tapausselostus
potilas oli 3-vuotias tyttö, jolla oli Hirschsprungin taudin täydellinen paksusuolen muoto. Elämän 2.päivänä (27. huhtikuuta 2006) tehtiin hätäleikkaus, jossa poistettiin 31 cm ohutsuolta, minkä jälkeen tehtiin terminaalinen ileostomia ja kolostomia. Silloin tarvittiin täydellistä parenteraalista ravintoa. 25.elokuuta 2006 ihon alle implantoitavassa verisuoniyhteysportissa (Cook Spectrum Central Laskimoetetra, Cook Ireland Ltd.) sijoitettiin kotiin parenteraalista ravintoa varten sen jälkeen, kun Nutricath-katetri (Vygon, Ranska) oli vahingossa poistettu.
neljä kuukautta myöhemmin (joulukuussa 2006) havaittiin ensimmäinen septinen episodi, jossa katetrin kautta ja ääreislaskimosta otettiin seitsemän positiivista verinäytettä. Kuume parani nopeasti vankomysiinin (40 mg/kg/vrk, 10 vrk) ja gentamysiinin (3 mg/kg/vrk, 2 vrk) yhdistelmähoidon aloittamisen jälkeen. Veren isolaatit tunnistettiin ensin Micrococcus spp. käyttämällä rutiininomaisia biokemiallisia gallerioita ja myöhemmin kocuria rhizophilaa molekyylityökalujen avulla. Myöhemmin havaittiin seitsemän muuta septistä episodia K. rhizophila-bakteerin kanssa (kaksi vuonna 2007, neljä vuonna 2008 ja yksi vuonna 2009) ja ne hävisivät samalla mikrobilääkityksellä. Koska oletettiin, että kolonisaatio katetrin oli syy sepsis, etanoli lukot (70% etanolia tiputettiin katetrin lumen 12 tuntia ja sitten poistettiin katetrin lumen; sitten, isotoninen natriumkloridi huuhtelu suoritettiin) tehtiin katetriin aikana neljä viimeistä jaksot liittyvät systeemiset antibiootit (17). Viimeisen septisen tapahtuman aikaan vuonna 2009 katetrissa havaittiin reikä, joka korjattiin erityisellä korjaussarjalla. Huhtikuun 2009 jälkeen ei havaittu yhtään uutta septistä episodia.
kolmen vuoden aikana (2007-2009) BacT/Alert-kolmiulotteista (3D) järjestelmää (bioMérieux, Marcy l ’ Etoile, Ranska) käyttäen saatiin yhteensä 22 positiivista veriviljelyä, joista 21 näytettä otettiin katetrista ja yksi perifeerisestä laskimosta. Kaikki viljelmät tuottivat grampositiivisia cocceja, jotka esiintyivät pareina, tetradeina ja klustereina, jotka alustavasti tunnistettiin perusominaisuuksiltaan Micrococcus-lajeiksi. Pesäkkeet kasvoivat aerobisissa olosuhteissa ja näyttivät veriagarilla sileiltä ja pyöreiltä sitruunankeltaisella sävyllä tai kermanvärillä. Isolaatit olivat katalaasi-positiivisia, oksidaasi-negatiivisia, herkkiä basitrasiinille ja resistenttejä furatsolidonille. Vain muutama positiivinen reaktio havaittiin ID 32 staph gallery (bioMérieux), tuottaa Staphylococcus auricularis heikko todennäköisyys 57%. Vuosina 2006 ja 2007 kliininen kanta katsottiin Micrococcus ilman muuta tutkimusta tunnistusprosessissa. Vuonna 2008 käytimme Vitek 2 ID-GPC-korttia (bioMérieux), joka antoi Kocuria varianeille näennäisen ”erinomaisen” luottamuspisteen (98%). Se osoitti vain yhden epäsopivan testin (urea), koska se näytti negatiiviselta tälle lajille, kun taas sen pitäisi olla positiivinen 87 prosentissa K. varians-isolaateista. Selventääksemme tätä epäsopivaa testiä ja varmistaaksemme K. variansin, käytimme 16S rRNA-geenianalyysiä. DNA-uutto ja 16S rRNA-geenisekvenssianalyysi tehtiin edellä kuvatulla tavalla (16). Toimenpide tehtiin 11 kliiniselle isolaatille: neljä eristettiin vuonna 2006, kuusi vuonna 2008 ja yksi vuonna 2009. Yllättäen kaikki saadut sekvenssit osoittivat täydellisen identiteetin K. rhizophilan