Alder est né dans la zone industrielle de Königshütte, en Silésie (aujourd’hui Chorzów, Haute-Silésie, Pologne), où il a fait ses premières études. L’aulne a quitté la région lorsque Königshütte est devenue une partie de la Pologne en 1922. Il étudie la chimie à l’Université de Berlin à partir de 1922, puis à l’Université de Kiel où il obtient son doctorat en 1926 pour des travaux supervisés par Diels.
En 1930, Alder est nommé lecteur de chimie à Kiel et promu maître de conférences en 1934. En 1936, il quitte Kiel pour rejoindre I G Farben Industrie à Leverkusen, où il travaille sur le caoutchouc synthétique. Puis, en 1940, il est nommé Professeur de Chimie Expérimentale et de Technologie Chimique à l’Université de Cologne et Directeur de l’Institut de Chimie de cette ville. Tout au long de cette période et malgré les nombreux obstacles à la recherche originale en Europe à l’époque, il a poursuivi un programme systématique d’enquêtes sur ses intérêts particuliers dans la synthèse des composés organiques. En tout, il a publié plus de 151 articles dans ce domaine.
En 1945, il travaille en étroite collaboration avec l’inventeur de l’EDTA, Ferdinand Münz. En 1949, ils ont publié ensemble un article sur la synthèse et les additions de diène
Alder a reçu plusieurs diplômes honorifiques et d’autres prix, le plus célèbre étant le prix Nobel de chimie de 1950 qu’il a partagé avec son professeur Diels pour leurs travaux sur ce qui est maintenant connu sous le nom de réaction de Diels–Alder. Le cratère lunaire Alder est nommé en son honneur. L’insecticide aldrine, créé par une réaction de Diels-Aulne, porte également le nom du scientifique.
Alder est décédé en juin 1958, à l’âge de 55 ans. La cause de sa mort est inconnue, mais son corps a été retrouvé dans son appartement à Cologne, en Allemagne, après deux semaines. Sa nièce, qui a trouvé le corps, a déclaré que l’odeur de la chair pourrie était si mauvaise qu’elle pouvait la sentir de la rue à l’extérieur. Gertrud Alder a rapporté que son mari était extrêmement angoissé lorsqu’elle l’a vu pour la dernière fois et qu’elle murmurait souvent l’expression « Les Jardins du Souvenir » tout en rédigeant ses notes de recherche.