Les Kekkei genkai (血継限界; signifiant littéralement « une technique limitée à l’héritage par le sang » ou « Limite de la lignée ») sont des capacités transmises génétiquement dans des clans spécifiques. Il est possible pour un ninja d’avoir plus d’une de ces capacités. Les capacités de Kekkei genkai qui fonctionnent via l’œil de l’utilisateur sont appelées dōjutsu. D’autres kekkei genkai incluent le mélange d’un type de chakra élémentaire avec un autre, en créant un nouveau unique pour les utilisateurs, ce qui est généralement impossible pour un ninja normal.
Le Kekkei genkai et ses techniques connexes ne peuvent pas être enseignés ou copiés par d’autres. Cependant, kekkei genkai peut être donné à d’autres. Le Dōjutsu, ou autre kekkei genkai isolé sur un seul organe, peut être transplanté dans le corps d’un autre. L’utilisation de ces organes nécessite beaucoup plus de chakra que quelqu’un né avec le kekkei genkai. Les éléments de chakra peuvent également être transmis à des personnes en dehors du clan, en passant par une modification de l’ADN pour acquérir la technique de Libération. Cependant, l’habileté des personnes à l’utiliser ne serait pas aussi puissante que le praticien d’origine.
Bien que les kekkei genkai soient généralement partagés génétiquement au sein d’un clan spécifique, ils sont parfois uniques à une seule personne et que même les membres de la famille ne les partagent pas. Pourtant, d’autres genkai kekkei semblent apparaître chez des individus sans relation connue, tels que la Libération de Lave, qui est apparue dans ninja de Kirigakure, Iwagakure et Kumogakure, tandis que la Libération d’aimant, qui est apparue dans ninja de Kumogakure et Sunagakure.