länsimaiset tutkimukset
modernin eurooppalaisen tieteen tutkimus, jota kutsuttiin nimellä yōgaku (”länsimainen oppiminen”) tai rangaku (”Hollantilainen oppiminen”), herätti myös uteliaiden tutkijoiden huomion, varsinkin kun hallinto alkoi menettää tehoaan. Suuren sysäyksen länsimaisten tutkimusten konkreettiselle kehitykselle antoi Sugita Gempakun ja muiden Hollannista tuodun anatomisen kirjan”Kaitai shinshon” (”Uusi anatomian kirja”) julkaiseminen vuonna 1774. Sen jälkeen länsimaiset tutkimukset muuttuivat yhä dynaamisemmiksi keskittyen ensisijaisesti lääketieteeseen. Mutta kun järjestelmäkriisi kärjistyi, monet länsimaisen tutkimuksen tutkijat alkoivat arvostella eristäytymispolitiikkaa, mikä herätti bakufuissa suuttumusta. Esimerkiksi useat rangaku-oppineet kritisoivat bakufun suunnitelmaa hyökätä amerikkalaista kauppalaivaa vastaan. Bakufun virkamiesten Watanabe Kazaniin, Takano Choeihin ja muihin oppineisiin kohdistama vaino niin sanotussa Bansha no goku-välikohtauksessa oli vakava isku länsimaisille tutkimuksille Japanissa. Sen jälkeen, kun tietoisuus ulkomaisesta uhasta vahvistui, länsimaisten tutkimusten kannattajat painottivat voimakkaasti sotateknologian tutkimusta.
esiintyi myös muita filosofeja, jotka hylkäsivät feodaalisen yhteiskunnan. Andō Shōeki hylkäsi hallitsijoiden perustaman kerrostuneen yhteiskunnan vain sepitelmänä ja saarnasi sen tilalle ”luonnollista yhteiskuntaa”, jossa kaikki olivat tasa-arvoisia. Teoksessaan ”Shizen shin’ eidō ” (k. 1753) Shōeki kuvasi ihanneyhteiskuntaa, jossa kaikki ihmiset harjoittivat tasavertaisesti maanviljelyä ilman sosiaalisia eroja tai riistoa. Vaikka Shōekia voidaan pitää poikkeuksellisena hänen yhteiskuntakritiikkinsä laajuudessa, muut kehittivät kriittisiä antifeudaalisia maailmankatsomuksia, joihin empiirinen tiede ja länsimaiset tutkimukset vaikuttivat suoraan tai epäsuorasti. Kyushulainen Miura Baien kutsui oppineisuuttaan jōrigakuksi (”rationaaliset tutkimukset”); se sisälsi dialektisen ajattelumenetelmän, joka hyläten ortodoksisen Uuskungfutselaisuuden kiinteän” tien ” näki maailman olevan jatkuvassa muutoksessa. Luonnontieteilijä Hiraga Gennai, joka oli kotoisin Takamatsun alueelta Shikokusta, hylkäsi soturin rajoitetun elämän; hänestä tuli rōnin ja hän muutti Edoon, jossa hän ajatteli ja toimi vapaasti. Koska Hiraga kannatti ajatusta, että Japani estäisi kullan ja hopean ulosvirtauksen edistämällä kotimaista tuotantoa ja vaihtamalla nämä tuotteet ulkomaisiin tavaroihin, hän yhtyi merkittävästi Tanuma Okitsugun haluun edistää erilaisten tavaroiden tuotantoa. Hiraga oli Tanuman palveluksessa ja lähetettiin Nagasakiin. Kokeillessaan esimerkiksi dynamoja ja lämpömittareita Gennai antoi neroudelleen täyden panoksen viljelemällä sokeriruokoa ja porkkanaa, valmistamalla hollantilaistyylisiä saviastioita sekä kartoittamalla ja kehittämällä kaivoksia maan eri provinsseissa. Hän teki myös useita merkittäviä teoksia dramaturgina.
kaksi muuta merkittävää 1700-luvun lopun ja 1800-luvun alun tutkijaa olivat Shiba Kōkan ja Yamagata bantō. Kanō-koulukunnan perinteen piirissä aloittanut ja sitten ukiyo-e: tä Harunobun johdolla opiskellut kōkan sai paljon vaikutteita hollantilaisista tutkimuksista ja länsimaisesta rationalismista yleensä. Hänet tunnetaan etsauksen uranuurtajana Japanissa, mutta kōkan kritisoi kirjoituksissaan myös Tokugawan statusjärjestelmää sillä perusteella, että keisari ja kerjäläinen olivat samanlaisia ihmisiä, ja vaati näin ihmisten tasa-arvoa. Bantō oli varakkaan Ōsakalaisen kauppiaan päällikkö ja edellä mainitun Kaitokudōn huomattava oppilas. Teoksessaan Yume no shiro (”Unien sijaan”) hän rekonstruoi Japanin historian jumalten aikakaudella luonnontieteen pohjalta.
