Haplogroup L2 (mtDNA)

L2 a cinq sous-groupes principaux: L2a, L2b, L2c, L2d et L2e. Parmi ces lignées, le sous-clade le plus commun est L2a, qui se trouve en Afrique et au Levant.

L’haplogroupe L2 a été observé parmi des spécimens au cimetière de l’île de Kulubnarti, au Soudan, qui datent de la période paléochrétienne (550-800 après JC).

Haplogroupe L2aEdit

L2a est répandu en Afrique et l’haplogroupe d’Afrique subsaharienne le plus commun et le plus largement distribué et est également assez fréquent à 19% dans les Amériques chez les descendants d’Africains (Salas et al., 2002). L2a a une date d’origine possible env. 48 000 livres sterling.

Il est particulièrement abondant au Tchad (38% de l’échantillon; 33% indifférenciés L2 chez les Arabes du Tchad,), et dans les populations non bantoues d’Afrique de l’Est (Kenya, Ouganda et Tanzanie) à 38%. Environ 33% au Mozambique et 32% au Ghana.

Ce sous-clade est caractérisé par des mutations à 2789, 7175, 7274, 7771, 11914, 13803, 14566 et 16294. Il représente 52% du total des L2 et est le seul sous-clade de L2 à être répandu dans toute l’Afrique.

La large répartition du L2a et sa diversité rendent difficile l’identification d’une origine géographique. Le principal casse-tête est l’Haplogroupe L2a presque omniprésent, qui s’est peut-être propagé à l’Est et à l’Ouest le long du Corridor Sahélien en Afrique du Nord après le Dernier Maximum glaciaire, ou les origines de ces expansions peuvent se situer plus tôt, aux débuts de l’Âge de Pierre Tardif 4 il y a 40 000 ans.

En Afrique de l’Est, le L2a a été trouvé à 15% dans la Vallée du Nil – Nubie, à 5% chez les Égyptiens, à 14% chez les locuteurs du Cushite, à 15% chez les Sémitiques Amhara, à 10% chez les Gurage, à 6% chez les Tigray-Tigrinya, à 13% chez les Éthiopiens et à 5% chez les Yéménites.

L’haplogroupe L2a apparaît également en Afrique du Nord, avec la fréquence la plus élevée 20% de Touareg, Peul (14%). Trouvé également chez certains Arabes Algériens, il se trouve à 10% chez les Arabes Marocains, certains Berbères Marocains et Berbères Tunisiens. (watson, 1997) et coll., (vigilant, 1991) et coll. 1991.

Chez les patients recevant le médicament stavudine pour traiter le VIH, l’haplogroupe L2a est associé à une probabilité plus faible de neuropathie périphérique en tant qu’effet secondaire.

Haplogroupe L2a1Edit

L2a peut être divisé en L2a1, hébergeant la transition à 16309 (Salas et al. 2002).

Ce sous-clade est observé à des fréquences variables en Afrique de l’Ouest chez les Malinkés, les Wolof et autres ; chez les Nord-Africains; au Sahel chez les Haoussas, les Fulbés et autres; en Afrique centrale chez les Bamilékés, les Fali et autres; en Afrique du Sud chez la famille Khoisan, y compris les locuteurs Khwe et Bantous; et en Afrique de l’Est chez les Kikuyu du Kenya.

Tous les clades L2 présents en Éthiopie sont principalement dérivés des deux sous-clades, L2a1 et L2b. L2a1 est défini par des mutations en 12693, 15784 et 16309. La plupart des séquences L2a1 éthiopiennes partagent des mutations aux nps 16189 et 16309. Cependant, alors que la majorité (26 sur 33) des Afro-Américains partagent des séquences complètes de l’Haplogroupe L2a pourrait être divisée en quatre sous-clades par des substitutions aux nps L2a1e-3495, L2a1a-3918, L2a1f-5581 et L2a1i-15229. Aucune de ces séquences n’a été observée dans des échantillons éthiopiens de 16309 L2a1. (Salas, 2002) et coll.

L’haplogroupe L2a1 a également été observé chez les Mahra (4,6%).

L’haplogroupe L2a1 a été trouvé dans d’anciens fossiles associés à la culture néolithique Pré-poterie à Tell Halula, en Syrie. Un spécimen fouillé sur le site néolithique pastoral de la Savane de Luxmanda en Tanzanie portait également le clade L2a1. L »analyse du regroupement des mélanges a en outre indiqué que l »individu portait une ascendance significative de l »ancien Levant, confirmant les liens ancestraux entre les fabricants du Néolithique pastoral de Savane et du Néolithique Pré-poterie.

L’haplogroupe L2a1aEdit

Le sous-clade L2a1a est défini par des substitutions en 3918, 5285, 15244 et 15629. Il y a deux amas L2a bien représentés dans le sud-est africain, L2a1a et L2a1b, tous deux définis par des transitions à des positions HVS-I assez stables. Ces deux espèces semblent avoir une origine en Afrique de l’Ouest ou en Afrique du Nord-Ouest (comme l’indique la répartition des types correspondants ou voisins), et ont connu une expansion spectaculaire soit en Afrique du Sud-Est, soit dans une population ancestrale des Africains du Sud-Est actuels.

