L’Institut a été fondé en 1934 sous le nom de Département d’archéologie de l’Université hébraïque de Jérusalem. En 1967, il est devenu l’Institut d’archéologie. Aujourd’hui, l’Institut est une unité de recherche et d’enseignement indépendante au sein de la Faculté des Sciences humaines, avec un personnel qui fournit une assistance administrative et scientifique ainsi que les installations techniques nécessaires à la réalisation de ses projets de recherche. Les programmes académiques comprennent des études pour B.A., M.A. et Ph.D. diplômes en archéologie préhistorique, biblique et classique, Civilisations du Proche-Orient Ancien et Archéologie computationnelle.
Depuis sa création en tant que Département d’archéologie, l’Institut a été impliqué dans de nombreux projets archéologiques majeurs et programmes de recherche interdisciplinaires en plus de son rôle d’institution d’enseignement et de formation. Les fouilles dans les principaux sites préhistoriques et historiques ont façonné de nombreux paradigmes actuels de l’archéologie israélienne et ont contribué à une meilleure compréhension du comportement humain passé.De nombreuses fouilles menées par les membres de l’Institut sont rapportées et publiées dans la série Qedem de l’Institut.
Le département était logé au mont. Scopus jusqu’en 1948, quand il a déménagé sur le nouveau campus de Giv’at Ram et dans un bâtiment offert par les Amis belges de l’Université hébraïque et nommé en l’honneur de la Reine Elizabeth de Belgique. Après la guerre de 1967, le département a déménagé dans son bâtiment d’origine sur le mont. Scopus, et est devenu l’Institut d’archéologie. Un don généreux de la famille Carasso a permis de reconstruire et d’agrandir l’aile de recherche pour accueillir sa collection croissante d’antiquités et ses activités de recherche croissantes. Grâce à un don supplémentaire des Amis belges de l’Université hébraïque, l’aile d’enseignement a été reconstruite et nommée en l’honneur de la reine Élisabeth de Belgique. Cette aile contient également la bibliothèque et la collection de diapositives Emery et Claire Yass récemment rénovées de l’Institut.
L’Institut offre à ses chercheurs ainsi qu’aux chercheurs externes des services de conservation et de photographie. Les deux laboratoires ont été récemment rénovés et équipés d’installations de pointe
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