Kurama-dera retrace son histoire jusqu’en l’an 770 comme détaillé dans un récit ancien conservé au temple appelé Anbagai-ji Engi. Dans ces documents, il est écrit que le moine chinois Ganchō, disciple du célèbre Jianzhen (connu sous le nom de Ganjin au Japon), résidait au temple de ses maîtres, le Tōshōdai-ji, même après sa mort. Cependant, un certain jour, il vit un rêve dans lequel il était chargé d’aller au nord où une grande quantité de pouvoir spirituel était concentrée et où les esprits tengu et montagnards habitaient. En se rendant là-bas, Ganchō se perdit désespérément jusqu’à ce que le dieu Kibune Myōjin apparaisse dans un rêve et lui demande de regarder vers le ciel à l’est le lendemain matin pour voir un miracle. Quand il l’a fait, le moine a été choqué de voir un cheval blanc portant une selle vide, et il a suivi ce cheval jusqu’à ce qu’il arrive sur la montagne qui s’appellerait alors le mont. Kurama, orthographié avec les caractères kanji pour « cheval » et « selle ». Là, Ganchō établit un camp, mais il est bientôt attaqué par une femelle oni qui a l’intention de le dévorer. Le moine se disputa avec le démon et s’enfuit d’elle, cherchant refuge dans un arbre creusé où il commença à prier pour le salut. En réponse, le Gardien du Nord, Bishamonten, a exterminé le démon. Grâce à Bishamonten, Ganchō établit un petit ermitage sur le site afin de rechercher l’Illumination et d’adorer le Roi céleste.
Lorsque la capitale a déménagé de Nara à Kyoto en 794, de nombreux nobles et courtisans l’ont accompagnée, et un homme, Fujiwara Issendo, membre d’un clan extrêmement puissant et associé à la construction du temple Tō-ji dans le sud de Kyoto, a parrainé la construction d’un temple approprié sur le mont. Kurama deux ans plus tard après avoir vu une vision des Mille bras de Kannon. La famille Fujiwara a souvent consacré la déesse de la Compassion, Kannon, dans les temples qu’elle parrainait, de sorte que Kurama-dera est venu adorer les deux divinités, devenant finalement un temple de la secte Tendai. Au fil des ans, le complexe a subi plusieurs incendies et a été incendié puis reconstruit, mais à chaque fois, les trésors et la statuaire bouddhiste ont été sauvés avec succès et retournés dans de nouvelles maisons.
L’une des légendes historiques les plus célèbres de la période Heian, l’histoire de la rébellion Heike, implique Kurama-dera. Le temple était l’endroit où Minamoto no Yoshitsune (1159-1189), le jeune fils du seigneur assassiné du clan Minamoto, a été placé par les rivaux politiques de son père, le clan Taira, pour grandir en moine au lieu d’un guerrier qui pourrait plus tard s’opposer à eux. On raconte que malgré leur intention de faire de lui un moine, Yoshitsune s’est faufilé dans les forêts de montagne et a été formé par le roi des tengu à l’épée avant de quitter la vie monastique pour récupérer l’honneur de sa famille et se venger des Taira aux côtés de ses frères.
Kurama-dera a changé d’allégeance à plusieurs reprises au cours des siècles jusqu’à ce que l’abbé Shigaraki Kōun fonde la Kurama-kōkyō (École Kurama) du bouddhisme en 1947. Avec les différentes méthodes de formation et les différents styles de culte de la nature représentés à Kurama-dera, ce qui le rend très différent des autres écoles établies, il est devenu indépendant de la secte Tendai en 1949. Lors de la fondation de cette nouvelle secte, ils introduisirent la formation d’une Trinité connue sous le nom de Sonten composée de Bishamonten, de Kannon et de la divinité ésotérique vénérée uniquement à Kurama-dera appelée Gohōmaōson. L’école Kurama enseigne que la vie est guidée par la miséricorde de Kannon, la vérité de Bishamonten et l’énergie de Maōson sous la forme de la trinité suprême Sonten.