Abstrakti
vaikka nisäkkäiden genomit ovat diploidisia, aiemmissa tutkimuksissa tutkittiin laajasti keskimääräisiä kromatiiniarkkitehtuureja ottamatta huomioon homologisten kromosomien välisiä eroja. Loimme Hi-c -, ChIP-seq-ja RNA-SEQ-tietokokonaisuuksia B6 -, Cast-ja hybridihiirten CD4 T-soluista tutkiaksemme diploidista kromatiinijärjestelyä ja epigeneettistä säätelyä. Tietojemme mukaan homologisten kromosomien väliset vuorovaikutusmallit ovat samankaltaisia, ja samankaltaisuus korreloi suuresti niiden alleelisten koekspressiotasojen kanssa. 3D-tuman rekonstruktio paljasti, että homologisten kromosomien etäisyydet tuman keskustaan ovat lähes samat. Kromosomien väliset interaktiot centromeerin päissä ovat huomattavasti heikompia kuin telomeerin päissä, mikä viittaa siihen, että ne sijaitsevat eri alueilla kromosomin alueiden sisällä. Suurin osa A / B-lokeroista tai topologisesti toisiinsa liittyvistä verkkotunnuksista (Tad) on yhdenmukaisia B6: n ja Cast: n välillä. Havaitsimme, että 58% hybridien haploideista säilyttää vanhempaislokerotilansa B6/Cast-poikkeavissa lokeroissa cis-vaikutuksen vuoksi. Noin 95% transfektoituneista B6 / Cast-osastoista yhtyy samaan lokerotilaan mahdollisesti jaetun soluympäristön vuoksi. Osoitimme eri tavoin ilmaistut geenit kahden haploidien välillä hybridissä liittyivät joko geneettisiin tai epigeneettisiin vaikutuksiin. Yhteenvetona, meidän multi-omics tietoja Hybridi hiiret tarjosi haploid – spesifistä tietoa 3D ydinarkkitehtuuri ja rikas resurssi edelleen ymmärtää epigeneettisen sääntelyn haploidispesifinen geenin ilmentymistä.
