a Dél-afrikai Khoisan nyelvek hagyományos nyelvi osztályozása három gyakorlatilag független csoportra osztja őket: északi, középső és Déli. A Tanzániai Sandawe távoli kapcsolatban áll a központi csoporttal, de Hadza helye még a Sandawe-val kapcsolatban is mindig tisztázatlan volt; kwadi státusza pedig Namibe kihalt nyelve (korábban Mo ons) Angola délnyugati részén továbbra is bizonytalan. Kwadi nagyon távoli kapcsolatban állhat a Khoe csoporttal. Az egyes csoportokon belül többé-kevésbé szorosan rokon nyelveket és nyelvjárásokat találunk megkülönböztető nyelvtani vagy lexikai jellemzőkkel, de a csoportok között kifejezett nyelvi különbségek vannak. A nyelvek kifinomultabb felosztásában a földrajzi mellékneveket minden nagyobb nyelvcsoportban a ‘személy’ nevekkel helyettesítik, így a Ju helyettesíti az északi, a Khoe a középső és a !Kwi és Taa dél felé terjeszkedik.
a Ju dialektusok !Xũ, Ju | hoã, valamint ǂKx’au ǁ ‘eĩ beszélnek mintegy 11,000 az emberek, főleg az északkeleti Namíbia, valamint a szomszédos részek Ngamiland Botswana; ott is lehet egy pár hangszóró dél-Angola. A Khoe nyelvek—nevezetesen a Khoekhoe csoport, amely a Namíbiai Nama (hivatalosan Khoekhoegowab), mintegy 230 000 beszélővel és !Ora és Gri (mindkettő kihalt) Dél-Afrikában – a legtöbb. A fennmaradó Khoe nyelvek és a nem Khoekhoe (NKK) csoport dialektusainak többsége, amely összesen mintegy 66 000 beszélőből áll, Botswana egész nyugati, középső és északi részén megtalálható. Az úgynevezett nyugati NKK nyelvek közül a Narót nyugaton beszélik (néhány beszélővel Namíbia szomszédos részein), a Gui-t és a xhamanit a Nyugat-középső területen, a Bugát és az Okavango-deltában pedig északon beszélik. (Kxoe, amely szorosan kapcsolódik az utóbbihoz, a Caprivi-sávban található, Namíbiaés a Kwando folyó mentén Angola délkeleti részén.) A Shua és a Tshua nyelvcsoportokat Botswana keleti részén beszélik. A déli csoport TAA dialektusai, amelyek szorosan kapcsolódó fajtákból állnak !X 6, beszélik kevesebb, mint 2,500 emberek délnyugati Botswana (kattintson ide egy hangfelvételt a !Nyelv). A kihalt !A déli csoport Kwi dialektusait, mint például a | Xam, a xhamxegwi, a xhamng és a |’Auni, Dél-Afrikában beszélték; a !Kwi nyelvjárások, csak a donkhomani-t beszélik még néhány ember Észak-Fokföld tartományban (kattintson ide a donkhomani nyelv). A Botswana délkeleti nyelvének, amely kevesebb, mint 100 beszélővel rendelkezik, mind a déli, mind a Ju csoportokkal megosztja jellemzőit. Kelet-Afrikában a Sandawe-T 70 000 ember beszéli Tanzániában dodomától északnyugatra, Hadzát pedig mintegy 800 beszéli Tanzánia Észak-középső részén, az Eyasi-tó közelében. Kattintson ide a | Gui nyelv hangklipjéhez, itt pedig a Ju klipjéhez.
az összes nyelv közötti genetikai kapcsolat hipotézise a családfa formájában képviselt makro-Khoisan család posztulációjához vezet. A hadzát a gyökérrel összekötő szaggatott vonal a család tagságával kapcsolatos bizonytalanságot tükrözi, és a Sandawe és Kwadi különálló ágainak a Khoe csoport mellett történő összehangolása lehetséges, de távoli kapcsolatot jelent ezen ágak között. A fa genetikailag rokon Dél-afrikai Khoisan nyelveinek egy alcsoportjára vonatkozó bizonyítékok azonban nagyon vékonyak és olyan egyenetlen minőségűek, hogy megkérdőjelezték a makro-Khoisan család valóságát. A Khoisan nyelvek fő csoportjai között alkalmazott hagyományos nyelvi összehasonlítási módszerek nem eredményeztek rendszeres hangmegfelelést, ami lehetővé tenné a közös gyökerek rekonstruálását; és a nyelvtani struktúra közös újításai, amelyeket a nyelvi kapcsolatok posztulálásának legjobb bizonyítékforrásának tekintenek, frusztrálóan hiányoznak. A táblázat ezt a problémát a fő alosztályok néhány alapvető szavával szemlélteti. Az elsöprő benyomás a csoportok közötti radikális különbségekről szól. A buffalo szó Sandawe kapcsolatát mutatja A Khoe csoporttal, de a Ju hasonló formája valószínűleg egy szomszédos Khoe nyelv kölcsönzése, nem pedig egy közös őstől örökölt forma. A hasonlóság a Khoe és !Az ‘ital’ és a ‘nevetés’ kifejezésekre vonatkozó x 6 formák a magánhangzók és a mássalhangzók közötti lehetséges hangmegfelelésekre utalnak, de ez a hasonlóság nem terjed ki a két csoport más szavaira. Az egybevágó különbségek egyrészt az ital és a nevetés Ju formái, másrészt a Khoe/!A másik oldalon az X 6 formák érdekesek, de mivel nem általánosítanak, csupán kínzó maradnak. Végül a nyelvi összehasonlítások túl kevés ésszerű megfelelést eredményeztek a nyelvek közötti biztonságos családi kapcsolatok kialakításához.
a nyelvi rokonság feltárásának más megközelítése magában foglalja a szavak tömeges összehasonlítását a különböző csoportok nyelvei között. Azáltal, hogy bizonyos rugalmasságot enged a jelentések és szavak társításában, ahelyett, hogy ragaszkodna a szoros szemantikai megfelelésekhez és a hangváltozás szabályaihoz, ez a technika néhány szuggesztív hasonlóságot eredményezett, néhány közülük még a Khoisan nyelveken túl is a Niger-kongói család nyelveire terjedt ki. Amikor az ilyen esetek Khoisan szavakban történő kattintásokkal járnak, amelyek megfelelnek a Niger-kongói szavak nem kattintásainak, felmerül a kattintásgenezis és a kattintásvesztés megoldhatatlan problémája. Lehetséges, hogy a Khoisan nyelvi kapcsolatok meggyőző bemutatásának elmulasztása a hagyományos és más összehasonlító módszerek korlátainak függvénye, hogy behatoljanak a csoportokat elválasztó nagy időmélységbe.