Janet Gyatso on erikoistunut buddhalaiseen tutkimukseen keskittyen Tiibetin ja Etelä-Aasian kulttuuri-ja intellektuaaliseen historiaan. Hänen kirjojaan ovat muun muassa ”Apparitions of the Self: The Secret Autobiographies of a Tibetan Visionary”, ”in the Mirror of Memory: Reflections on Mindfulness and Remembrance in Indian and Tibet Buddhism” ja ”Women of Tibet”. Hän on äskettäin saanut valmiiksi uuden kirjan, ” Being Human in a Buddhist World: An Intellectual History of Medicine in Early Modern Tibet ” (Columbia University Press, 2015), joka keskittyy vaihtoehtoisiin varhaisiin nykyaikaisuuksiin ja konjunktioihin ja disjunktioihin uskonnollisten ja tieteellisten tietoteorioiden välillä tiibetiläisessä lääketieteessä kuudestoista–kahdeksastoista-luvuilla. Hän on kirjoittanut myös seksistä ja sukupuolesta buddhalaisessa luostarissa sekä buddhalaisuuden nykyisestä naisvihkimysliikkeestä. Aiempia oppineisuuden aiheita ovat olleet visionäärinen ilmoitus buddhalaisuudessa; sukujuuret, muisti ja tekijyys; kokemuksen filosofia; ja omaelämäkerrallista kirjoitusta Tiibetissä.
Gyatso oli International Association of Tibetan Studies-järjestön puheenjohtaja 2000-2006 ja American Academy of Religionin Buddhalaisuusjaoston toinen puheenjohtaja 2004-2010. Hän pitää luentokursseja ja syventäviä seminaareja buddhalaisesta historiasta, rituaaleista ja ideoista sekä tiibetiläisistä kirjallisista käytännöistä ja uskonnonhistoriasta. Sekä opetuksessa että kirjoittamisessa hän hyödyntää kulttuuri-ja kirjallisuusteoriaa ja pyrkii laajentamaan buddhalaisen ja tiibetiläisen historian ymmärtämisen älyllisten voimavarojen kirjoa. Hän on jäsenenä Faculty of Arts and Sciences ’ Committee on the Study of Religion, Department of East Asian Languages and Civilizations, ja Committee on Inner Asian and Altaic Studies, ja on aktiivinen osallistuja Harvard Buddhist Studies Forum. Hän on myös mukana kehittämässä uutta rataa buddhalaisten maallikkoministerien ja johtajien kouluttamiseksi master of divinity-ohjelmassa Harvard Divinity Schoolissa (HDS).
Gyatso opetti Amherst Collegessa ennen kuin tuli Harvardiin Jumaluuskoulun ensimmäisenä Hersheyn buddhalaisen tutkimuksen professorina. Heinäkuussa 2014 hänestä tuli HDS: n tiedekunnan ja akateemisten asioiden apulaisdekaani.
