Le système a été introduit après que George Washington eut annoncé sa retraite à la fin de son deuxième mandat, lorsque le Parti démocrate-républicain et le Parti fédéraliste ont commencé à se disputer des élections sur une base partisane. Les deux partis ont peut-être tenu des caucus informels en 1796 pour tenter de choisir leurs candidats. Après le vote électoral désorganisé de 1796, les deux partis ont organisé des caucus officiels en 1800 qui ont sélectionné leurs candidats à la présidence respectifs (avant la ratification du 12e amendement en 1804, chaque parti a présenté deux candidats à la présidence). Les fédéralistes tiennent secrètement leur caucus au début du mois de mai, mais rendent plus tard public leur billet du président John Adams et de Charles Cotesworth Pinckney. Les républicains démocrates se sont également réunis secrètement en mai et ont accepté de soutenir également Thomas Jefferson et Aaron Burr pour la présidence. Les fédéralistes n’ont pas tenu d’autre caucus après 1800.
En 1804, après l’adoption du 12e amendement, le caucus démocrate-républicain se réunit à nouveau. Lors d’un vote du caucus, George Clinton bat John Breckinridge et est nommé colistier de Jefferson. Au caucus de 1808, les partisans de James Madison ont battu les tentatives de nommer Clinton ou James Monroe au lieu de Madison. Clinton a été nommé candidat à la vice-présidence, mais Clinton a critiqué la légitimité du système de caucus et Clinton et Monroe ont envisagé de se présenter à la présidence. Pendant ce temps, les fédéralistes ont tenu une convention proto-nationale à New York en 1808, où ils ont nommé Charles Cotesworth Pinckney et Rufus King. En 1812, Madison est réélu à l’unanimité par le caucus. Cependant, les membres démocrates-républicains de la législature de New York ont dénoncé le système de caucus comme illégitime et ont plutôt nommé DeWitt Clinton, le neveu de George Clinton. Les fédéralistes ont tenu une autre proto-convention en 1812, là ils ont accepté de soutenir Clinton. Clinton a finalement perdu l’élection, mais a fourni un fort défi à Madison et a remporté 89 votes électoraux.
En 1816, James Monroe remporta de justesse la nomination de son parti face à William H. Crawford. Au lieu de contester le résultat du caucus, Crawford soutint la candidature de Monroe et décida de laisser son temps jusqu’à une prochaine élection. Un autre caucus démocrate-républicain se réunit en 1820, mais ajourna sans présenter de nomination. La campagne de réélection de Monroe en 1820 s’est déroulée sans opposition, car les fédéralistes étaient devenus extrêmement faibles au niveau national et aucun démocrate-républicain n’a contesté Monroe, faisant de Monroe le seul candidat à la présidence depuis Washington à avoir été réélu sans opposition sérieuse. En 1824, Crawford est nommé par le caucus, mais trois autres candidats démocrates-républicains se présentent également à la présidence, dont un, John Quincy Adams, remporte l’élection. Après 1824, le Parti démocrate-républicain s’est fracturé entre les partisans d’Andrew Jackson et les partisans d’Adams; les deux candidats condamnèrent le système de caucus, et aucun caucus n’eut lieu en 1828. À partir de 1831, le caucus de nomination du Congrès a été remplacé par des conventions nationales de nomination présidentielle.
Les fédéralistes et les républicains-démocrates du début du XIXe siècle n’étaient pas aussi organisés au niveau de l’État et en particulier au niveau fédéral que le seraient les partis ultérieurs, de sorte que les membres du Congrès étaient le seul groupe de responsables du parti national qui se réunissaient régulièrement. Beaucoup ont critiqué le système de caucus comme illégitime puisqu’il n’était pas mentionné dans la Constitution. Le caucus devint également l’objet de luttes internes au parti, en particulier en 1808 lorsque des opposants à Madison dénonçaient sa sélection. Le système de caucus a suscité des préoccupations au sujet de la séparation des pouvoirs, les membres du pouvoir législatif ayant nommé le chef du pouvoir exécutif. L’importance d’obtenir une nouvelle nomination a peut-être poussé Madison à adopter une posture plus agressive avant la guerre de 1812. De nombreux critiques du système des caucus ont proposé que les États jouent le rôle principal dans la désignation des candidats. Cependant, les partisans du système de caucus ont fait valoir que c’était le meilleur système pour choisir les candidats nationaux dans un pays comptant plusieurs États.
