Une classification linguistique traditionnelle des langues Khoïsanes d’Afrique australe les divise en trois groupes effectivement indépendants: Nord, Centre et Sud. Le Sandawe de Tanzanie a une relation lointaine avec le groupe central, mais la place du Hadza même par rapport au Sandawe a toujours été incertaine; et le statut du Kwadi, une langue éteinte du Namibe (anciennement Moçâmedes) dans le sud-ouest de l’Angola, reste incertain. Kwadi peut être très éloigné du groupe Khoe. Au sein de chaque groupe, on trouve des langues et des dialectes plus ou moins étroitement liés avec des caractéristiques grammaticales ou lexicales distinctives, mais entre les groupes, il existe des différences linguistiques prononcées. Dans une subdivision plus raffinée des langues, les adjectifs géographiques sont remplacés par les noms de « personne » dans chaque grand groupe de langues, de sorte que Ju remplace le Nord, Khoe remplace le Centre et!Kwi et Taa s’étendent vers le Sud.
Les dialectes Ju !Le xũ, le Ju/ hoã et le ǂKx’au ǁ’ Eĩ sont parlés par environ 11 000 personnes, principalement dans le nord-est de la Namibie et dans les parties adjacentes du Ngamiland au Botswana; il peut également y avoir quelques locuteurs dans le sud de l’Angola. Les langues Khoe – notamment le groupe Khoekhoe, composé du Nama (officiellement appelé Khoekhoegowab) de Namibie, avec environ 230 000 locuteurs, et!Ora et Gri (tous deux éteints) d’Afrique du Sud – sont les plus nombreux. La majorité des langues et dialectes Khoe restants du groupe Non-Khoekhoe (NKK), qui comprennent au total environ 66 000 locuteurs, se trouvent dans l’ensemble de l’ouest, du centre et du nord du Botswana. Parmi les langues dites NKK occidentales, le Naro est parlé à l’ouest (avec quelques locuteurs dans les parties adjacentes de la Namibie), le | Gui et l’ ǁGana sont parlés dans la région du centre-ouest, et le Buga et l’ ǁAni sont parlés au nord dans le delta de l’Okavango. (Kxoe, qui est étroitement lié à ce dernier, se trouve dans la bande de Caprivi, en Namibie, et le long de la rivière Kwando dans le sud-est de l’Angola.) Les groupes de langues Shua et Tshua sont parlés dans les parties orientales du Botswana. Les dialectes Taa du groupe du Sud, composés de variétés étroitement apparentées de!Les Xóõ, sont parlés par moins de 2 500 personnes dans le sud-ouest du Botswana (cliquez ici pour un clip audio du!Langue Xóõ). Les disparus !Les dialectes Kwi du groupe du Sud, tels que |Xam, ǁXegwi, ǁng et |’Auni, étaient parlés en Afrique du Sud; du!Dialectes Kwi, seul l’ ǂKhomani est encore parlé, par quelques individus dans la province du Cap-du-Nord (cliquez ici pour un clip audio de la langue ǂKhomani). L’ ǂhuã, une langue du sud-est du Botswana comptant moins de 100 locuteurs, partage des caractéristiques avec les groupes du Sud et du Ju. En Afrique de l’Est, le Sandawe est parlé par 70 000 personnes en Tanzanie au nord-ouest de Dodoma, et le Hadza est parlé par quelque 800 personnes dans le centre-nord de la Tanzanie près du lac Eyasi. Cliquez ici pour un clip audio du langage /Gui et ici pour un clip de Ju.
L’hypothèse d’une relation génétique entre toutes ces langues conduit à la postulation d’une famille Macro-Khoisan représentée sous la forme de l’arbre généalogique. La ligne pointillée reliant Hadza à la racine reflète l’incertitude quant à son appartenance à la famille, et l’alignement des branches distinctes de Sandawe et de Kwadi aux côtés du groupe Khoe postule une connexion possible mais éloignée entre ces branches. Les preuves d’un sous-groupe de langues khoïsanes d’Afrique australe génétiquement apparentées dans l’arbre sont cependant très minces et de qualité si inégale que la réalité d’une famille Macro-Khoïsane a été remise en question. Les méthodes conventionnelles de comparaison linguistique appliquées entre les principaux groupes de langues khoïsanes n’ont pas permis de produire des correspondances sonores régulières, ce qui permettrait de reconstruire des racines communes; et les innovations communes dans la structure grammaticale, qui sont considérées comme la meilleure source de preuves pour postuler des relations linguistiques, sont, de manière frustrante, absentes. Le tableau illustre ce problème avec quelques mots de base des principales subdivisions. L’impression écrasante est de différences radicales entre les groupes. Le mot pour « buffle » montre le lien de Sandawe avec le groupe Khoe, mais la forme similaire en Ju est très probablement un emprunt à une langue Khoe voisine plutôt qu’une forme héritée d’un ancêtre commun. La similitude entre le Khoe et!Les formes Xóõ pour « boire » et « rire » indiquent des correspondances sonores possibles entre les voyelles et les consonnes, mais cette similitude ne s’étend pas à d’autres mots des deux groupes. Les différences congruentes entre les formes Ju pour « boire » et « rire » d’une part et le Khoe /!Les formes Xóõ de l’autre sont intrigantes, mais, faute de généraliser, elles restent simplement alléchantes. En fin de compte, les comparaisons linguistiques ont conduit à beaucoup trop peu de correspondances raisonnables pour établir des relations familiales sûres entre les langues.
Une approche différente du problème de l’exploration de la parenté linguistique implique des comparaisons de masse de mots entre langues dans les différents groupes. En permettant une certaine flexibilité dans l’association des significations et des mots plutôt que d’insister sur des correspondances sémantiques étroites et des règles de changement sonore, cette technique a donné des similitudes suggestives, certaines d’entre elles s’étendant même au-delà des langues Khoisan aux langues de la famille Niger-Congo. Lorsque de tels cas impliquent des clics dans des mots Khoisan correspondant à des non-clics dans des mots Niger-Congo, le problème insoluble de la genèse du clic et de la perte de clic se pose. Il est possible que l’incapacité de démontrer de manière convaincante les relations linguistiques khoisan soit fonction des limites des méthodes conventionnelles et autres méthodes comparatives pour pénétrer la grande profondeur de temps séparant les groupes.