Le nom de Wellhausen sera toujours associé à une critique plus élevée de l’Ancien Testament, à l’étude des Écritures hébraïques et grecques d’un point de vue purement scientifique et critique / historique. Il a étudié l’origine de la Bible hébraïque, des Juifs et du Judaïsme dans le contexte des anciens empires du Proche-Orient d’Assyrie, de Néo-Babylonie, de Perse et des États grecs macédoniens de Séleucos et de Ptolémée. Wellhausen reste une influence dominante sur les études bibliques hébraïques modernes.
Julius Wellhausen est né dans la ville de Hameln, dans le nord de l’Allemagne, le 17 mai 1844. Son père était pasteur luthérien ; Julius devait suivre la même vocation. Wellhausen a été envoyé à Gottingen pendant la période 1862-65 pour étudier auprès de Heinrich Ewald, un érudit hébraïste et de l’Ancien Testament. Cependant, Wellhausen et Ewald ont eu une chute progressive au cours des années 1866-70. Les deux se disputèrent sur la bonne interprétation de l’Ancien Testament et sur la politique prussienne. Wellhausen a obtenu son doctorat en théologie en 1870 et a ensuite enseigné pendant deux ans à Gottingen. En 1872, Wellhausen a reçu un poste de professeur à Greifswald, situé sur la mer Baltique. Il démissionna en 1882 parce qu’il croyait que ses enseignements avaient un effet désastreux sur les étudiants en théologie destinés au ministère, et parce qu’il était devenu une figure de controverse à cause de ses vues publiées sur l’Ancien Testament.
En 1882, Wellhausen avait déjà écrit de nombreux livres importants. Son premier ouvrage est De Gentibus et Familus Judaeis (1870), qui traite des généalogies de l’Ancien Testament. Puis vint Der Text Der Bucher Samuelis Untersucht (1871). Il pensait que le texte hébreu existant des deux livres de Samuel était très inexplicable et corrompu. En utilisant toutes les preuves hébraïques et celles des premières traductions grecques, telles que la Septante, il a essayé de reconstruire un texte plus précis. Vient ensuite le Pharisien und Sadducaeer (1874), traitant de l’ascension, du développement et des idées des deux sectes juives dominantes existant à l’époque de Jésus. Après cela vint le très important ouvrage Die Composition des Hexateuchs und Der Historischen Bucher Des Altes Testaments (1876-77), qui parut pour la première fois sous forme d’articles dans une revue savante allemande. Parut ensuite son œuvre la plus célèbre Geschichte Israels, Band I (1878). Toutes les éditions ultérieures de ce livre fondateur s’intitulaient Prolegomena zur Geschichte Israel (1883). Une traduction anglaise parut en 1885 ; elle ne fut réimprimée qu’en 1957.
Le Prolégomène a la même signification pour l’étude de l’Ancien Testament que le Revolutionibus Orbium Coelestium de Copernic (1543) pour l’astronomie et l’Origine des espèces de Darwin (1859) pour la biologie. Après la publication des Prolégomènes, les savants ont été divisés en deux camps: ceux qui ont accepté les idées de base de Wellhausen sur l’histoire hébraïque et ceux qui ne l’ont pas fait. La plupart des milieux universitaires et savants ont opté pour Wellhausen, mais une intense controverse continue de faire rage à ce sujet. Wellhausen a également édité les éditions ultérieures de l’introduction standard de Friedrich Bleek à la littérature de l’Ancien Testament, Einleitung In Das Alte Testament.
