日本語で表示
maaperän actinomycete kocuria Rhizophila on kokkoidinen grampositiivinen bakteeri. Se kuuluu micrococcaceae-heimoon alaheimossa Micrococcineae, joka on poikkeava bakteeriryhmä, josta on tällä hetkellä saatavilla vain vähän genomitietoa. Tyypin kanta K. rhizophila (DSM 11926T) eristettiin kapealehtikissan (Typha angustifolia) rhizosfääristä. Kocuria-suku syntyi ”Micrococcus” – suvusta ”Micrococcus” – suvun fylogeneettisen ja kemotaksonomisen dissektion pohjalta. Kocuria-suvun jäsenet eristettiin monista luonnollisista lähteistä, kuten nisäkkäiden ihosta, maaperästä, rhizosfääristä, fermentoiduista elintarvikkeista, kliinisistä näytteistä, makeasta vedestä ja merisedimenteistä. K. rhizophila ATCC 9341, aiemmin Micrococcus luteus, on nimetty laadunvalvontakannaksi useissa sovelluksissa, mukaan lukien herkkyysmääritykset erilaisille antibiooteille. K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) on johdettu IFO 12708: sta ja sitä on luonnehdittu kannaksi, joka sietää hyvin monenlaisia orgaanisia liuottimia. Pieni genomikoko, kyky kasvaa nopeasti ja suurella solutiheydellä sekä solujen kestävyys erilaisissa kasvuolosuhteissa olisivat erittäin edullisia bakteerien biokonversiojärjestelmän kehitykselle, jota voitaisiin käyttää ankarissa olosuhteissa, kuten orgaanisissa liuottimissa.
K. rhizophila dc2201: n (= NBRC 103217) perimän sekvensointi ja merkintä paljasti yhden kehämäisen kromosomin (2 697 540 bp; G+C-pitoisuus 71, 16%), joka sisälsi 2 356 ennustettua proteiinia koodaavaa geeniä. Suurin osa ennustetuista proteiineista (87.7%) olivat ortologisia aktinobakteerien proteiineille, ja genomissa oli melko hyvä syntenia taksonomisesti samankaltaisten aktinobakteerien kanssa. Toisaalta genomi näyttää koodaavan paljon pienempiä määriä sekundaarimetaboliaan tarvittavia proteiineja (yksi kumpaakin nonribosomaalista peptidisyntetaasia ja tyypin III polyketidisyntaasia), transkriptiosäätelyä ja lateraalista geeninsiirtoa, mikä kuvastaa pientä genomin kokoa. Kasvimateriaalien hajoamisesta syntyvien fenoliyhdisteiden todennäköisten metaboliareittien esiintyminen ja suuri määrä kalvonkuljetukseen liittyviä geenejä, erityisesti aminohappojen kuljettajaproteiineja ja lääkeaineiden poistopumppuja, voivat edistää organismin juurinesteiden hyödyntämistä sekä sietokykyä erilaisille orgaanisille yhdisteille.
työ toteutettiin osana Japanin Uuden Energy and Industrial Technology Development Organizationin (Nedo) hanketta ”Development of a Technological Infrastructure for Industrial Bioprocesses”.
Photo by
Dr. Tamura (NBRC, NITE)
To Page Top
Int J Syst Bacteriol 49 Pt 1:167-73. Taxonomic dissection of the genus Micrococcus : Kocuria gen. nov., Nesterenkonia gen. nov., Kytococcus gen. nov., Dermacoccus gen. nov., and Micrococcus Cohn 1872 gen. emend. Stackebrandt, E., C. Koch, O. Gvozdiak, and P. Schumann. (1995)
Int. J. Syst. Bacteriol. 45:682-692. Reclassification of ATCC 9341 from Micrococcus luteus to Kocuria rhizophila. Tang, J. S., and P. M. Gillevet. (2003)
Int J Syst Evol Microbiol 53:995-7. The cell structural properties of Kocuria rhizophila for aliphatic alcohol exposure. Fujita, K., Hagishita, T., Kurita, S., Kawakura, Y., Kobayashi, Y., Matsuyama, A. and Iwahashi, H. (2006)
Enzyme Microb. Technol. 39:511-518.
2,697,540 bp
2,356
71.2%
DOGAN
*: NBRC on lyhenne sanoista ”The Nite Biological Resource Center”.
NBRC: n URL-osoite on http://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.html. Jakelu meidän mikrobien genomi DNAs Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation (NITE Biological Resource Center, sisällytetty hallinnollinen virasto), olemme jakaneet mikrobien genomi DNA.
takaisin luetteloon
