Au deuxième millénaire avant notre ère, les territoires entre les rivières Kama et Irtych abritaient une population de langue Proto-ouralienne qui avait des contacts avec des locuteurs Proto-Indo-européens du sud. Les habitants des régions étaient de souche europide, mais les Khanty sont principalement ouraloïdes. La population boisée est l’ancêtre des habitants ougriens modernes de Trans-Uralia. Certains considèrent les ancêtres des Khanty comme la culture préhistorique du travail des métaux Andronovo. D’autres chercheurs disent que le peuple Khanty est originaire de la steppe du sud de l’Oural et s’est déplacé vers le nord à son emplacement actuel vers 500 après JC.
Khanty apparaît probablement dans les archives russes sous le nom de Yugra (env. 11ème siècle), quand ils ont eu des contacts avec des chasseurs et des marchands russes. Le nom vient de la langue Komi-zyrienne jögra (« Khanty »). Il est également possible qu’ils aient été enregistrés pour la première fois par le roi anglais Alfred le Grand (env. 9ème siècle), qui a localisé Fenland (zone humide) à l’est de la mer Blanche en Sibérie occidentale. L’ancien nom russe Ostyak vient de Khanty as-kho ‘personne de la rivière Ob (as)’, avec -yak d’après d’autres termes ethniques comme Permyak.
Certaines principautés Khanty ont été partiellement incluses dans le Khanat de Sibérie à partir des années 1440-1570.
Au 11ème siècle, le Yugra était en fait un terme désignant de nombreuses tribus, chacune ayant son propre centre et son propre chef. Chaque tribu avait deux phratries exogamiques, appelées mon’t’ et por, et tous les membres étaient considérés comme des parents par le sang. Cette structure a ensuite été remplacée par des clans, où chaque chef de clan (knyazets) négociait avec le royaume russe. Ils ont également participé aux campagnes russes et ont reçu le droit de recueillir yasaq (hommage) de deux Khanty volosts (districts) respectivement. Lorsque cette structure n’était plus nécessaire, la Russie les a privés de leurs privilèges.
Entre le 17ème et le 19ème siècle, il y a eu des tentatives d’introduction du christianisme, mais le mode de vie Khanty n’a subi aucun changement réel. Dans la seconde moitié du 19ème siècle, ils ont progressivement accepté la loi de l’État.
Pendant la période soviétique, les Khanty étaient l’une des rares minorités indigènes de Sibérie à bénéficier d’une autonomie sous la forme d’un okrug (district autonome). L’établissement de l’autonomie a joué un rôle considérable dans la consolidation de l’ethnie (les Khants occidentaux appelaient leurs voisins orientaux Kantõk). Cependant, dans les années 1930, des efforts concertés ont été déployés par l’État soviétique pour les collectiviser. Les premières étapes de ce processus impliquaient l’exécution de chefs tribaux, qui étaient qualifiés de « koulaks », suivie de l’exécution de chamans. L’enlèvement par l’État des enfants qui ont été envoyés dans des internats russophones a provoqué une révolte nationale en 1933 appelée rébellion Kazym.
Après la fin de la période stalinienne, ce processus a été assoupli et les efforts ont été intensifiés dans les années 1980 et 1990 pour protéger leur territoire commun de l’expansion industrielle de divers ministères et agences. L’autonomie a également joué un rôle majeur dans la préservation de la culture et de la langue traditionnelles.
