RAPPORT de CAS
La patiente était une fillette de 3 ans présentant une forme colique totale de la maladie de Hirschsprung. Le jour 2 de la vie (27 avril 2006), une chirurgie d’urgence pour une occlusion de l’intestin grêle due à une atrésie a été réalisée, avec ablation de 31 cm de l’intestin grêle, suivie d’une iléostomie terminale et d’une colostomie. Une nutrition parentérale totale était alors nécessaire. Le 25 août 2006, un orifice d’accès vasculaire implantable sous-cutané (Cathéter veineux central à spectre Cook, Cook Ireland Ltd.) a été placé pour une nutrition parentérale à domicile après un retrait accidentel du cathéter Nutricath (Vygon, France).
Quatre mois plus tard (décembre 2006), le premier épisode septique a été observé, avec sept échantillons de sang positifs prélevés à travers le cathéter et dans une veine périphérique. La fièvre s’est rapidement dissipée après l’initiation d’un traitement antimicrobien associant vancomycine (40 mg/ kg de poids corporel / jour, 10 jours) et gentamicine (3 mg/ kg / jour, 2 jours). Les isolats sanguins ont d’abord été identifiés comme Micrococcus spp. en utilisant des galeries biochimiques de routine et par la suite comme Kocuria rhizophila en utilisant des outils moléculaires. Par la suite, sept autres épisodes septiques avec K. rhizophila (deux en 2007, quatre en 2008 et un en 2009) ont été observés et résolus avec la même thérapie antimicrobienne. Comme il a été supposé que la colonisation du cathéter était la cause de la septicémie, l’éthanol se verrouille (70% d’éthanol a été instillé dans la lumière du cathéter pendant 12 h et a ensuite été retiré de la lumière du cathéter; ensuite, un rinçage isotonique au chlorure de sodium a été effectué) ont été effectués dans le cathéter au cours des quatre derniers épisodes associés à des antibiotiques systémiques (17). Lors du dernier événement septique en 2009, un trou dans le cathéter a été détecté et réparé à l’aide d’un kit de réparation spécifique. Après avril 2009, aucun nouvel épisode septique n’a été observé.
Au cours de la période de 3 ans (2007 à 2009), en utilisant le système tridimensionnel BacT/Alert (3D) (Biomérieux, Marcy l’Etoile, France), un total de 22 hémocultures positives ont été obtenues, avec 21 échantillons prélevés dans le cathéter et un dans une veine périphérique. Toutes les cultures ont donné des cocci à Gram positif se produisant en paires, tétrades et amas qui ont été préalablement identifiés comme des espèces de Micrococcus avec des caractéristiques de base. Les colonies ont grandi dans des conditions aérobies et sont apparues lisses et circulaires avec une teinte jaune citron ou une couleur crème sur gélose au sang. Les isolats étaient catalase positive, oxydase négative, sensibles à la bacitracine et résistants à la furazolidone. Seules quelques réactions positives ont été trouvées avec la galerie de staphylocoques ID 32 (bioMérieux), donnant Staphylococcus auricularis avec une faible probabilité de 57%. En 2006 et 2007, la souche clinique a été considérée comme Micrococcus sans autre investigation dans le processus d’identification. En 2008, nous avons utilisé la carte ID-GPC Vitek 2 (bioMérieux) qui a donné aux variens de Kocuria un score de confiance apparent » excellent » (98%). Il n’a montré qu’un seul test discordant (urée) car il semblait négatif pour cette espèce, alors qu’il devrait être positif dans 87% des isolats de K. varians. Afin de clarifier ce test discordant et de confirmer K. varians, nous avons utilisé une analyse du gène de l’ARNr 16S. L’extraction de l’ADN et l’analyse de la séquence génique de l’ARNr 16S ont été effectuées comme décrit précédemment (16). La procédure a été réalisée sur 11 isolats cliniques: quatre ont été récupérés en 2006, six en 2008 et un en 2009. De manière surprenante, toutes les séquences obtenues ont montré une identité complète à celles de K. rhizophila déposées dans la base de données nucléotidiques de GenBank. La séquence du gène de l’ARNr 16S de l’isolat de K. rhizophila a montré une similitude de 98 % (457/466) avec celle du gène de l’ARNr 16S de la souche DC22201 de K. rhizophila (GenBank accession no. NC010617) et ont montré une similitude avec les séquences de 10 autres souches de K. rhizophila, y compris la souche de type historique de Kovacs K. rhizophila TA68T (GenBank accession no. NR_026452; similitude de 99%) et Micrococcus luteus NCTC 2665 (no d’adhésion GenBank. NC012803; similitude de 93%). D’autres espèces de Kocuria ont montré une similitude de 451/462 pour Kocuria carniphila et de 452/467 pour Kocuria marina. Enfin et récemment, nous avons utilisé la spectrométrie de masse à temps de vol par ionisation par désorption laser assistée par matrice (MS MALDI-TOF) comme décrit précédemment (6), confirmant la souche sous le nom de K. rhizophila. Les profils spectraux de quatre isolats cliniques étaient identiques au profil spectral de la souche de type K. rhizophila (Fig. 1) et tout à fait distinct des profils de Kocuria kristinae, de Kocuria palustris, de Kocuria rosea et de Kocuria varians, tous présents dans la base de données Androma. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg / litre pour la vancomycine et 1 mg / litre pour la teicoplanine.
Profils spectraux MS MALDI-TOF. Les quatre premières lignées, quatre isolats cliniques de K. rhizophila de notre patient; la dernière lignée, la souche de type K. rhizophila utilisée dans la base de données Androma.
