Keskiaika
japanilaisen filosofian keskiaikainen vaihe ulottui 1100-luvun lopulta 1500-luvulle, yhteiskunnallisen ja poliittisen mullistuksen aikakaudelle. Aristokratian vallan hajottua ja samurailuokan noustua poliittiseen ja sotilaalliseen valta-asemaan klassiselle kaudelle niin keskeinen hovielämä menetti viehätyksensä. Jouduttuaan toistuvaan sodankäyntiin ja epätavallisten Luonnonkatastrofien sarjaan monet japanilaiset menettivät kiinnostuksensa shingonin ja Tendain kosmisiin näkyihin. He toivoivat sen sijaan uskonnollista filosofiaa, joka suuntaisi rauhaisan jokapäiväisen elämän viettämiseen maailmassa, josta oli tullut yhä levottomampi. Buddhalaiset sirpaleryhmät (esimerkiksi Pure Land, Zen ja Nichiren) juurtuivat vakiintuneiden instituutioiden ulkopuolelle.
Asuka-en, Japani
Kamakura-kaudella (1185-1333)—jolloin Japaniin perustettiin feodalismi, shōgunaatti (sotilasdiktatuuri) ja samuraisoturiluokka-Uudet buddhalaiset koulukunnat yhdistyivät useiden ajattelijoiden ympärille, joihin kuuluivat Hōnen (1133-1212), Shinran (1173-1263), Dōgen (1200-53) ja Nichiren (1222-82). Hōnen ja Shinran, jotka olivat japanilaisen buddhalaisuuden kahden tärkeimmän Puhtaan maan muodon perustajia, analysoivat ihmisen heikkoutta ja tarvetta luottaa Amida Buddhan, valon Buddhan, lunastusvoimaan, joka lupasi uskollisille uudestisyntymisen puhtaassa maassa. Dōgen käytti Zen-meditaatiota keinona analysoida tietoisuuteen ja itseen liittyviä filosofisia ongelmia. Nichiren ylisti omistautumisen voimaa Lootussutralle ja sen ihannetta bodhisattvasta eli ”tulevasta Buddhasta.”Tämän käytännön tueksi hän laati historianfilosofian ja muiden buddhalaisten koulukuntien kritiikin.
erimielisyyksistään huolimatta Kamakura-filosofit jakoivat huolensa buddhalaisen käytännön yksinkertaistamisesta ja sen saattamisesta kaikkien yhteiskuntaluokkien maallikoiden ulottuville. Nykyäänkin useimmat Japanin buddhalaiset harjoittavat Kamakura-kaudella kehitettyjä uskonnollisen elämän muotoja. Näiden ajattelijoiden filosofiat vaikuttavat edelleen myös moniin japanilaisiin kulttuurioletuksiin. Zen ei keskittynyt kuriin keinona valaistumiseen vaan itsetarkoituksena, kun taas puhdas maakritiikki henkisestä itseluottamuksesta vahvisti epäluottamusta käsitykseen itsestä eristettynä egona. Japanilaiset esteettiset teoriat kehittyivät edelleen keskiajalla ja heijastivat yhä enemmän buddhalaisia teemoja irrallisuudesta, tiukasta praksiksesta ja arjen juhlimisesta. Keskiajalla Shintōn ajattelu ja käytäntö sulautuivat oleellisesti buddhalaiseen uskonnolliseen hegemoniaan. Kungfutselaisen filosofian kriittistä kehitystä ei tänä aikana juurikaan tapahtunut.
