Éclosion
Kolokotronis retourne sur le continent juste avant le déclenchement de la guerre (officiellement, le 25 mars 1821) et forme une confédération de bandes irrégulières de klephts Moreot. Ceux-ci, il a essayé de les entraîner et de les organiser en quelque chose ressemblant à une armée moderne. En mai, il a été nommé archistrategos ou commandant en chef. Il avait déjà 50 ans à cette époque, ce qui a contribué à son sobriquet O Geros tou Morea ou « L’Ancien de Morea », selon lequel Morea était un autre nom décrivant le Péloponnèse. La première action de Kolokotronis fut la défense de Valtetsi, le village près de Tripoli où son armée se rassemblait. Plus tard, il a également été le commandant des forces grecques pendant le siège de Tripolitsa. Après la prise de Tripolitsa, il entra dans la ville, où on lui montra un platane sur la place du marché où les Turcs pendaient les Grecs et il ordonna qu’il soit abattu.
Siège de Nauplie
Il commande ensuite avec Démétrios Ypsilantis les troupes grecques au siège de la forteresse de Nauplie, depuis septembre 1821, Acrocorinthe (capitulé en janvier 1822) et plus tard de la forteresse de Patras depuis février 1822.
Les forces grecques prirent le port de Nauplie, et la garnison ottomane dans les citadelles jumelles de la ville était à court de fournitures, mais le gouvernement provisoire grec désorganisé d’Argos, juste au nord, ne put achever les négociations pour sa reddition, avant qu’une grande force ottomane ne commence à marcher vers le sud pour écraser les révolutionnaires. Paniqués, les représentants du gouvernement abandonnèrent Argos et commencèrent les évacuations par mer à Nauplie. Seul un bataillon sous les ordres de Démétrios Ypsilantis restait pour tenir le château de Larissa, la forteresse d’Argos.
En tant que libérateurmodifier
Kolokotronis rassembla les klephtes pour marcher au secours d’Ypsilantis. Ce fut tout un exploit en soi, compte tenu de la quasi-effondrement du gouvernement et de la nature notoirement querelleuse des bandes klephtiques. Même les Souliotes gênants ont prêté main forte. L’armée ottomane du nord commandée par Mahmud Dramali Pacha, après avoir pris Corinthe, avait marché vers la plaine d’Argos. Le château de Larissa était une excellente position, commandant toute la plaine. Quitter un tel bastion à cheval sur les lignes d’approvisionnement ottomanes était beaucoup trop dangereux. Dramali devrait réduire la forteresse avant de passer à autre chose. Escalader les falaises, briser les murs robustes du château et vaincre ses défenseurs résolus ne serait pas une tâche facile.
Pourtant, il y avait une faiblesse que Dramali ignorait: Larissa, contrairement à l’Acropole d’Athènes, n’avait pas de source et, par conséquent, de l’eau douce devait être fournie par des citernes. Malheureusement pour les Grecs, c’était en juillet et aucune pluie ne tombait pour remplir les citernes. Ypsilantis a bluffé les Ottomans aussi longtemps qu’il le pouvait, mais vers la fin du mois, il a dû se faufiler ses hommes au milieu de la nuit. Les hommes de Dramali pillèrent le château le lendemain, et il était maintenant libre de les marcher vers la côte pour se ravitailler (les Grecs avaient mené une politique de terre brûlée, et la grande force ottomane mangeait assez rapidement ses vivres). La défense d’Ypsilantis avait acheté un temps précieux à Kolokotronis et aux klephts.
À sa grande consternation, Dramali se trouva coupé de sa flotte de ravitaillement, qui avait l’intention de débarquer à Nauplie mais fut bloquée avec succès par la flotte grecque commandée par l’amiral Andreas Miaoulis.
Dramali décida à contrecœur de se retirer vers Corinthe par le col de Dervenaki, par lequel il venait d’arriver sans être inquiété. C’était exactement ce que Kolokotronis espérait. En août 1822, ses forces de guérilla rapides piégèrent les Ottomans dans le col et les annihilèrent lors de la bataille de Dervenakia.
Un sultan dévasté Mahmud II à Constantinople a été contraint de se tourner vers Muhammad Ali, souverain du pachaluk d’Égypte nominalement ottoman, pour obtenir de l’aide.
Les Grecs reprennent le siège contre les forteresses de Nauplie, tombées en décembre. Kolokotronis aurait monté son cheval sur les pentes abruptes de Palamidi pour y célébrer sa victoire; une statue sur la place de la ville commémore l’événement. Il est vêtu de l’uniforme pseudo-classique de l’Infanterie légère grecque, qu’il aimait porter.
Crise parlementaire
De décembre 1823 à février 1825, il prend part aux guerres civiles entre les différentes factions grecques ; lorsque son parti est finalement vaincu, il est emprisonné à Hydra avec certains de ses partisans en mars 1825, et n’est libéré que lorsqu’une armée égyptienne sous le commandement d’Ibrahim Pacha envahit la Morée. Son fils aîné, Panos Kolokotronis, a été tué pendant la deuxième guerre civile.
Contre Ibrahim
Ibrahim venait de combattre les rebelles wahhabites en Arabie et était donc habitué à combattre la guérilla. Ses troupes étaient armées des équipements les plus modernes et entraînées par des experts européens. Le sultan avait promis à son père l’île de Crète comme apanage pour le jeune Ibrahim s’il pouvait écraser les rebelles. Les yeux rivés sur le prix, il se fraya un chemin à travers le Péloponnèse, gagnant de nombreux territoires mais suscitant beaucoup d’hostilité dans l’opinion publique d’Europe occidentale, ce qui s’avéra à long terme désastreux pour les Ottomans.
L’île de Sphactérie et de Navarin était déjà tombée entre les mains d’Ibrahim, et pour aggraver les choses pour Kolokotronis, il devait encore se prémunir contre les machinations de Petros Mavromichalis alors qu’il se préparait contre la nouvelle menace.
Kolokotronis a décidé de ne pas affronter Ibrahim dans une bataille en plein champ et a utilisé des tactiques de guérilla et une politique de la terre brûlée contre lui; mais étant donné ses ressources limitées, n’a pas pu empêcher la destruction généralisée qu’Ibrahim a laissée dans son sillage. Pourtant, en 1825, en reconnaissance de son sens militaire et de ses nombreux services rendus à la cause grecque, il fut nommé commandant en chef des forces grecques dans le Péloponnèse.