Le génotypage des isolats cliniques avec la technique de PCR amorcée arbitrairement nécessitait des temps de rampe prolongés, comme l’ont rapporté Ellinghaus et al. (8). Elle a été réalisée sur 9 isolats représentatifs des huit épisodes septiques et a montré le même schéma, représentant un K clonal. souche de rhizophile récupérée pendant 3 ans (Fig. 2).
Patrons de PCR arbitrairement amorcés de souches de K. rhizophila. Voies: M, échelle d’ADN; 1, souche de type DSM 11926; 11, K. rhizophila d’un autre patient (les souches des voies 1 et 11 ne sont pas liées); 2 et 3, deux isolats du premier épisode septique; 4, isolat du deuxième épisode; 5, isolat du troisième épisode; 6, isolat du quatrième épisode; 7, isolat du cinquième épisode; 8, isolat du sixième épisode; 9, isolat du septième épisode; 10, isolat du dernier épisode septique; 12, contrôle négatif. Les voies 2 à 10 ont des motifs similaires, indiquant la même contrainte.
Des espèces de microcoques ont été trouvées dans la poussière, le sol, l’eau et les aliments ainsi que sur la peau et les muqueuses des humains et des animaux. Il a également été constaté que les membres de ces groupes d’espèces causent des infections telles que la méningite, l’endocardite et la pneumonie, en particulier chez les patients immunodéprimés, et des infections liées à des dispositifs implantés ou insérés (18, 21, 30). Parmi le genre Kocuria récemment établi, les cas documentés d’infections humaines sont limités. L’espèce type K. il a été rapporté que rosea provoque une bactériémie liée au cathéter (2). Un autre membre du genre, K. kristinae, a également provoqué une bactériémie liée au cathéter chez les patientes atteintes d’un cancer de l’ovaire (3) ou d’une cholécystite aiguë (14). En 2009, deux cas de péritonite causés par K. marina ont été signalés par Lee et al. (12). Plus récemment, en 2010, Lai et coll. (11) ont signalé une bactériémie liée au cathéter et une endocardite infectieuse causées par Kocuria sp., tandis que Tsai et coll. (27) ont signalé une infection à K. varians associée à un abcès cérébral.
Tandis que K. la rhizophile a été isolée d’aliments tels que le fromage (7) et la viande de poulet (1), à notre connaissance, notre cas est le deuxième rapport d’infection humaine par K. rhizophila après le premier décrit par Becker et al. en 2008 (4). Bien que la source de notre souche K. rhizophila persistante à 3 ans n’était pas claire, il est possible qu’elle fasse partie de la flore cutanée résidente du patient, colonisant le dispositif intravasculaire à plusieurs reprises. Le dispositif intravasculaire à long terme (3 ans) a probablement fourni une niche pour la souche persistante de K. rhizophila, récurrente à travers le trou du dispositif. La réparation de l’appareil endommagé semblait jusqu’à présent empêcher l’apparition de tout nouvel épisode septique. L’ensemble du personnel du service est maintenant fréquemment rappelé à l’application stricte du protocole aseptique concernant la gestion du cathéter veineux central. Actuellement, l’enfant est en bonne santé et a toujours des selles liquides. La nutrition parentérale pourrait être réduite à 5 jours par semaine.
La galerie de staphylocoques ID 32 n’a pas permis une identification fiable de K. rhizophila puisque la base de données de ce kit de diagnostic disponible dans le commerce ne comprend qu’un nombre limité d’espèces de microcoques, ne couvrant pas les espèces récemment décrites et ne reflétant pas la taxonomie établie par Stackebrandt et al. (23). La carte ID-GP de Vitek 2 identifie de manière ambiguë plusieurs espèces de Kocuria (K. varians, K. kristinae et K. rosea) mais pas K. rhizophila. De plus, une mauvaise identification des staphylocoques à coagulase négative comme étant de la Kocuria à l’aide d’une analyse biochimique standard par le système Vitek 2 n’est pas rare, en raison de la variabilité phénotypique (5). En revanche, l’utilisation de l’analyse génétique de l’ARNr 16S ou de la MS MALDI-TOF était adéquate pour obtenir une identification précise de K. rhizophila.
Peu de données sont actuellement disponibles sur la sensibilité aux antimicrobiens de Kocuria spp. ou d’autres microcoques et, de plus, aucun schéma thérapeutique généralement accepté pour les infections graves n’a encore été défini. En 1995, von Eiff et al. (29) les CMI déterminées de plusieurs médicaments sur 188 souches micrococciques: les mic90 (mg / litre) de rifampicine, pénicilline, imipénème, ampicilline, clindamycine, céfotaxime, vancomycine / teicoplanine et gentamicine étaient respectivement ≤0,031,0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, et 1, alors que les MIC90 d’amikacine, d’érythromycine, de fosfomycine et d’acide fusidique étaient > 2 mg / litre. Dans notre cas, la souche était sensible à la vancomycine et à la gentamicine, et la combinaison de ces deux médicaments permettait toujours la stérilisation des hémocultures.
En conclusion, si un organisme ressemblant à micrococci est isolé à plusieurs reprises à partir d’hémocultures, il est important d’utiliser d’autres moyens que les systèmes biochimiques de routine, tels que le séquençage du gène de l’ARNr 16S ou la MS MALDI-TOF, pour obtenir une identification précise de l’espèce. Il est également recommandé de vérifier soigneusement l’intégrité des dispositifs intravasculaires à long terme et de réparer les dommages causés aux conduites centrales de récupération pour éviter qu’elles ne soient retirées.
Numéro d’accession de la séquence nucléotidique.
La séquence du gène de l’ARNr 16S de l’isolat de K. rhizophila a été soumise à GenBank sous le numéro d’accession JQ272742.
