a Kocuria rosea öt törzsének teljes genom szekvenciái, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 és NCTC7511

bejelentés

a KOCURIA rosea egy nem spóraképző, aerob, oxidáz-negatív, kataláz-pozitív, gram-pozitív coccoid baktérium, amely kör alakú, sima, rózsaszínű Telepekként növekszik a tápanyag-agaron. Ezt az organizmust hagyományosan szaprofitának nevezik, és általában a természetes környezetben (talajban, vízben és levegőben) létezik (1). A K. rosea az emberi bőr és az oropharynx kommenzálisa is, és nagyon ritkán emberi kórokozó, bár az esetleges téves azonosítás és a mikrokockák szennyező anyagként való felfogása miatt a fertőzésben betöltött szerepét alábecsülhetik (2). A K. rosea-t opportunista kórokozóként írták le; ismert, hogy orvostechnikai eszközökkel kapcsolatos betegséget okoz az immunkompetensekben és az alapbetegségekben, és a húgyúti fertőzés, a bakterémia, az endocarditis és a peritoneális dialízis alatt álló betegeknél (3-6). Előfordulhat, hogy a fenotípusos és biokémiai azonosítási technikák nem tudják helyesen azonosítani a K. rosea-t, és Genom alapú azonosítási módszerekre lehet szükség ahhoz, hogy teljesebb képet kapjunk az e szervezet által okozott betegségről (2). Jelenleg csak három vázlatos genomszekvencia áll rendelkezésre a K. rosea törzsek számára. Itt további genomszekvenciákat számolunk be öt törzsből, amelyeket a Nemzeti típusú kultúrák gyűjteményében (NCTC) helyeztek el. Ezek közül a genomok közül hármat egyetlen contig-ba állítottak össze.

az ebben a tanulmányban szekvenált törzsek történeti jellege miatt a metaadatok elérhetősége korlátozott. Az NCTC feljegyzései kiemelik, hogy mind az öt törzset 1949 előtt izolálták. Nevezetesen mindegyiket felsorolják az NCTC-ben az 1940-es évek végén végzett tanulmányban, amelynek célja az aerob kataláz-pozitív gram-pozitív kókuszok mindenütt hasznos osztályozási rendszerének biztosítása volt, 431 törzs morfológiai jellemzőinek, biokémiai jellemzőinek és két bakteriofágra való érzékenységének vizsgálatával (7). Az is ismert, hogy az NCTC7512, az NCTC7514 és az NCTC7528 egykor a Kral gyűjtemény része volt, amely a világ egyik első mikrobiális tenyészetgyűjteménye, amely 1890-től 1911-ig működött.

az öt NCTC törzset liofilizált ampullákból nyertük ki, tápanyag-agaron tenyésztettük, és 37ccc-n inkubáltuk 48 órán keresztül. a tiszta tenyészetekből a genomi DNS-t a Qiagen midi kit és egy 100/G genomi-tip (Manchester, Egyesült Királyság) segítségével extraháltuk. A teljes genom szekvenálását (WGS) a Pacific Biosciences (PacBio) RS II platform. A DNS-t 15 kb-ra nyírtuk, majd 10 kb – tól 20 kb-ig terjedő könyvtárat készítettünk, majd C4/P6 kémia felhasználásával szekvenáltuk.

Szekvenciaolvasásokat állítottunk össze HGAP v3 az SMRT elemző szoftver v2.3.0 (8). Az összeszereléshez szükséges minimális fragmentumhossz kiválasztásakor a megcélzott hajtás lefedettségét 30-ra, a hozzávetőleges genomméretet pedig 3 Mbp-ra állítottuk be. A szerelvényt a circlator v1.1.3 (9) segítségével köröztük. Végül a kör alakú egységet a PacBio RS_Resequencing protokoll és az SMRT elemző szoftver V1 V2.3.0 Quiver v1 alkalmazásával csiszoltuk. Az automatizált annotációt a Prokka v1.5 és a refseq (10) genus-specifikus adatbázisával végeztük. Az öt törzs genomjának összefoglaló statisztikáit az 1.táblázat mutatja.