Au moment où Wellhausen étudia avec Ewald, le monde théologique allemand était en pleine tourmente à propos de La Vie de Jésus de D. F. Strauss (1835-36). Ce travail affirmait que les quatre évangiles canoniques n’étaient pas de l’histoire, mais plutôt des collections de folklore chrétien, de mythe, de légende, de fiction et de propagande pieuse, avec à peine aucune trace du vrai Jésus. F. C. Baur, un autre étudiant du christianisme primitif, a affirmé que les Actes n’étaient pas fiables et non factuels, et que plus de la moitié des lettres de Paul dans le Nouveau Testament ont été écrites après sa mort. Baur croyait que l’évangile de Jean était également tardif (c. 150 de notre ère) et ne contenait aucun acte authentique ou dictons du Jésus historique. Les récits de l’Ancien Testament avaient subi des interrogatoires similaires. C’est dans ce contexte que Wellhausen perdit la foi et n’adopta bientôt que des méthodes critiques, historiques et scientifiques d’enquête sur la Bible. Cette différence était au centre de sa rupture finale avec Ewald.
Pendant plus de deux millénaires, on a pensé que les lois de Moïse étaient plus anciennes que celles de la monarchie hébraïque, établie par Saül vers 1020 avant notre ère, et les prophètes hébreux, du 9e au 5e siècle avant notre ère. Wellhausen a été vexé lorsqu’il a essayé de comprendre clairement les relations entre les lois mosaïques, censées dater d’environ 1450 avant notre ère, et la monarchie et les prophètes. Wellhausen était à la fois inquiet et confus quant au concept selon lequel les lois mosaïques contenaient la clé et l’explication des âges ultérieurs de l’histoire hébraïque. Il fut fortement perplexe par les explications données par A. W. Knobel dans ses commentaires savants puis standard sur le Pentateuque (1852-61) et par les écrits de son mentor, Ewald. Wellhausen a écrit: « si loin d’atteindre des conceptions claires, je ne suis tombé que dans une confusion plus profonde, qui était encore plus confuse par les explications d’Ewald dans le deuxième volume de son Histoire d’Israël. Enfin, au cours d’une visite occasionnelle à Gottingen à l’été 1867, j’ai appris par Ritschl que Karl Heinrich Graf plaçait la Loi plus tard que les Prophètes et, presque sans connaître les raisons de cette hypothèse, j’étais prêt à l’accepter; Je me reconnaissais volontiers la possibilité de comprendre l’antiquité hébraïque sans le livre de la Torah. »
La question était : les lois de Moïse existaient-elles avant ou après les prophètes tels Amos, Osée, Isaïe et Michée? Un petit nombre d’érudits avaient déjà placé les prophètes devant la Loi. Parmi ceux-ci se trouvaient Eduard Reuss (1833), J. F. L. George (1835), William Vatke (1835); cela a été relancé par K. H. Graf en 1866. Ici, la cause et l’effet ont été complètement inversés et cette position a été considérée comme manifestement absurde. Cependant, cela a fourni à Wellhausen l’indice dont il avait besoin pour rendre toute l’histoire biblique israélite / juive vraiment intelligible dans son livre sur l’Hexateuque et dans les Prolégomènes. Ces deux volumes, ses travaux les plus importants sur l’histoire juive, ont rapidement renversé le consensus existant sur la question et conduit à une révolution scientifique. Wellhausen a accepté la soi-disant « hypothèse documentaire » selon laquelle les cinq livres de Moïse n’ont pas été écrits par Moïse, mais se composaient plutôt de quatre sources différentes, plus tardives et anonymes qui ont été désignées par les érudits avec les lettres J, E, D et P. Les conclusions finales de Wellhausen étaient que le judaïsme et le Pentateuque existant n’existaient pas avant le 5ème siècle avant notre ère. Il croyait que le prêtre Esdras, et non Moïse au deuxième millénaire avant notre ère, avait institué le judaïsme vers l’an 444 avant notre ère.
En 1882, Wellhausen s’installa à Halle en tant que professeur adjoint en langues sémitiques. Il a déménagé à Marburg troisans plus tard, après avoir reçu une chaire de professeur à part entière. Son séjour à Marbourg (1885-91) constitue les années les plus heureuses de sa vie. Pendant ce temps, il confia à des collègues et amis proches qu’il en avait « marre » de l’Ancien Testament.