Harvard Medical School
Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology (bcmp)
240 Longwood Ave., Rakennus C2, huoneet 315-325
Boston, MA 02115
transkription säätelyn molekyylimekanismit ovat eukaryoottien keskuudessa hyvin säilyneitä. Transcriptionaalinen säätely vastauksena ympäristö-ja kehitysvihjeisiin välittyy spesifisten DNA: ta sitovien aktivaattoreiden ja repressorien kombinatorisella ja synergistisellä vaikutuksella yleisen transkriptiokoneiston komponentteihin ja kromatiinia muokkaaviin toimintoihin.
suuri osa tämän laboratorion työstä yhdistelee hiivassa käytettäviä geneettisiä, molekulaarisia ja genomisia lähestymistapoja käsitelläkseen elävien solujen transkriptionaalisten säätelymekanismien peruskysymyksiä. Nykyiset projektit sisältävät 1) geneettisiä kokeita testataksemme kolmen vaiheen mallia nukleosomin paikannukseen; 2) systemaattinen analyysi aloitukseen osallistuvista yleisistä transkriptiotekijöistä anchor-away-järjestelmän avulla; 3) tutkimus venymään ja nukleosomin ehtymiseen osallistuvista tekijöistä 3′ päissä; 4) käyttäen suoraa RNA-sekvensointia, genomin laajuista analyysia mRNA: n puoliintumisajasta ja 3′-loppuisesta muodostumisesta; 5) funktionaalisen evolutionaarisen lähestymistavan käyttö erilaisten transkriptioiden roolien ymmärtämiseksi sekä transkription co-activator and co-repressor complexes and activator and repressor binding sitovaista alueista, jotka välittävät ympäristövasteita.
solujen transformaatioon osallistuvat transkriptiosäätelypiirit ovat olennaisen tärkeitä ja tietenkin suoraan merkityksellisiä syövän kannalta. Käytämme ihmisen syövän kahta isogeenistä mallia (rintasolut ja fibroblastit) selventääksemme solun transformaatioprosessiin osallistuvaa transkriptionaalista säätelypiiriä. Tähän liittyy mekanistisia kokeita tulehduksellisella takaisinkytkentäsilmukalla ja siihen liittyvillä solujen muuntumisprosessin osa-alueilla.; mrnas -, microRNAs-ja transkriptiotekijöiden sitoutumispaikkojen koko-genomiprofiilit, jotka tarjoavat integroidun kuvan solujen transformaatiosta; ja tunnistaa geenejä, mikrornoja ja säätelyreittejä, jotka osallistuvat syövän kantasolujen ja mammosfäärien tuottamiseen. Projekteja ovat 1) mRNA, miRNA ja linc RNA profilointi aloilla vs. syöpäsoluja eri syöpäsolujen; 2) ribosomiprofilointi aikana solujen transformaatio; ja 3) laajamittainen siru-Seq kokeet määrittää rooli transkriptio tekijät transformaatiossa. Lopuksi todettuamme, että diabeteslääke metformiini tappaa selektiivisesti syövän kantasoluja, tutkimme metformiinin vaikutusmekanismia ja sen mahdollisuuksia syövän ehkäisyyn ja hoitoon.
