Il a eu une querelle célèbre et de longue date avec l’ancien sénateur Vince Fumo. Le site politique PoliticsPA a comparé la relation à la querelle Hatfield-McCoy Lors de la primaire démocrate de 2008 pour le 1er district sénatorial du Sénat de Pennsylvanie à Philadelphie, Dougherty a subi une défaite surprenante de Larry Farnese, qui était fortement soutenu par Fumo. Après la concession de Dougherty, Fumo a été entendu chanter « Doc est mort! Doc est mort ! »
En 2003, il a été nommé sur la liste PoliticsPA « Power 50 » des personnes politiquement influentes en Pennsylvanie. En 2003, il a été nommé sur la liste « Power 75 » du rapport de Pennsylvanie. En 2010, le magazine Politics l’a nommé l’un des démocrates les plus influents de Pennsylvanie.
En 2015, il a soutenu l’ancien conseiller municipal de Philadelphie Jim Kenney pour le poste de maire de Philadelphie. Son approbation a été un facteur déterminant dans sa victoire dans une primaire démocrate bondée.
En janvier 2019, Dougherty a été inculpé dans le cadre d’une enquête de la Section locale 98 de la FIOE qui l’accusait d’avoir abusé des fonds du syndicat à des fins personnelles, parmi de nombreuses allégations. Sa défense a soutenu vigoureusement que les activités présumées étaient en fait légales, en mars. L’affaire est devenue assez compliquée, certains accusés demandant que l’affaire soit divisée entre différentes questions contestées, en juillet.
