absztrakt
bár az emlősök genomjai diploidok, a korábbi vizsgálatok széles körben vizsgálták az átlagos kromatin architektúrákat anélkül, hogy figyelembe vették volna a homológ kromoszómák közötti különbségeket. Hi-C, ChIP-seq és RNS-seq adathalmazokat állítottunk elő B6, Cast és hibrid egerek CD4 T sejtjeiből, hogy megvizsgáljuk a diploid kromatin szerveződést és az epigenetikus szabályozást. Adataink azt mutatják, hogy a homológ kromoszómák közötti interkromoszomális interakciós minták hasonlóak, és a hasonlóság erősen korrelál az allél koexpressziós szintjükkel. A 3D-s mag rekonstrukciója feltárta, hogy a homológ kromoszómák távolsága a mag középpontjától szinte azonos. A centromér végein a kromoszómák közötti kölcsönhatások szignifikánsan gyengébbek, mint a telomer végeinél, ami arra utal, hogy a kromoszóma-területek különböző régióiban helyezkednek el. Az A|B rekeszek vagy topológiailag társított domének (tad) többsége konzisztens a B6 és a Cast között. Azt találtuk, hogy a hibridekben a haploidok 58% – a fenntartja szülői rekesz állapotát a B6 / Cast divergens rekeszeknél a cis hatás miatt. 95%-a konvergál ugyanahhoz a rekesz állapothoz, potenciálisan a megosztott celluláris környezet miatt. Megmutattuk, hogy a hibridben a két haploid között differenciálisan expresszált gének genetikai vagy epigenetikus hatásokkal járnak. Összefoglalva, a hibrid egerekből származó multi-omikai adataink haploid-specifikus információkat szolgáltattak a 3D nukleáris architektúráról, és gazdag forrást nyújtottak a haploid-specifikus génexpresszió epigenetikus szabályozásának további megértéséhez.
