Kekkei genkai (血継限界; kirjaimellisesti ”tekniikka, joka on rajoitettu veren kautta tapahtuvaan perintöön” tai ”verilinjan raja”) ovat kykyjä, jotka periytyvät geneettisesti tietyissä klaaneissa. Ninjalla voi olla useampi kuin yksi näistä kyvyistä. Käyttäjän silmän kautta toimivia kekkei genkai-kykyjä kutsutaan dōjutsuksi. Muita kekkei genkaita ovat yhdenlaisen elementaalisen chakran sekoittaminen toiseen, jolloin luodaan uusi, käyttäjille ainutlaatuinen chakra, mikä on normaalille ninjalle yleensä mahdotonta.
Kekkei genkaita ja niihin liittyviä tekniikoita ei voi opettaa tai kopioida muille. Kekkei genkaita voi kuitenkin antaa muillekin. Yhteen elimeen eristetty dōjutsu eli muu kekkei-genkai voidaan siirtää toisen elimeen. Näiden elinten käyttö vaatii paljon enemmän chakraa kuin kekkei genkain kanssa syntyneeltä. Chakra-elementtejä voidaan siirtää myös klaanin ulkopuolisille ihmisille käymällä läpi DNA: n uudelleenmuokkaus Vapautustekniikan hankkimiseksi. Mutta ihmiset, jotka osaavat käyttää sitä, eivät olisi läheskään yhtä voimakkaita kuin alkuperäinen harjoittaja.
vaikka kekkei-genkain suku on yleensä geneettisesti jaettu tietyn klaanin sisällä, joskus se on vain yhdelle henkilölle, eivätkä edes suvun sukulaiset jaa sitä. Kuitenkin muita kekkei genkaita näyttää esiintyvän henkilöillä, joilla ei ole tunnettua sukulaisuutta, kuten Lava Release, joka on esiintynyt ninjassa Kirigakuresta, Iwagakuresta ja Kumogakuresta, kun taas Magnet Release, joka on esiintynyt ninjassa sekä Kumogakuresta että Sunagakuresta.
