Séquences du Génome Entier de Cinq Souches de Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 et NCTC7511

ANNONCE

Kocuria rosea est une bactérie coccoïde non sporogène, aérobie, oxydase-négative, catalase-positive, Gram-positive qui se développe sous forme de colonies circulaires, lisses et rosées sur gélose nutritive. Cet organisme est traditionnellement appelé saprophyte et existe couramment dans le milieu naturel (sol, eau et air) (1). K. rosea est également un commensal de la peau humaine et de l’oropharynx et est très rarement un agent pathogène humain, bien qu’en raison d’une erreur d’identification potentielle et du fait que les microcoques sont considérés comme des contaminants, son rôle dans l’infection pourrait être sous-estimé (2). K. rosea a été décrit comme un pathogène opportuniste; il a été connu pour provoquer une maladie liée à un dispositif médical chez les immunocompétents et chez les personnes souffrant d’affections sous-jacentes, et il a été impliqué dans des cas isolés d’infection des voies urinaires, de bactériémie, d’endocardite et de péritonite chez les personnes subissant une dialyse péritonéale (3-6). Les techniques d’identification phénotypique et biochimique peuvent ne pas permettre d’identifier correctement K. rosea, et des méthodes d’identification basées sur le génome peuvent être nécessaires pour dresser un tableau plus complet de la maladie causée par cet organisme (2). Actuellement, il n’y a que trois projets de séquences génomiques disponibles pour les souches de K. rosea. Ici, nous rapportons des séquences génomiques supplémentaires de cinq souches déposées dans la Collection Nationale de Cultures de type (NCTC). Trois de ces génomes ont été assemblés en un seul contig.

En raison de la nature historique des souches séquencées dans cette étude, la disponibilité des métadonnées est limitée. Les enregistrements NCTC soulignent que les cinq souches ont été isolées avant 1949. Notamment, tous sont répertoriés dans une étude menée au NCTC à la fin des années 1940, dont le but était de fournir un système de classification ubiquitaire utile pour les cocci Gram-positifs à catalase aérobie en examinant 431 souches pour les caractéristiques morphologiques, les caractéristiques biochimiques et la sensibilité à deux bactériophages (7). On sait également que NCTC7512, NCTC7514 et NCTC7528 faisaient autrefois partie de la collection Kral, l’une des premières collections de cultures microbiennes au monde qui a fonctionné de 1890 à 1911.

Les cinq souches NCTC ont été récupérées dans des ampoules lyophilisées, cultivées sur gélose nutritive et incubées à 37°C pendant 48 h. L’ADN génomique a été extrait des cultures pures à l’aide du kit Qiagen midi et d’une pointe génomique de 100/G (Manchester, Royaume-Uni). Le séquençage du génome entier (WGS) a été réalisé à l’aide de la plateforme RS II de Pacific Biosciences (PacBio). L’ADN a été cisaillé à 15 kb, suivi de la préparation d’une bibliothèque de 10 kb à 20 kb et du séquençage en utilisant la chimie C4/P6.

Les lectures de séquences ont été assemblées à l’aide de HGAP v3 du logiciel d’analyse SMRT v2.3.0(8). La couverture de pli à cibler lors de la sélection de la longueur minimale de fragment pour l’assemblage a été fixée à 30, et la taille approximative du génome a été fixée à 3 Mbp. L’ensemble a été circularisé à l’aide du Circlateur v1.1.3(9). Enfin, l’ensemble circularisé a été poli à l’aide du protocole PacBio RS_Resequencing et du Carquois v1 du logiciel d’analyse SMRT v2.3.0. L’annotation automatisée a été réalisée à l’aide de Prokka v1.5 et d’une base de données spécifique au genre de RefSeq(10). Les statistiques sommaires des génomes des cinq souches sont présentées dans le tableau 1.