales de la década de 1940, cuyo objetivo era proporcionar un sistema de clasificación ubicuamente útil para cocos aeróbicos grampositivos con catalasa positiva mediante el examen de 431 cepas en busca de características morfológicas, características bioquímicas y sensibilidad a dos bacteriófagos (7). También se sabe que NCTC7512, NCTC7514 y NCTC7528 formaron parte de la Colección Kral, una de las primeras colecciones de cultivos microbianos del mundo que funcionó desde 1890 hasta 1911.

Las cinco cepas de NCTC se recuperaron de ampollas liofilizadas, se cultivaron en agar nutritivo y se incubaron a 37°C durante 48 h. Se extrajo ADN genómico de los cultivos puros utilizando el kit midi Qiagen y una punta genómica de 100 / G (Manchester, Reino Unido). La secuenciación del genoma completo (WGS) se realizó utilizando la plataforma RS II de Pacific Biosciences (PacBio). El ADN fue cortado a 15 kb, seguido de la preparación de una biblioteca de 10 kb a 20 kb y la secuenciación utilizando química C4/P6.

Las lecturas de secuencia se ensamblaron utilizando HGAP v3 del software de análisis SMRT v2.3. 0 (8). La cobertura de pliegue a apuntar al elegir la longitud mínima del fragmento para el ensamblaje se estableció en 30, y el tamaño aproximado del genoma se estableció en 3 Mbp. El ensamblaje se circularizó utilizando el Circlator v1. 1.3 (9). Finalmente, se pulió el ensamblaje circularizado utilizando el protocolo PacBio RS_Resecuencing y Quiver v1 del software de análisis SMRT v2. 3.0. La anotación automatizada se realizó utilizando Prokka v1. 5 y una base de datos específica de género de RefSeq (10). Las estadísticas resumidas de los genomas de las cinco cepas se muestran en la Tabla 1.