Genbankin nukleotiditietokantaan talletetuille sekvensseille. K. rhizophila-isolaatin 16S rRNA-geenisekvenssi osoitti 98%: n samankaltaisuuden (457/466) K. rhizophila DC22201-kannan 16S rRNA-geenin kanssa (GenBank liittyminen nro. NC010617)ja osoitti samankaltaisuutta 10 muun K. rhizophila-kannan sekvenssien kanssa, mukaan lukien Kovacsin Historiallinen tyyppikanta K. rhizophila TA68T (GenBank liittyminen nro. NR_026452; samankaltaisuus 99%) ja Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank liittyminen nro. Nc012803; samankaltaisuus 93%). Muiden Kocuria-lajien samankaltaisuus oli 451/462 Kocuria carniphilalla ja 452/467 Kocuria marinalla. Viime aikoina olemme käyttäneet matriisiavusteista laser desorptio-ionisaatio-aika lennon massaspektrometria (MALDI-TOF MS) kuten aiemmin on kuvattu (6), vahvistaen kannan K. rhizophila. Neljän kliinisen isolaatin spektriprofiilit olivat identtiset K. rhizophila-tyypin kannan spektriprofiilin kanssa (kuva. 1) ja aivan eri profiileja Kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea, ja Kocuria varians, kaikki läsnä Andromas tietokanta. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg/litra vankomysiinille ja 1 mg/litra teicoplaniinille.
MALDI-TOF MS spektriprofiilit. Neljä riviä, neljä kliinistä K. rhizophila-isolaattia potilaaltamme. viimeinen rivi, K. rhizophila – tyypin kanta, jota käytetään Andromas-tietokannassa.
kliiniset isolaatit genotyypin määritys mielivaltaisesti pohjustetulla PCR-tekniikalla tarvitaan pidennettyjä ramppi-aikoja, kuten ellinghaus et al. (8). Se suoritettiin 9 edustavaa isolaattia kahdeksasta septisestä jaksosta ja osoitti samaa kaavaa, joka edusti kloonista K: ta. rhizophila-kanta toipui 3 vuotta (kuva. 2).
K. rhizophila-kantojen mielivaltaisesti pohjustetut PCR-kuviot. Lanes: M, DNA ladder; 1, tyypin kanta DSM 11926; 11, K. rhizophila toisesta potilaasta (kantojen 1 ja 11 eivät liity toisiinsa); 2 ja 3, kaksi isolaattia ensimmäisestä septisestä episodista; 4, isolaatti toisesta episodista; 5, isolaatti kolmannesta episodista; 6, isolaatti neljännestä episodista; 7, isolaatti viidennestä episodista; 8, isolaatti kuudennesta episodista; 9, isolaatti seitsemännestä episodista; 10, isolaatti viimeisestä septisestä episodista; 12, negatiivinen kontrolli. Kaistoilla 2-10 on samanlaiset kuviot, mikä viittaa samaan rasitukseen.
Mikrokokkalajeja löytyi pölystä, maaperästä, vedestä ja ravinnosta sekä ihmisten ja eläinten iholta ja limakalvoilta. Näiden ryhmien jäsenten on myös todettu aiheuttavan infektioita, kuten aivokalvontulehdusta, endokardiittia ja keuhkokuumetta, erityisesti immuunivajauspotilailla, sekä infektioita, jotka liittyvät implantoituihin tai asetettuihin laitteisiin (18, 21, 30). Äskettäin perustetun kocuria-suvun keskuudessa dokumentoidut ihmisen tartuntatapaukset ovat vähäisiä. Tyypin laji K. rosean on raportoitu aiheuttavan katetriin liittyvää bakteremiaa (2). Toisen suvun jäsenen, K. kristinaen, on myös raportoitu aiheuttavan katetriin liittyvää bakteremiaa munasarjasyöpää (3) tai akuuttia kolekystiittia sairastavilla potilailla (14). Vuonna 2009 Lee et al raportoi kaksi K. Marinan aiheuttamaa vatsakalvontulehdusta. (12). Viimeksi vuonna 2010, Lai et al. (11) raportoitu kocuria sp: n aiheuttama katetriin liittyvä bakteremia ja infektiivinen endokardiitti., kun taas Tsai et al. (27) raportoitu K. varians infektio liittyy aivojen paise.
