Rébellion
Les deux premières années et demie de Charles en Espagne avaient amené le pays au bord de la révolte. Il n’avait pas particulièrement impressionné ses nouveaux sujets. Il était encore jeune et n’avait pas encore atteint la stature de quelqu’un qui pouvait dominer par sa présence ou charmer par son esprit. Un an plus tard, il écrira à propos de cette période que « Je n’étais pas assez vieux pour connaître ces royaumes ou assez expérimenté pour les gouverner ». Quelques jours après son départ, une rébellion éclate en Castille. Connue sous le nom de « Révolte des Comuneros », les grandes villes résistèrent à l’autorité royale, chassèrent les représentants des rois, firent de nouvelles demandes qui donneraient aux villes un plus grand contrôle sur la fiscalité et levèrent des troupes pour se défendre. Après avoir capturé Tordesillas, ils ont tenté d’utiliser l’autorité de la mère de Charles, la reine Juana, pour donner la légalité à leurs actions. En septembre 1520, sur les conseils d’Adrien, Charles nomma deux des plus hauts grands de Castille comme corégents, assurant ainsi le soutien de la noblesse, et abandonna l’idée de percevoir les nouveaux impôts. Lentement, les rebelles perdirent leur unité d’objectif, mais ce n’est qu’en avril 1521 que leur armée fut défaite à Villalar. Ce n’est qu’en février 1522 que les troupes royales entrèrent dans Tolède, la dernière ville à tenir le coup.
Avant même que Charles ne quitte le pays, des violences avaient éclaté à Valence. Cette révolte a été causée par une combinaison complexe de mécontentement social, de griefs politiques et d’épidémie de peste. L’échec de Charles aux cortes de Valence et l’exode de la noblesse des villes pour éviter la peste laissèrent un vide de pouvoir. Cela a été rempli par les guildes ou confréries (Germanias) qui avaient reçu le droit de constituer leur propre milice pour se défendre contre les attaques des corsaires musulmans le long de la côte méditerranéenne. Les Germanias ont pu occuper la plupart des villes de Valence et étaient particulièrement hostiles à la noblesse et aux musulmans qui représentaient plus de 20% de la population, vivant principalement sur les domaines ruraux de la noblesse. Les rebelles ont causé beaucoup de dommages à ces domaines et en juillet 1521, ils ont vaincu une force royaliste à la bataille de Gandie. Les musulmans capturés ont eu le choix de se convertir au christianisme ou de mourir. Cependant, les divisions croissantes parmi les rebelles et la prise de conscience parmi les nobles que, pour éviter le désastre, ils devaient unir leurs forces aux royalistes ont progressivement permis aux troupes loyales à Charles de prendre le contrôle. En février 1522, la révolte est terminée et l’année suivante, des centaines d’exécutions ont lieu, contrastant avec la clémence relative en Castille où seulement environ 50 personnes ont été exécutées ou sont mortes en prison.
Retour et établissement
Avant de quitter l’Espagne en 1520, Charles avait promis qu’il reviendrait dans les trois ans et ferait ensuite de l’Espagne le « socle » de son empire. À son retour en juillet 1522, les révoltés avaient été vaincus mais l’atmosphère était encore maussade et la population était encore persuadée qu’un roi étranger écouterait leurs plaintes ou répondrait à leurs besoins. Il passa les huit années suivantes en Espagne et entreprit de tenir sa promesse, d’assurer sa position en apprenant la langue, en comprenant ses coutumes et en exerçant son autorité. Tout cela ne s’est pas produit du jour au lendemain mais il a clairement fait part de ses intentions. S’adressant aux cortes castillanes peu après son retour, il a déclaré: « Hier, j’ai demandé des fonds; aujourd’hui, je veux vos conseils ». Il a souligné que: « Vous savez que la coutume avait été d’accorder ceci (le servicio) en premier ; c’était ainsi sous mes prédécesseurs royaux. Pourquoi essayer d’établir une innovation avec moi? Et puisque beaucoup de maux m’ont amené à cette nécessité, vous, comme de bons et loyaux sujets, y remédierez en faisant votre devoir comme je m’attends à ce que vous le fassiez « . En mars 1526, il se rend à Séville pour épouser Éléonore de Portugal. Ils visitèrent Cordoue et Grenade avant de retourner à Valladolid, où en mai 1527 Éléonore donna naissance à un héritier, Philippe.
L’Espagne est en effet devenue une partie vitale de son empire, fournissant des commandants et des troupes à ses armées, faisant venir des lingots de ses colonies des Amériques, restant fortement catholique et affichant plus de loyauté que la plupart de ses autres terres. Dans la dernière partie de son règne, il écrivit à son frère Ferdinand à propos de problèmes financiers et déclara que « Je ne peux être soutenu que par mes royaumes en Espagne ». Mais il a reconnu qu’il y avait encore des problèmes considérables à dire à Philippe lorsqu’il est devenu régent en 1543 que « Tu seras assez troublé pour de l’argent ».l