… a szerkezeti képletből a molekulák 3 dimenziós konfigurációját is figyelembe kell venni. A konfiguráció modellezéséhez megfelelő technikákra van szükségünk, amelyeket a 3. szakaszban bemutatott gráftranszformációval lehet biztosítani. A térbeli konfiguráció kulcsszerepet játszik számos kémiai reakcióban. A molekuláris entitás atomjainak térbeli elrendezése megkülönbözteti az enantiomereket, amelyek különböző kémiai tulajdonságokkal rendelkeznek. Gyakran különböző illatúak és ízűek, és a farmakológiai hatásuk közötti különbség súlyos lehet, mivel az emberi test receptorai csak a megfelelő abszolút konfigurációjú gyógyszermolekulákkal lépnek kölcsönhatásba. A királis molekulák egymás tükörképei, de transzlációval és forgatással nem helyezhetők egymásra. Az 5. ábra egy minta királis molekulát mutat: glicerinaldehid . Az L-glicerinaldehid és a D-glicerinaldehid entantiomerek úgy viselkednek, mint a bal és a jobb kéz, amelyek egyenlőek, kivéve a 3 dimenziós térben való elrendezésüket. A kiralitás szerepet játszik a citromsav-ciklusban részt vevő számos molekulában és enzimben. Az izocitrát és a malát királis molekulák, a citrát prochirális, azaz királissá válna, ha két azonos ligandum (csatolt atomok vagy csoportok) egyikét új szubsztituenssel helyettesítik. Ez aszimmetrikus phe-nomenát is eredményez , amikor a citrátot izocitráttá izomerizálják az aconitáz enzimmel, amelyeket radiokarbon segítségével vizsgáltak meg az egyes atomok jelölésére . Az izocitrátot csak d-izomerként lehet izocitrát-dehidrogenázzal feldolgozni, míg az L-izomer nem reagál, vagy akár az egész ciklust is megállíthatja az enzimhez való kötéssel, ami magnézium-fémvegyület hiányában történik, amint azt a közelmúltban felfedezték . Ezek a példák azt mutatják, hogy az anyagcsere utak formális ábrázolásának mindig meg kell birkóznia a sztereokémiai szempontokkal. A kémiában számos elnevezési konvenció létezik az enantiomerek megkülönböztetésére. Különösen ott van az optikai aktivitás szerinti osztályozás, (+) vagy (-), a D/L – és az R/S-osztályozási rendszer. Mindegyiket a kémia speciális területein használják történelmi vagy gyakorlati okokból, de közvetlenül nem konvertálhatók egymásba. Tehát például egy pozitív optikai aktivitású (+) molekula lehet D vagy L, és ennek meghatározására nincs általános szabály. A D / L-Egyezmény azon alapul, hogy a molekulát gliceraldehiddel kapcsolják össze, amely az egyik legkisebb általánosan használt királis molekula. A szerkezeti képletek leírásakor a vonalak a kötéseket körülbelül a rajz síkjában ábrázolják; a sík feletti atomokhoz való kötéseket ékkel mutatjuk be (a rajz síkjában lévő atomtól kezdve az ék keskeny végén); a sík alatti atomokhoz való kötéseket szaggatott vonallal mutatjuk be (Lásd az ábrát. 6). A következő szakaszban létrehozunk egy hipergráfos megközelítést a molekuláris reakciók modellezésére, amely figyelembe veszi a sztereokémiai konfigurációt, összehasonlítva a molekulákat a D-gliceraldehid szerkezetével. Adott egy rangsorolt címkehalmaz = (n) n 6 n, az An-jelölt hipergráf (V, E, s, l ) egy halmazból áll v csúcsok, egy készlet E élek, egy függvény s : E ( e) = n , majd L ( e) = a ( A) A A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z) A (Z Egy morphism a hypergraphs egy pár funkciók φ V : V 1 → V 2 φ E : E 1 → E 2, hogy megőrizze a címkéket meg a feladatokat, csomópontok, azaz l 2 ◦ φ E = l 1-φ ∗ V ◦ s 1 = s 2 ◦ φ E . A morfizmusnak tehát tiszteletben kell tartania az él által képviselt atomot, valamint annak kémiai vegyértékét (kötések száma). A címkézett hipergráfok hierarchikus gráfstruktúráknak tekinthetők. Amint azt az L is mutatja, A pushouts elementwisely kiszámítható az összes hierarchikus gráfstruktúrára, ezért a standard gráf transzformációs megközelítések alkalmazhatók. A gráftranszformációs szabály az injektív hipergráf tartománya l r morfizmusok p = (L ++ – K-6 r), az úgynevezett a szabály span . A bal oldali L azokat az elemeket tartalmazza, amelyeknek jelen kell lenniük a szabály alkalmazásához, A jobb oldali R azokat, amelyek utána vannak jelen, a K ragasztási gráf pedig a “ragasztási elemeket”, azaz., azok az objektumok, amelyeket az alkalmazás során olvasnak, de nem fogyasztanak el. p (o ) A G = H közvetlen transzformációt az o = o L , o K , o R kettős nyomó (DPO) diagram adja meg az alábbiak szerint, ahol az (1), (2) nyomó, a felső és az alsó pedig szabályfesztávolság. Feltételezzük, hogy az o l egy injektív gráf homomorfizmus. Ha nem érdekel a transzformáció szabálya és diagramja, akkor nem írunk G = H = H vagy csak G = H . Hipergráfokat (V, E, s, l ) használunk a molekulák és reakcióik modellezésére, a hiperedgeket atomokként, a csomópontokat pedig kötésekként interpretálva. A húr s (e ) egy élre eső csúcsok e .. e megadja a kötések meghatározott sorrendjét más atomokhoz, kódolva térbeli konfigurációjukat is, amint látni fogjuk. …
