Résumé
Bien que les génomes des mammifères soient diploïdes, des études antérieures ont largement étudié les architectures moyennes de la chromatine sans tenir compte des différences entre les chromosomes homologues. Nous avons généré des ensembles de données Hi-C, ChIP-seq et ARN-seq à partir de lymphocytes T CD4 de souris B6, Cast et hybrides, pour étudier l’organisation diploïde de la chromatine et la régulation épigénétique. Nos données indiquent que les modèles d’interaction inter-chromosomiques entre les chromosomes homologues sont similaires et que la similitude est fortement corrélée à leurs niveaux de coexpression allélique. La reconstruction du noyau 3D a révélé que les distances des chromosomes homologues au centre du noyau sont presque les mêmes. Les interactions inter-chromosomiques aux extrémités des centromères sont significativement plus faibles que celles aux extrémités des télomères, ce qui suggère qu’elles sont situées dans différentes régions des territoires chromosomiques. La majorité des compartiments A|B ou des domaines topologiquement associés (TADS) sont cohérents entre B6 et Cast. Nous avons constaté que 58% des haploïdes des hybrides conservent leur statut de compartiment parental aux compartiments divergents B6/Cast en raison de l’effet cis. Environ 95% des compartiments divergents B6/Cast trans-effectués convergent vers le même statut de compartiment potentiellement en raison d’un environnement cellulaire partagé. Nous avons montré que les gènes exprimés différentiellement entre les deux haploïdes chez les hybrides étaient associés à des effets génétiques ou épigénétiques. En résumé, nos données multi-omiques provenant de souris hybrides ont fourni des informations spécifiques à l’haploïde sur l’architecture nucléaire 3D et une riche ressource pour mieux comprendre la régulation épigénétique de l’expression génique spécifique à l’haploïde.
