järjestelmä otettiin käyttöön sen jälkeen, kun George Washington oli ilmoittanut jäävänsä eläkkeelle toisen kautensa päätyttyä, kun demokraattis-republikaaninen puolue ja federalistinen puolue alkoivat kiistellä vaaleista puoluepohjalta. Molemmat puolueet saattoivat pitää epävirallisia puoluekokouksia vuonna 1796 yrittäessään päättää ehdokkaistaan. Vuoden 1796 epäjärjestäytyneen vaaliäänestyksen jälkeen molemmat puolueet pitivät vuonna 1800 viralliset vaalikokoukset, jotka valitsivat omat presidenttiehdokkaansa (ennen 12.lisäyksen ratifiointia vuonna 1804 kukin puolue juoksi kaksi presidenttiehdokasta). Federalistit pitivät vaalikokouksensa salaa toukokuun alussa, mutta julkistivat myöhemmin lippunsa presidentti John Adamsille ja Charles Cotesworth Pinckneylle. Demokraattis-republikaanit tapasivat myös salaa toukokuussa ja sopivat tukevansa yhtä lailla Thomas Jeffersonia ja Aaron Burria presidentiksi. Federalistit eivät pitäneet toista vaalikokousta vuoden 1800 jälkeen.
vuonna 1804 demokraattien ja republikaanien puoluekokous kokoontui uudelleen 12. George Clinton voitti äänestyksessä John Breckinridgen ja hänet valittiin Jeffersonin varapresidenttiehdokkaaksi. Vuoden 1808 vaalikokouksessa James Madisonin kannattajat kukistivat yritykset nimittää Clinton tai James Monroe Madisonin sijaan. Clinton oli ehdolla varapresidenttiehdokkaaksi, mutta Clinton kritisoi vaalijärjestelmän legitimiteettiä ja sekä Clinton että Monroe harkitsivat presidenttiehdokkuutta. Federalistit puolestaan pitivät proto-national-kokouksen New Yorkissa vuonna 1808, jossa he nimittivät Charles Cotesworth Pinckneyn ja Rufusin kuninkaaksi. Vuonna 1812 Madison sai yksimielisen uusintaehdokkuuden vaalikokouksessa. New Yorkin lainsäädäntöelimen demokraattis-Republikaanijäsenet kuitenkin tuomitsivat vaalikokousjärjestelmän laittomaksi ja asettivat sen sijaan ehdolle DeWitt Clintonin, George Clintonin veljenpojan. Federalistit pitivät toisen proto-kokouksen vuonna 1812, siellä he suostuivat tukemaan Clintonia. Clinton hävisi lopulta vaalit, mutta tarjosi vahvan haasteen Madisonille ja sai 89 valitsijamiesääntä.
vuonna 1816 James Monroe voitti puolueensa ehdokkuuden täpärästi ohi William H. Crawfordin. Sen sijaan, että Crawford olisi kiistänyt vaalituloksen, hän tuki Monroen ehdokkuutta ja päätti odottaa aikaansa tuleviin vaaleihin asti. Toinen demokraattis-republikaaninen puoluekokous kokoontui vuonna 1820, mutta se keskeytyi asettumatta ehdolle. Monroen vuoden 1820 uudelleenvalintakampanja sujui ilman vastaehdokkaita, sillä federalistit olivat käyneet kansallisella tasolla äärimmäisen heikoiksi eikä yksikään demokraattis-republikaani haastanut Monroeta, mikä teki Monroesta Washingtonin jälkeen ainoan presidenttiehdokkaan, joka oli valittu uudelleen ilman vakavaa vastustusta. Vuonna 1824 Crawford oli ehdolla vaalikokouksessa, mutta presidentiksi pyrki myös kolme muuta demokraattis-republikaanista ehdokasta, joista yksi, John Quincy Adams, voitti vaalit. Vuoden 1824 jälkeen demokraattis-republikaaninen puolue rakoili Andrew Jacksonin kannattajien ja Adamsin kannattajien välillä; molemmat ehdokkaat tuomitsivat vaalikokousjärjestelmän, eikä vaalikokousta järjestetty vuonna 1828. Vuodesta 1831 lähtien kongressin valitsijamieskokous korvattiin valtakunnallisilla presidentin valitsijamieskonventioilla.
1800-luvun alun federalistit ja demokraattis-tasavaltalaiset eivät olleet osavaltiotasolla ja varsinkaan liittovaltiotasolla niin järjestäytyneitä kuin myöhemmät puolueet olisivat, joten kongressin jäsenet olivat ainoa ryhmä kansallispuolueen virkamiehiä, jotka kokoontuivat säännöllisesti. Monet arvostelivat vaalikokousjärjestelmää laittomaksi, koska sitä ei mainittu perustuslaissa. Vaalikokouksesta tuli myös puolueen sisäisten kamppailujen aihe, erityisesti vuonna 1808, kun Madisonin vastustajat arvostelivat hänen valintaansa. Caucus-järjestelmä herätti huolta vallanjaosta, sillä lainsäädäntöelimen jäsenet nimittivät toimeenpanovallan johtajan. Uudelleen nimittämisen ansaitsemisen tärkeys saattoi painostaa Madisonia ottamaan aggressiivisemman asenteen vuoden 1812 sodan edellä. Monet caucus-järjestelmän arvostelijat ehdottivat, että osavaltioilla tulisi olla ensisijainen rooli ehdokkaiden nimeämisessä. Caucus-järjestelmän kannattajat kuitenkin väittivät, että se oli paras järjestelmä kansallisten ehdokkaiden valitsemiseksi maassa, jossa on useita osavaltioita.
