Lathrop kävi Vassar Collegea valmistuen vuonna 1880. Seuraavat 10 vuotta hän työskenteli isänsä lakitoimistossa ja kiinnostui erilaisista uudistusliikkeistä. Vuonna 1890 hän muutti Chicagoon ja liittyi Jane Addamsin kanssa vastaperustettuun Hull Housen siirtokuntaan. Heinäkuussa 1893 Kuvernööri John P. Altgeldin nimityksestä hän otti paikan Illinoisin hyväntekeväisyysjärjestön johtokunnassa. Se oli hänen ensimmäinen tilaisuus toteuttaa sellaista vaivalloista, yksityiskohtainen, ja intohimoisesti omistettu työtä, joka tulisi luonnehtimaan hänen uransa. Lathrop aloitti välittömästi henkilökohtaisen tarkastuksen kaikkiin osavaltion 102 maakunnalliseen almshouseen ja maatilaan. Hän keskeytti, että työtä talvella 1893-94 tehdä tarkastus county charity laitokset Cook county. Hänen karut kuvauksensa Cook Countyn sairasosastosta, turvapaikasta ja muista laitoksista painettiin lukuna Hull-House Maps and Papers – julkaisussa (1895). Lathropia häiritsi erityisesti psyykkisesti sairaiden kohtelu, sillä heidät heitettiin usein ruumiillisesti sairaiden sekaan, eikä nuorten ja vanhojen erottamiseen ollut varauduttu. Tarkastuksista lähtien hän oli vahva mielisairaiden ulkopuolisen hoidon puolestapuhuja, ja myöhemmin, vuonna 1909, hänestä tuli Clifford W. Beersin National Committee for Mental Hygiene-komitean jäsen. Vuonna 1901 hän erosi Illinois Board of Charities vastalauseena heikkolaatuisia esikunnat useimmat laitokset sen alaisuuteen. Hän toimi uudelleen johtokunnassa vuodesta 1905, kunnes vuonna 1909 hyväksyttiin hänen suunnitelmansa sen uudelleenjärjestelystä.
Lathrop ’ s intressi ongelmaan löytää koulutettua henkilökuntaa julkisiin laitoksiin johti hänet Graham Taylorin kanssa organisoimaan Chicago Institute of Social Sciencea 1903-04. Hän luennoi säännöllisesti koulussa, joka pian nimettiin uudelleen Chicago School of Civics and Philanthropy, ja vuonna 1907, avustaa Sophonisba Breckinridge, hän perusti tutkimusosaston ja palveli vuoden sen johtaja. Hän jatkoi koulun edunvalvojana, kunnes siitä tuli Chicagon yliopiston School of Social Service Administration vuonna 1920. Hän oli aktiivinen myös muilla aloilla: vuonna 1899 hän osallistui Lucy Flowerin kanssa kampanjaan, joka varmisti maailman ensimmäisen nuorisotuomioistuinjärjestelmän luomisen Cookin piirikunnassa. Vuonna 1908 hän muodosti Breckinridgen ja Grace Abbottin kanssa siirtolaisten Suojeluliiton.
vuonna 1912 presidentti William Howard Taft nimitti Lathropin vastaperustetun Yhdysvaltain lasten työ-ja kauppaministeriön (Department of Commerce and Labor) viraston johtoon. Hän oli ensimmäinen nainen, joka johti lakisääteistä liittovaltion virastoa presidentin nimittämisen yhteydessä senaatin suostumuksella. Rajallisella budjetilla ja henkilökunnalla hän ryhtyi ensin tutkimaan lapsikuolleisuutta ja laati suunnitelman yhdenmukaisesta syntymärekisteröinnistä. Viraston myöhemmät tutkimukset keskittyivät lapsityöhön, äitien eläkkeisiin, aviottomuuteen, nuorisorikollisuuteen, ravitsemukseen ja kehitysvammaisten hoitoon. Keating-Owen Child Labor Act-lain tultua voimaan vuonna 1916 FBI: n sisälle perustettiin Lapsityöosasto valvomaan sitä, ja Lathrop toi vanhan työtoverinsa Abbottin johtamaan jaosta. (Laki julistettiin perustuslain vastaiseksi vuonna 1918, samoin vuoden 1919 toinen laki vuonna 1922.) Ensimmäisen maailmansodan aikana virasto otti lisävastuita varusmiesten ja työssäkäyvien äitien lapsista ja muista asioista. Vuosina 1918-19 Lathrop toimi myös valtakunnallisen sosiaalityön konferenssin puheenjohtajana.
Lathrop kampanjoi myös ankarasti Sheppard-Towner Actin puolesta tarjoten osavaltioille liittovaltion varoja äitiys – ja vauvanhoitoohjelmiin, mikä hyväksyttiin pian hänen erottuaan terveydellisistä syistä vuonna 1921. (Häntä seurasi Abbott.) Vuodesta 1922 hän asui Rockfordissa, Illinoisissa. Samana vuonna hänet valittiin Illinois ’ n naisäänestäjien liiton puheenjohtajaksi, ja samana vuonna hänet nimitettiin presidentin komissioon, joka tutki oloja Siirtolaisasemalla Ellis Islandilla New Yorkissa. Hän kirjoitti artikkeleita eri aikakausjulkaisuihin ja a chapter to the Child, the Clinic, and the Court (1925). Vuosina 1925-1931 hän toimi Kansainliiton Lastensuojelutoimikunnan arvioijana.
