Consortium international de génomique du lait

• Le kéfir est une boisson laitière fermentée produite lorsque le lait est incubé avec des « grains de kéfir » — un mélange de sucre, de protéines, de bactéries lactiques et de levure.
• Les micro-organismes du kéfir fermentent le lactose du lait, mais on ne sait pas comment ils affectent les protéines du lait.
• Une nouvelle étude révèle que les protéines du lait sont largement décomposées pendant la fermentation du kéfir, produisant 609 peptides uniques au kéfir et modifiant l’abondance de plus de 1 500 peptides.
• Vingt-cinq des peptides de kéfir ont déjà été identifiés comme ayant diverses activités biologiques, notamment des fonctions antimicrobiennes, antihypertensives et immunomodulatrices.
• Le fait que la fermentation du kéfir décompose les protéines pourrait faire du kéfir une option alimentaire utile pour les personnes qui ont du mal à digérer les protéines.

Le kéfir est une boisson laitière fermentée qui devient de plus en plus populaire aux États-Unis et qui a des effets bénéfiques sur la santé. La boisson est obtenue en incubant du lait traité thermiquement avec des « grains de kéfir », qui contiennent des sucres, des protéines, des bactéries lactiques et de la levure. Les microorganismes du kéfir sont connus pour fermenter le lactose du lait, mais on ne sait toujours pas comment ils affectent les protéines du lait et s’ils décomposent ces protéines en peptides.

« C’est en quelque sorte cette boîte noire », explique David Dallas de l’Université d’État de l’Oregon. Dans une nouvelle étude, Dallas et son équipe ont mené l’analyse la plus exhaustive à ce jour des peptides de lait libérés lors de la fermentation du kéfir. « Nous voulions savoir ce qui se passait pendant la fermentation du kéfir et quels types de peptides fonctionnels sont produits », explique-t-il.

Les chercheurs ont découvert que les micro-organismes du kéfir digéraient largement les protéines du lait pendant la fermentation du kéfir, entraînant la libération d’un grand nombre de peptides. « Il était surprenant de constater qu’il y avait des milliers de peptides et toutes sortes de changements protéiques qui ne sont pas visibles à l’œil mais visibles avec un spectromètre de masse », explique Dallas. « Je pense que c’est plutôt cool », dit-il.

Le groupe de Dallas a identifié 1 591 peptides libérés lors de la fermentation du kéfir, dont 609 étaient uniques au kéfir, et ils ont également constaté des changements dans l’abondance de plus de 1 500 peptides. « Je pense qu’il est vraiment intéressant de voir que ces microorganismes de kéfir découpent essentiellement une grande partie de ces protéines avec ces protéases externes qu’ils produisent et les utilisent pour leur croissance », explique Dallas. « Ce n’est pas seulement cette image de la fermentation du lactose que nous examinions depuis si longtemps », dit-il.

Les chercheurs ont ensuite vérifié si l’un des peptides identifiés était connu pour avoir une activité biologique. « Nous avons essentiellement pris toutes les séquences peptidiques que nous avons trouvées, puis nous les avons comparées à une liste que nous avons établie à partir de la littérature », explique Dallas.

Le groupe a identifié 25 peptides ayant diverses fonctions biologiques, notamment des peptides antimicrobiens, antihypertenseurs, immunomodulateurs et anti-oxydants. « Les gens ont beaucoup de croyances différentes sur la santé au sujet du kéfir, et il est possible que certains d’entre eux proviennent des peptides par opposition à d’autres composants », explique Dallas.

Le fait que les protéines du lait soient décomposées pendant la fermentation du kéfir peut avoir des implications pour la santé digestive. « L’autre implication potentielle est que parce que vous avez au moins un certain degré de digestion qui se passe ici, ce kéfir, ou d’autres choses comme ça, cela pourrait être des aliments idéaux pour les personnes qui ont du mal à digérer les protéines », explique Dallas.

Les protéines non digérées peuvent survivre jusqu’au côlon, où elles peuvent servir de source de nourriture pour les bactéries qui produisent des métabolites inflammatoires ou toxiques. « C’est clairement quelque chose que vous voulez éviter », explique Dallas. « Donc, si vous avez des problèmes de digestion — des personnes qui ont différents problèmes comme la colite ulcéreuse ou une maladie inflammatoire de l’intestin, des personnes avec des médicaments antiacides ou des personnes âgées — cela pourrait être un bon aliment pour elles », dit-il.

Dallas prévoit d’examiner plus en détail comment la digestion des protéines affecte la santé, l’immunité et le profil microbien de l’intestin. Les chercheurs pourraient comparer les effets du kéfir à ceux d’autres aliments avec des protéines plus intactes, dit-il.

Les techniques utilisées dans l’étude pourraient également avoir des implications pour la fabrication du kéfir. « Vous pouvez utiliser la peptidomique comme moyen de surveiller le kéfir que vous produisez pour voir quelle variation il y a d’un lot à l’autre », explique Dallas. « Peut-être pourriez-vous fermenter plus longtemps pour produire plus de peptides, ou sélectionner les bactéries que vous souhaitez utiliser pour votre fermentation pour produire des peptides », dit-il.

« Je pense qu’il pourrait y avoir beaucoup de recherches intéressantes dans ce domaine, pour fabriquer du kéfir spécialisé », explique Dallas. « Je pense qu’il y a beaucoup d’idées qui pourraient être suivies », dit-il.