Khizr Khoja nousi Mogulistanin valtaistuimelle Timurin kukistettua Qamar-ud-din Khan Dughlatin vuonna 1390.
Mirza Muhammad Haidar Dughlatin Tarikh-I-Rashidi kertoo, että Tughluk Timur Khánin nuorin poika oli Khizir Khwája Khán, ja että kun hän vielä oli äitinsä rintaa vasten, Amir Khudádin Äiti Mir Ághá pelasti hänet kamaruddinin julmuudelta ja vihollisuudelta. Kun lapsi saavutti kaksitoista vuotta, hänen ystävänsä, jotka yhä pelkäsivät Amir Kamaruddinia, veivät hänet Káshgharista.
Amir Khudáidád halusi lähettää muutaman luotettavan miehen mukaansa, mutta Mir Ághá vastusti tätä suunnitelmaa sanoen: ”Älä lähetä yhtään omaa palvelijaasi, sillä kun pojasta tulee Khán, pohjasyntyisistä ihmisistä tulee vaikutusvaltaisia, ja silloin he osoittautuvat vihollisiksi itsellesi ja lapsillesi. He kuvittelevat, että kansa ei kunnioita heitä riittävästi, vaan sanovat keskenään: ’nämä ovat vain palvelijoita.’Lähettäkää tästä syystä mieluummin muita kuin omia palvelijoitanne-lähettäkää muukalaisia.”Niin lähetettiin kaksitoista miestä, ja jokaisesta tuli lopulta Amir. Monet heidän jälkeläisistään ovat nyt elossa. Heidän joukossaan oli Arjirák, josta polveutuvat Itárjin Amirit; Khwárizmin Tájri, josta polveutuivat Kunjin Amirit; kun taas toinen oli chálish Siádin heimosta ; ja hänen pojistaan tuli myös Kushjin tyylisiä Amireja, mutta heitä kutsutaan myös Kukildáshiksi.
he valtasivat Khizir Khwája Khánin Badakhshánin ja Káshgharin välissä sijaitseville kukkuloille. Kamaruddinin vakoojat saivat kuitenkin tiedon hänen piilopaikastaan, joten hän hylkäsi sen ja pakeni Khotanin kukkuloille. Löytöä peläten hän jatkoi Sárighin Uiguuriin, Jurjániin ja Lob Katakiin, jossa hän pysyi kaksitoista vuotta. Kamaruddinin kuoltua Khizir Khwája Khánia alettiin etsiä ja Amir Khudáidád lähetti hakemaan häntä piilopaikastaan. Khudáidád kutsui kansan heti koolle ja nosti hänet Khánshipiin. Näin Khánin loisto valaisi mogulien suvereniteettia niin, että mogulistánin asiat kukoistivat. Tämän jälkeen Khán solmi rauhan Amir Timurin kanssa, joka liittoutui hänen kanssaan naimalla tavakkul Khánimin, kuninkaallisen Haramin neidon.
