perinteinen eteläafrikkalaisten Khoisan-kielten kieliluokitus jakaa ne kolmeen keskenään toisiinsa varsinaisesti liittymättömään ryhmään: pohjoiseen, keskiseen ja eteläiseen. Tansanian sandawella on etäinen suhde Keskusryhmään, mutta Hadzan paikka jopa suhteessa Sandaween on aina ollut epäselvä, ja Lounais-Angolassa sukupuuttoon kuolleen Namiben (entinen Moçâmedes) kielen Kwadin asema on edelleen epävarma. Kwadi saattaa olla hyvin etäistä sukua Khoe-ryhmälle. Kunkin ryhmän sisällä tavataan enemmän tai vähemmän läheistä sukua olevia kieliä ja murteita, joilla on tunnusomaisia kieliopillisia tai leksikaalisia piirteitä, mutta ryhmien välillä on selviä kielellisiä eroja. Kielten tarkemmassa alajakossa maantieteelliset adjektiivit korvataan ”persoonan” nimillä jokaisessa suuressa kieliryhmässä siten, että Ju korvaa pohjoisen, Khoe Keski-ja !Kwi ja Taa laajenevat etelään.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Anthony Traillin luvalla; ©1997 the Department of Linguistics, University of Witwatersrand, Johannesburg, S.Af.
Anthony Traillin luvalla; ©1997: the Department of Linguistics, University of Witwatersrand, Johannesburg, S.Af.
Anthony Traillin luvalla; ©1997 the Department of Linguistics, University of Witwatersrand, Johannesburg, S.Af.
Ju-murteita !Xũ: ää, Ju | hoãta ja ǂKx ’AU ǁ’ eĩ: tä puhuu noin 11 000 ihmistä pääasiassa Namibian koillisosassa ja viereisissä Ngamimaan osissa Botswanassa; puhujia voi olla myös Etelä-Angolassa. Khoe-kielet—erityisesti Khoekhoe-ryhmä, joka koostuu Namibian Namasta (viralliselta nimeltään Khoekhoegowab), jolla on noin 230000 puhujaa, ja !Etelä-Afrikan Ora ja Gri (molemmat kuolleet sukupuuttoon) ovat runsaslukuisimpia. Suurin osa jäljellä olevista ei-Khoekhoe-ryhmän (NKK) kielistä ja murteista, joita on yhteensä noin 66 000 puhujaa, löytyy koko länsi -, keski-ja Pohjois-Botswanasta. Niin sanotuista läntisistä NKK-kielistä Naroa puhutaan lännessä (muutamia puhujia Namibian lähialueilla), | Guita ja ǁganaa puhutaan Länsi-Keski-alueella ja bugaa ja ǁania pohjoisessa Okavangon suistossa. (Kxoe, joka on läheistä sukua jälkimmäiselle, esiintyy Caprivin kaistaleella Namibiassa ja Kwandojoen varrella Kaakkois-Angolassa.) Shua-ja Tshua-kieliryhmiä puhutaan Botswanan itäosissa. Eteläryhmän Taa-murteet, jotka koostuvat läheistä sukua olevista muunnoksista !Xóõ, puhutaan alle 2500 ihmistä Lounais-Botswanassa (klikkaa tästä saadaksesi äänileikkeen !Xóõn kieli). Sukupuuttoon kuolleet !Etelä-Afrikassa puhuttiin Kwi: n eteläryhmän murteita, kuten | Xam, ǁXegwi, ǁNg ja |’Auni; of !Kwi-murteita, vain ǂkhomania puhuu edelleen muutama henkilö Pohjois-Kapin provinssissa (klikkaa tästä saadaksesi äänileikkeen ǂkhomanin kielestä). ǂHuã, kaakkoisbotswanan kieli, jolla on alle 100 puhujaa, jakaa piirteitä sekä Etelä-että Ju-ryhmien kanssa. Itä-Afrikassa Sandawea puhuu 70 000 ihmistä Tansaniassa Dodoman luoteispuolella ja Hadzaa noin 800 ihmistä Pohjois-Keski-Tansaniassa lähellä Eyasi-järveä. Klikkaa tästä saadaksesi / Gui-kielen äänileikkeen ja tästä Ju-klipsin.
hypoteesi kaikkien näiden kielten välisestä geneettisestä suhteesta johtaa postulaatioon makro-Khoisan-suvusta, joka on esitetty sukupuun muodossa. Katkoviiva, joka yhdistää Hadzan juureen, kuvastaa epävarmuutta sen kuulumisesta perheeseen, ja Sandawen ja Kwadin erillisten haarojen linjaaminen Khoe-ryhmän rinnalle mahdollistaa mahdollisen mutta etäisen yhteyden näiden haarojen välillä. Todisteet geneettisesti sukua olevien eteläafrikkalaisten Khoisan-kielten alaryhmästä puussa ovat kuitenkin hyvin ohuita ja laadultaan niin epätasaisia, että makro-Khoisan-suvun todellisuus on kyseenalaistettu. Khoisan-kielten pääryhmien välillä sovelletut perinteiset kielelliset vertailumenetelmät eivät ole tuottaneet säännöllisiä äännevastauksia, jotka mahdollistaisivat yhteisten juurten rekonstruoinnin; ja kieliopillisen rakenteen yhteiset innovaatiot, joita pidetään parhaana todisteena kielellisten suhteiden postuloimisesta, puuttuvat turhauttavasti. 
– taulukko havainnollistaa tätä ongelmaa muutamalla perussanalla pääalaluokista. Ylitsepursuava vaikutelma syntyy ryhmien välisistä radikaaleista eroista. Puhvelia tarkoittava sana osoittaa Sandawen yhteyden Khoe-ryhmään, mutta Ju-kielessä vastaava muoto on mitä luultavimmin lainattu viereisestä Khoe-kielestä eikä peritty muoto yhteiseltä esi-isältä. Samankaltaisuus Khoe ja !Xóõ muodostaa ”juoda” – ja ”nauraa” – muodot, joissa vihjataan vokaalien ja konsonanttien mahdollisista äännevastauksista, mutta tämä yhtäläisyys ei ulotu muihin näiden kahden ryhmän sanoihin. Yhtenevät erot ju muotoja ’juoda’ ja ’nauraa’ toisaalta ja Khoe/!Xóõ-muodot ovat toisaalta kiehtovia, mutta koska ne eivät yleisty, ne jäävät vain ärsyttäviksi. Viime kädessä kielelliset vertailut ovat johtaneet aivan liian vähäisiin järkeviin vastaavuuksiin, jotta kielten välille olisi voitu luoda Turvalliset perhesuhteet.
erilainen lähestymistapa kielisidonnaisuuden tutkimiseen liittyy sanojen massavertailuun eri ryhmien kielten välillä. Sallimalla jonkin verran joustavuutta merkitysten ja sanojen yhdistämisessä sen sijaan, että vaadittaisiin läheisiä semanttisia vastaavuuksia ja äänenmuutossääntöjä, tämä tekniikka on tuottanut joitakin vihjailevia yhtäläisyyksiä, ja muutama niistä on jopa ulottunut Khoisan-kielten ulkopuolelle Niger-Kongo-perheen kieliin. Kun tällaisissa tapauksissa Khoisan sanoja vastaa nonclicks Niger-Kongo sanoja, hankala ongelma click genesis ja click loss syntyy. On mahdollista, että se, ettei Khoisan kielisuhteita pystytä osoittamaan vakuuttavasti, johtuu konventionaalisten ja muiden vertailevien menetelmien rajoituksista tunkeutua ryhmiä erottavaan suureen aikasyvyyteen.
