Kocuria rhizophila DC2201 (= NBRC 103217)

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L’actinomycète du sol Kocuria rhizophila est un coccoïde, gram- bactérie positive. Il appartient à la famille des Micrococcaceae dans le sous-ordre des Micrococcineae, un groupe bactérien divergent pour lequel seule une quantité limitée d’informations génomiques est actuellement disponible. La souche type de K. rhizophila (DSM 11926T) a été isolé de la rhizosphère de la quenouille à feuilles étroites (Typha angustifolia). Le genre Kocuria a été créé à partir du genre Micrococcus sur la base de la dissection phylogénétique et chimiotaxonomique du genre Micrococcus. Les membres du genre Kocuria ont été isolés à partir d’une grande variété de sources naturelles, y compris la peau des mammifères, le sol, la rhizosphère, les aliments fermentés, les échantillons cliniques, l’eau douce et les sédiments marins. K. rhizophila ATCC 9341, anciennement Micrococcus luteus, est désignée comme souche de contrôle de la qualité dans un certain nombre d’applications, y compris les tests de sensibilité pour une variété d’antibiotiques. K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) a été dérivée de l’IFO 12708 et caractérisée comme une souche présentant une tolérance à une grande variété de solvants organiques. La petite taille du génome, la capacité de croître rapidement et à haute densité cellulaire et la robustesse des cellules dans diverses conditions de croissance seraient très avantageuses pour le développement d’un système de bioconversion bactérienne qui pourrait être utilisé dans des conditions difficiles telles que dans les solvants organiques.

Le séquençage et l’annotation du génome de K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) ont révélé un seul chromosome circulaire (2 697 540 pb; Teneur en G+C de 71,16%) contenant 2 356 gènes codants pour les protéines prédits. La plupart des protéines prédites (87.7%) étaient orthologues aux protéines actinobactériennes, et le génome a montré une assez bonne synténie avec les génomes actinobactériens taxonomiquement liés. D’autre part, le génome semble coder un nombre beaucoup plus faible de protéines nécessaires au métabolisme secondaire (une chacune de la peptide synthétase nonribosomique et de la polykétide synthase de type III), à la régulation transcriptionnelle et au transfert latéral de gènes, reflétant la petite taille du génome. La présence de voies métaboliques probables pour la transformation des composés phénoliques générés par la décomposition des matières végétales, et la présence d’un grand nombre de gènes associés au transport membranaire, en particulier des transporteurs d’acides aminés et des pompes d’efflux de médicaments, peuvent contribuer à l’utilisation par l’organisme des exsudats de racines ainsi qu’à la tolérance à divers composés organiques.

Ce travail a été mené dans le cadre du projet « Développement d’une Infrastructure Technologique pour les Bioprocédés industriels » de la New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Japon.

Photo de
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

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