Kun Taas K. rhizophila on eristetty elintarvikkeista, kuten juustosta (7) ja kananlihasta (1), tietääksemme tapauksemme on toinen raportti K. rhizophila ihmisen infektiosta ensimmäisen Beckerin et al: n kuvaaman raportin jälkeen. vuonna 2008 (4). Vaikka 3-vuotisen sitkeän K. rhizophila-kantamme lähde oli epäselvä, on mahdollista, että se oli osa potilaan ihon kasvistoa, joka kolonisoi intravaskulaarista laitetta useaan otteeseen. Pitkän aikavälin intravaskulaarinen laite (3 vuotta) todennäköisesti tarjosi markkinaraon pysyvälle K. rhizophila-kannalle, joka toistui laitteessa olevan reiän läpi. Korjaus vaurioituneen laitteen näytti estävän esiintyminen mitään uutta septinen episodi tähän asti. Koko osaston henkilökuntaa muistutetaan nyt usein aseptisen protokollan tiukasta noudattamisesta keskuslaskimokatetrin hoidossa. Tällä hetkellä lapsi on hyvässä kunnossa ja hänellä on aina nestemäiset ulosteet. Parenteraalista ravitsemusta voitaisiin vähentää 5 päivään viikossa.
ID 32 Staphin gallerian perusteella K: ta ei voitu luotettavasti tunnistaa. rhizophila koska tämän kaupallisesti saatavilla olevan diagnostiikkapaketin tietokanta sisältää vain rajoitetun määrän mikrokokkalajeja, jotka eivät kata äskettäin kuvattuja lajeja eivätkä heijasta stackebrandtin et al. (23). Vitek 2 ID-GP-kortissa tunnistettiin epäselvästi useita Kocuria-lajeja (K. varians, K. kristinae ja K. rosea), mutta ei K. rhizophilaa. Lisäksi koagulaasinegatiivisten stafylokokkien väärä tunnistaminen Kocuriaksi Vitek 2-järjestelmän biokemiallisessa standardianalyysissä ei ole harvinaista fenotyyppisen vaihtelun vuoksi (5). Sen sijaan 16s rRNA-geenianalyysin tai MALDI-TOF-MS-taudin käyttö riitti K. rhizophilan tarkan tunnistamisen aikaansaamiseksi.
Kocuria spp: n mikrobilääkeherkkyydestä on toistaiseksi vain vähän tietoa. lisäksi ei ole vielä määritelty mitään yleisesti hyväksyttyä hoito-ohjelmaa vaikeiden infektioiden hoitoon. Vuonna 1995 von Eiff ym. (29) määritetyt useiden lääkkeiden Mikrofonit 188 mikrokokkaalikannasta: rifampiinin, penisilliinin, imipeneemin, ampisilliinin, klindamysiinin, kefotaksiimin, vankomysiinin/teikoplaniinin ja gentamisiinin MIC90s (mg/litra) olivat vastaavasti ≤0, 031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, ja 1, kun taas Amikasiinin, erytromysiinin, fosfomysiinin ja fusidiinihapon Mik90: t olivat >2 mg/litra. Meidän tapauksessamme kanta oli altis vankomysiinille ja gentamisiinille, ja näiden kahden lääkkeen yhdistelmä mahdollisti aina veriviljelmien steriloinnin.
yhteenvetona voidaan todeta, että jos mikrokoksia muistuttava organismi eristetään toistuvasti veriviljelmistä, on tärkeää käyttää muita keinoja kuin rutiininomaisia biokemiallisia järjestelmiä, kuten 16S rRNA-geenin sekvensointia tai MALDI-TOF-MS: ää, jotta saadaan tarkka lajintunnistus. On myös suositeltavaa tarkistaa huolellisesti pitkäaikaisten intravaskulaaristen laitteiden eheys ja korjata keskusjohtojen pelastusvauriot, joita ei tarvitse poistaa.
nukleotidisekvenssin liittymisnumero.
K. rhizophila-isolaatin 16S rRNA-geenisekvenssi on toimitettu Genbankille liittymisnumerolla JQ272742.
