useat hallituksen viranomaiset ovat pitäneet sitä Israelin saastuneimpana jokena, ja se on ollut kiistan kohteena kamppailusta veden laadun parantamiseksi. Saastuminen johtuu osittain siitä, että lähistöllä sijaitsevat kemiantehtaat saastuttavat elohopeaa, muita raskasmetalleja ja orgaanisia kemikaaleja päivittäin yli 40 vuoden ajan.
vuonna 2000 väitettiin, että joessa on enemmän kemikaaleja kuin vettä ja että käsien peseminen joessa voi aiheuttaa vakavia kemiallisia palovammoja. Useita kertoja tämä joki (tai pikemminkin petrokemiallisen jätteen laikkuja siinä) on syttynyt tuleen kemiallisten epäpuhtauksien vuoksi. Histadrutin sillan alapuolella (valtatie 4) petrokemian teollisuuden vyöhykkeen ohitettuaan pH oli suurimman osan ajasta 3 tai sen alapuolella vuonna 2001.
vuonna 2002 tehdyssä tutkimuksessa todettiin, että kolmen tunnin altistuminen Kisonjoen vedelle aiheuttaa kirjolohen maksasoluissa DNA-vaurioita, mikä oli keskimäärin kolminkertaista saastuttamattomaan veteen verrattuna. Erityisesti Kisonin alajuoksulla petrokemian teollisuusalueen alapuolella oli selvästi kohonnut genotoksinen potentiaali.
vuonna 2000 tehty jokiveden analyysi paljasti klooriyhdisteitä puhdistamoiden, kunnallisen jätevedenpuhdistamon ja Haifa Chemicalsin lannoitetehtaan päästöissä. Karmelin olefiini-ja Haifan Kemikaalitehtaiden päästöissä oli raskasmetalleja. Yläjuoksun vesistöön saattaa sekoittua myös kotitalousjätteistä ja maatalouden valumista peräisin olevia genotoksisia aineita, jotka sisältävät torjunta-aineita ja lannoitteita. Kotitalousjätteissä yleensä esiintyviin voimakkaisiin genotoksiineihin kuuluvat myös N-nitrosoyhdisteet ja aromaattiset amiinit, joita tiedetään esiintyvän ihmisten saniteettipäästöissä, sekä yhdyskuntapäästöissä esiintyvät genotoksiset PAH-yhdisteet.
4. tammikuuta 2016 alkaen; 1000000 kuutiometriä vuodessa juomavettä lisätään Kishon-jokeen, & oli alentunut suolojen, nitraattien, & fosfaattien pitoisuudet, yli 50%. Tämä virtaus korvataan Jisreelin laakson lähteillä, koska niiden virtaus poistetaan kastelusta.
CleanupEdit
vuonna 2012 Israelin Ympäristönsuojeluministeriö käynnisti tarjouskilpailun Kishon-joen puhdistamiseksi hankkeessa, joka maksoi 220 miljoonaa euroa. Suuri osa hankkeen rahoituksesta tuli saasteista vastaavilta yrityksiltä. Kanadalainen EnGlobe Corp. aloitti vuonna 2012 työt joen puhdistamiseksi. Puhdistushankkeen on määrä valmistua vuonna 2015.
Shayetet 13Edit
koska 2001, havaittiin, että Shayet 13 veteraanit oli korkea esiintyminen syöpä, luultavasti johtuu koulutuksen saastunut Kishon River ja Haifa Bay. Asiaa tutkinut komissio ei löytänyt tilastollista näyttöä siitä, että kishonissa Sukeltaminen olisi aiheuttanut syövät. Komission havainnoista huolimatta puolustusministeri Shaul Mofaz päätti kuitenkin maksaa korvauksia sukeltajien perheille.
