Khizr Khoja prit le trône du Mogholistan après la défaite de Qamar-ud-din Khan Dughlat par Timur en 1390.
Tarikh-i-Rashidi de Mirza Muhammad Haidar Dughlat dit que le plus jeune fils de Tughluk Timur Khán était Khizir Khwája Khán, et que pendant qu’il était encore au sein de sa mère, il a été sauvé de la cruauté et de l’inimitié de Kamaruddin par Mir Ághá, la mère d’Amir Khudáidád. Lorsque l’enfant a atteint douze ans, ses amis, craignant toujours Amir Kamaruddin, l’ont emmené à Káshghar.
Amir Khudáidád souhaitait envoyer quelques hommes de confiance avec lui, mais Mir Ághá s’opposa à ce plan, disant: « N’envoyez aucun de vos propres serviteurs, car lorsque le garçon deviendra Khán, les personnes nées à la base deviendront influentes, et alors elles se révéleront des ennemis pour vous et vos enfants. Ils imagineront que les gens ne leur accordent pas suffisamment de respect, mais se diront entre eux: « Ce ne sont que des serviteurs. »Pour cette raison, envoyez plutôt les autres que vos propres serviteurs — envoyez des étrangers. »Alors douze hommes ont été envoyés, et chacun est finalement devenu émir. Beaucoup de leurs descendants sont en vie maintenant. Parmi eux se trouvaient Arjirák, dont descendent les Émirs d’Itárji; Tájri de Khwárizm, dont sont issus les Émirs de Kunji; tandis qu’un autre était de la tribu des Chálish Siádi; et ses fils sont également devenus des Émirs, avec le style de Kushji, mais ils sont aussi appelés Kukildásh.
Ils ont emmené Khizir Khwája Khán jusqu’aux collines qui se trouvent entre Badakhshán et Káshghar. Mais les espions de Kamaruddin ont eu des nouvelles de sa cachette, alors il l’a abandonnée et s’est enfui dans les collines de Khotan. Craignant d’être découvert, il se rendit ensuite à Sárigh Ouïghour, Jurján et Lob Katak, où il resta douze ans. À la mort de Kamaruddin, la recherche de Khizir Khwája Khán a été effectuée et Amir Khudáidád l’a envoyé d’où il se cachait. Dès qu’il a été amené, Khudáidád a appelé le peuple et l’a élevé au Khánship. C’est ainsi que la splendeur du Khán vint illuminer la souveraineté des Moghols, de sorte que les affaires de Mogholistán prospérèrent. Le Khán conclut alors une paix avec Amir Timur, qui forme une alliance avec lui en épousant Tavakkul Khánim, une jeune fille du haram royal.
