La classification traditionnelle a imposé une division en formes végétales et animales aux eucaryotes unicellulaires, ou protistes; dans une vision actuelle, les protistes sont un assemblage diversifié de groupes ressemblant à des plantes, à des animaux et à des champignons. La classification de ceux-ci en phyla est difficile en raison de leur structure relativement simple et de leurs archives géologiques limitées, mais l’étude de l’ultrastructure et d’autres caractéristiques fournit de nouveaux renseignements sur la classification des protistes. Les classifications possibles sont discutées et une classification sommaire du monde vivant en règnes (Monera, Protista, Fungi, Animalia, Plantae) et phyla est suggérée. Cette classification suggère également des regroupements de phyla en superphyla et forme-superphyla, et un Protista de règne élargi (y compris les algues vertes, les oomycotes et les moisissures slimes mais excluant les algues rouges et brunes). La classification cherche donc à offrir un compromis entre les règnes protiste et protoctiste de Whittaker et Margulis et à combiner une liste complète des phyla avec un regroupement de ceux-ci pour un traitement synoptique.
