1610-luvun puolivälissä šaahi Abbas I uudisti pyrkimyksensä liittää Georgia täydellisemmin Safavidien valtakuntaan ja alisti Kakhetin toistuviin hyökkäyksiin vuosina 1614, 1615 ja 1616. Georgialaisten kapinoiden ja iranilaisten kostotoimien sarjassa tapettiin 60-7000 ihmistä ja yli satatuhatta Kakhetilaista talonpoikaa karkotettiin väkisin Iraniin. Kakhetin väkiluku laski kahdella kolmasosalla; aikoinaan kukoistaneet kaupungit, kuten Gremi ja Zagemi, kutistuivat merkityksettömiksi kyliksi; maatalous taantui ja kaupankäynti pysähtyi.: 50-51 vuoteen 1648 mennessä väsymätön Taimuraz oli lopulta karkotettu Kakhetista. Safavidien hallitus tiukensi Kontrolliaan Kakhetissa, toteutti politiikkaa, jossa alkuperäisväestö korvattiin paimentolaisilla turkkilaisilla heimoilla. Samaan aikaan dagestanilaiset vuorikiipeilijät alkoivat hyökätä ja asuttaa Kakhetian marchlandeja.
vuonna 1659 Kakhetilaiset järjestivät yleisen kapinan, joka teki tyhjäksi Safavidien suunnitelmat sijoittaa kymmeniätuhansia Turkomaaneja Kakhetiin. Kakheti pysyi kuitenkin Iranin poliittisessa kontrollissa; kansannousun kolme aristokraattista johtajaa antautuivat ja teloitettiin. Joitakin vuosia myöhemmin Kartlin Muslimikuningas Vakhtang V Šah-Nawaz onnistui saamaan šaahilta luvan asettaa poikansa Archilin kuninkaaksi/valiksi Kakhetiin. Jonkin aikaa itäisen Georgian kaksi kuningaskuntaa olivat käytännöllisesti katsoen Yhdistyneet šaahi-Nawazin ja hänen poikansa johdolla, ja seurasi suhteellisen rauhan aika. Tehden Telavin Kaupungista pääkaupunkinsa iranilaisten valtausten raunioittaman Gremin tilalle Archil ryhtyi toteuttamaan jälleenrakennusohjelmaa. Lupaava tilanne jäi kuitenkin lyhytaikaiseksi. Archilin valtaannousu Kakhetiin merkitsi alkua kahden Bagrationi – haaran-Mukhranin, johon Archil kuului, ja Kakhetin huoneen-väliselle kilpailulle, joka riistettiin kruunusta Teimuraz I: n persoonassa.tämä jälkimmäinen talo onnistui lopulta islamiin luopumisensa kustannuksella palauttamaan itsensä vuonna 1703 ja hallitsi siitä lähtien Safavidisisarainiensa mielihyvästä. Tästä ei kuitenkaan ollut juurikaan hyötyä,ja dagestanilaiset valtasivat valtakunnan jatkuvasti.
vuosina 1724-1744 Kakheti joutui perättäisten Osmanien ja iranilaisten miehitysten kohteeksi. Kakhetilaisen ruhtinaan Teimuraz II: n Iranin Nader Šahille suorittama palvelus taistelussa osmaneja vastaan johti kuitenkin siihen, että Kakhetin Iranin hoville vuonna 1743 maksama raskas vero mitätöitiin. Palkinnoksi uskollisuudestaan Nader myönsi Kartlin kuninkuuden vuonna 1744 Teimuraz II: lle ja Kartlin kuninkuuden pojalleen Erekle II: lle. molemmat hallitsijat kruunattiin kristillisen perinteen mukaisesti vuonna 1745. He käyttivät hyväkseen Naderin salamurhaa vuonna 1747 seurannutta sekasortoa Iranissa ja vakiinnuttivat asemansa käytännössä itsenäisinä hallitsijoina. Heidän hallintonsa auttoi vakauttamaan maata; talous alkoi elpyä ja dagestanilaisten hyökkäykset vähenivät, mutta eivät hävinneet. Kun Teimuraz kuoli 8. tammikuuta 1762, Erekle seurasi häntä ja yhdisti näin Itä-Georgian yhdeksi valtioksi ensimmäistä kertaa lähes kolmeen vuosisataan Kartli-Kakhetin kuningaskunnan muodossa.
