1990 decemberében a náci időszak óta az első német szabad választás kibővített többséget biztosított Kohl koalíciójának. 45 év megosztottság után Németország ismét egyesült, és a következő évben Kohl segített tárgyalni az Európai Unióról szóló szerződésről, amely létrehozta az Európai Uniót (EU), és előkészítette az utat az euró, az EU közös valutájának bevezetése előtt az évtized végére.
a Nemzeti Egyesülés megvalósítását hamarosan számos nehézség árnyékolta be, amelyek közül néhány az európai gazdaság strukturális problémáiból, mások pedig magának az egyesülésnek a költségeiből és következményeiből adódtak. Európa többi részéhez hasonlóan az 1990-es években Németország is szembesült a megnövekedett globális versennyel, a fejlett szociális jóléti rendszer növekvő költségeivel és a makacs munkanélküliséggel, különösen a hagyományos ipari szektorban. Ugyanakkor szembesült a Kelet és Nyugat egyesítésének megdöbbentő többletköltségeivel is. Ezek a kiadások annál is inkább nyugtalanítóak voltak, mert látszólag váratlanok voltak. Kohl és tanácsadói keveset tettek azért, hogy felkészítsék a német adófizetőket az egyesülés költségeire, részben azért, mert féltek a lehetséges politikai következményektől, de azért is, mert magukat is meglepte a feladat nagysága. A probléma lényege a keletnémet gazdaság állapota volt, amely sokkal rosszabb volt, mint bárki felismerte vagy elismerte. Csak néhány keleti cég tudott versenyezni a világpiacon; a legtöbb sajnálatos módon nem volt hatékony és környezetkárosító. Ennek következtében a volt keletnémet gazdaság összeomlott, keletiek százezrei szembesültek munkanélküliséggel, Kelet pedig erősen függött a szövetségi támogatásoktól. Ugyanakkor az infrastruktúra-utak, vasútvonalak, telefonok és hasonlók—hatalmas tőkebefektetést igényelt a jövőbeli gazdasági növekedés alapjául. Röviden, az azonnali jólét és a gazdasági egyenlőség ígérete, amelyen az egyesítés gyors és viszonylag fájdalommentes folyamata nyugodott, lehetetlennek bizonyult. A munkanélküliség, a társadalmi diszlokáció és a csalódottság több mint egy évtizeddel a berlini fal leomlása után továbbra is kísértette az új L. A. D.-T.
a Kelet és Nyugat közötti gazdasági szakadék csak egyike volt az egyesülés nehézségeinek. Nem meglepő, hogy a keletiek közül sokan nehezményezték azt, amit nyugati arroganciának és érzéketlenségnek tartottak. A wessi (“nyugati”) és Ossi (“keleti”) kifejezések különböző megközelítéseket jelentettek a világhoz: az egykori versenyképes és agresszív, annak a terméke, amit a németek a Nyugat “könyöktársadalmának”neveznek; ez utóbbi passzív és indolens, a kommunista rendszer Fojtogató biztonságának terméke. A PDS a keleti elégedetlenségek politikai hangjává vált, erős, ha lokalizált Támogatással az új L-ben. Sőt, a neofasiszta Német Népi Unió (Deutsche Volksunion), Gerhard Frey milliomos kiadó vezetésével, jelentős támogatást kapott Kelet-Németország munkanélküli munkavállalók tömege között. Az egyesülés miatti neheztelés és kiábrándultság mellett, amelyet sok keleti és néhány nyugati érzett, ott volt a probléma, hogy megbékéljünk a 40 éves diktatúra által hagyott örökséggel. Kelet-Németország kifejlesztett egy nagy és hatékony biztonsági apparátust (Stasi), amely professzionális és amatőr informátorok széles hálózatát alkalmazta. Amint ennek a szervezetnek az aktáit nyilvánosságra hozták, a keletnémetek felfedezték, hogy számos prominens állampolgáruk, valamint néhány barátjuk, szomszédjuk, sőt családtagjaik is a Stasi bérszámfejtésén voltak. Ezeknek a kinyilatkoztatásoknak a megbékélése—jogilag, politikailag és személyesen—tovább növelte az egyesülés utáni évtized feszültségét.
az egyesüléssel kapcsolatos problémák, valamint a saját pártjában zajló botrányok ellenére Kohl szűk győzelmet aratott 1994-ben. 1996-ban felülmúlta Adenauer rekordját, mint Bismarck óta a leghosszabb ideig szolgáló német kancellár. Ennek ellenére népszerűsége egyértelműen csökkent. A saját pártján belüli kritika egyre intoleránsabb, Kohl megalázó vereséget szenvedett, amikor első elnöki választását elutasították. Ehelyett 1994 májusában megválasztották Roman Herzogot, a Szövetségi Alkotmánybíróság elnökét, aki hatékonyan és kecsesen teljesítette feladatait. Ahogy Németország felkészült az 1998-as választásokra, gazdasága megingott—a munkanélküliség meghaladta a 10 százalékot, és kétszerese volt annak Kelet-Németország nagy részén—, Kohl pártjának néhány tagja nyíltan remélte, hogy félreáll egy új jelölt mellett; ehelyett a kancellár ismét indult, koalíciója pedig vereséget szenvedett, véget vetve 16 éves kancellári posztjának. Kohlt a kancellári posztra Gerhard Schr Dzccder, az SPD pragmatikus és fotogén vezetője váltotta, aki koalíciót kötött a zöld párttal.