Kocuria rosea, Nctc2676, NCTC7514, Nctc7512, NCTC7528 ja NCTC7511

announcement

KOCURIA rosea on itiöitä MUODOSTAMATON, aerobinen, OKSIDAASINEGATIIVINEN, KATALAASIPOSITIIVINEN, grampositiivinen kokkoidibakteeri, joka kasvaa pyöreinä, sileinä, punertavina pesäkkeinä Ravintoagarilla. Tämä organismi tunnetaan perinteisesti saprofyyttinä, ja sitä esiintyy yleisesti luonnossa (maaperässä, vedessä ja ilmassa) (1). K. rosea on myös ihmisen ihon ja suunielun yhteismitallinen, ja se on hyvin harvoin ihmisen taudinaiheuttaja, joskin mahdollisen virheellisen tunnistamisen ja mikrokokkisuuden vuoksi, joita pidetään vierasaineina, sen rooli infektiossa saatetaan aliarvioida (2). K. rosea on kuvattu opportunistiseksi patogeeniksi; sen on tiedetty aiheuttavan lääkinnälliseen laitteeseen liittyvää sairautta immunokompetentissa ja niillä, joilla on perussairauksia, ja se on sekaantunut yksittäisiin virtsatieinfektioihin, bakteremiaan, endokardiittiin ja peritoniittiin peritoneaalidialyysissä (3-6). Fenotyyppiset ja biokemialliset tunnistusmenetelmät eivät välttämättä pysty tunnistamaan K. rosea oikein, ja genomipohjaisia tunnistusmenetelmiä saatetaan tarvita kattavamman kuvan muodostamiseksi tämän organismin aiheuttamasta taudista (2). Tällä hetkellä K. rosea-kannoille on saatavilla vain kolme perimän luonnossekvenssiä. Tässä raportoimme lisää genomisekvenssejä viidestä kannasta, jotka on talletettu National Collection of Type Cultures (NCTC) – kokoelmaan. Näistä genomeista kolme on koottu yhdeksi kontigiksi.

tässä tutkimuksessa jaksotettujen kantojen historiallisen luonteen vuoksi metatietojen saatavuus on rajallinen. NCTC: n tiedot osoittavat, että kaikki viisi kantaa eristettiin ennen vuotta 1949. Erityisesti ne kaikki on lueteltu NCTC: ssä 1940-luvun lopulla tehdyssä tutkimuksessa, jonka tavoitteena oli tuottaa aerobisten katalaasi-positiivisten grampositiivisten cocci-bakteerien kaikkialla käytettävissä oleva luokittelujärjestelmä tutkimalla 431: tä kantaa morfologisten ominaisuuksien, biokemiallisten ominaisuuksien ja herkkyyden määrittämiseksi kahdelle bakteriofagille (7). Tiedetään myös, että NCTC7512, NCTC7514 ja NCTC7528 kuuluivat aikoinaan Kral-kokoelmaan, joka oli yksi maailman ensimmäisistä mikrobiviljelmäkokoelmista, joka toimi vuodesta 1890 vuoteen 1911.

viisi NCTC-kantaa otettiin talteen kylmäkuivattuista ampulleista, viljeltiin ravintoaineagarilla ja inkuboitiin 37°C: ssa 48 tunnin ajan. genomi-DNA uutettiin puhtaista viljelmistä käyttäen Qiagen midi-pakkausta ja 100/G Genomikärkeä (Manchester, UK). Whole-genome sequencing (WGS) suoritettiin Pacific Biosciences (PacBio) RS II-alustalla. DNA kerittiin 15 kb: hen, minkä jälkeen valmistettiin 10 kb – 20 kb: n kirjasto ja sekvensoitiin C4/P6-kemiaa hyödyntäen.

Sekvenssilukemat koottiin SMRT-Analysointiohjelmiston V2.3.0 (8) HGAP v3: lla. Fold kattavuus tavoite poiminta pienin fragmentti pituus kokoonpano asetettiin 30, ja likimääräinen genomin koko asetettiin 3 Mbp. Kokoonpano oli circularized käyttäen Circlator v1.1. 3 (9). Lopuksi circularized kokoonpano oli kiillotettu käyttäen PACBIO RS_Resequencing protokolla ja Quiver v1 SMRT analysointiohjelmisto v2.3. 0. Automatisoitu merkintätapa tehtiin käyttäen Prokka v1. 5: tä ja RefSeq: n sukukohtaista tietokantaa (10). Viiden kannan genomien yhteenvetotilastot esitetään taulukossa 1.