Les starbursts très récents dans les sous-clades L2a1a et L2a2 suggèrent une signature pour les expansions bantoues, comme également proposé par Pereira et al. (2001).

L2a1a est défini par une mutation à 16286. Le candidat fondateur de L2a1a date d’il y a 2 700 (SE 1 200) ans. (Pereira et coll. 2001). Cependant, L2a1a, tel que défini par une substitution à (np 16286) (Salas et al. 2002), est maintenant supportée par un marqueur de région de codage (np 3918) (fig. 2A) et a été trouvé dans quatre des six lignées yéménites L2a1. Le L2a1a est présent à sa fréquence la plus élevée en Afrique du Sud-Est (Pereira et al. 2001; Salas et coll. 2002). L’haplotype fondateur fréquent et les lignées dérivées (avec la mutation 16092) trouvées chez les Yéménites ont des correspondances exactes dans les séquences du Mozambique (Pereira et al. 2001; Salas et coll. 2002). Le L2a1a est également présent à une fréquence plus faible dans le Nord-Ouest de l’Afrique, chez les Maures et les Bambaras du Mali et de la Mauritanie. (Rando et coll. 1998; Maca-Meyer et coll. 2003)

L’haplogroupe L2a1a1Edit

L2a1a1 est défini par les marqueurs 6152C, 15391T, 16368C

L’haplogroupe L2a1bEdit

L2a1b est défini par des substitutions en 16189 et 10143. 16192 est également commun dans L2a1b et L2a1c; il apparaît en Afrique du Nord en Égypte, Il apparaît également en Afrique du Sud-Est et peut donc également être un marqueur de l’expansion bantoue.

L’haplogroupe L2a1cEdit

L2a1c partage souvent la mutation 16189 avec L2a1b, mais a ses propres marqueurs en 3010 et 6663. 16192 est également commun en L2a1b et L2a1c; il apparaît en Afrique du Sud-Est ainsi qu’en Afrique de l’Est. Cela suggère une certaine diversification de ce clade in situ.

Les positions T16209C C16301T C16354T au-dessus de L2a1 définissent un petit sous-clade, surnommé L2a1c par Kivisild et al. (2004, Figure 3) (voir aussi la figure 6 dans Salas et al. 2002), qui apparaît principalement en Afrique de l’Est (par exemple Soudan, Nubie, Éthiopie), parmi le Turkana et l’Afrique de l’Ouest (par exemple Kanuri).

Dans le bassin du Tchad, quatre types de L2a1c différents à une ou deux étapes de mutation des types d’Afrique de l’Est et de l’Ouest ont été identifiés. (Kivisild et coll.) 2004. (citation à la page.9 ou 443)

L’haplogroupe L2a1c1Edit

L2a1c1 a une origine nord-africaine. Il est défini par des marqueurs 198, 930, 3308, 8604, 16086. Il est observé en Tunisie Séfarade, Ashkénaze, Juifs, Hébreux, Marocains, Égyptiens, Nubiens et Yéménites.

Haplogroupe L2a1f

Khosian, Zambie, Madagascar

L’Haplogroupe L2a1kEdit

L2a1k est défini par les marqueurs G6722A et T12903C. Il a été précédemment décrit comme un sous-clade spécifique à l’Europe L2a1a et détecté chez les Tchèques et les Slovaques.

L’haplogroupe L2a1l2aEdit

L2a1l2a est reconnu comme un haplogroupe  » spécifique aux ashkénazes « , observé chez les Juifs ashkénazes ayant des ancêtres en Europe centrale et orientale. Il a également été détecté en petit nombre dans des populations polonaises apparemment non juives, où il est présumé provenir d’un mélange ashkénaze. Cependant, cet haplotype ne constitue qu’une très faible proportion des lignées mitochondriales ashkénazes ; diverses études (dont celle de Behar) ont placé son incidence entre 1,4 et 1,6%.

L’haplogroupe L2a2Edit

L2a2 est caractéristique des Pygmées Mbuti.

L’haplogroupe L2b’Cedit

L2b’c a probablement évolué il y a environ 62 000 ans.

Haplogroupe L2bEdit

Ce sous-clade se trouve principalement en Afrique de l’Ouest, mais il est répandu dans toute l’Afrique.

L’haplogroupe L2cEdit

Le L2c est le plus fréquent en Afrique de l’Ouest et peut y être apparu. Particulièrement présent au Sénégal à 39%, au Cap-Vert à 16% et en Guinée-Bissau à 16%.

L’haplogroupe L2dEdit

L2d est le plus fréquent en Afrique de l’Ouest, où il peut être apparu. On le trouve également au Yémen, au Mozambique et au Soudan.

L’haplogroupe L2eEdit

L2e (ancien L2d2) est typique en Afrique de l’Ouest. On le trouve également en Tunisie, et chez les Mandingues de Guinée-Bissau et les Afro-Américains.