a középkori időszak
a japán filozófia középkori szakasza a 12.század végétől a 16. századig terjedt, a társadalmi és politikai felfordulás korszaka. Az arisztokrácia hatalmának megszűnésével és a szamuráj osztály politikai és katonai dominanciára emelkedésével a klasszikus korszak központi udvari élete elvesztette vonzerejét. A visszatérő háborúkkal és a természeti katasztrófák szokatlan sorozatával szembesülve sok Japán elvesztette érdeklődését a Shingon és Tendai kozmikus látomásai iránt. Ehelyett egy olyan vallási filozófiát reméltek, amely a békés mindennapi élet vezetésére irányul az egyre turbulensebb világban. A buddhista szakadár csoportok (pl. Tiszta Föld, Zen és Nichiren) a megalapozott intézményeken kívül gyökeret vertek.
a Kamakura-korszakban (1185-1333)—amikor Japánban megalapították a feudalizmust, a sógunátust (katonai diktatúra) és a szamuráj harcos osztályt-új buddhista iskolák egyesültek egy sor gondolkodó köré, köztük H. A. (1133-1212), Shinran (1173-1263), D. A. (1200-53) és Nichiren (1222-82). H. A. és Shinran, a japán buddhizmus két fő Tiszta Föld formájának alapítói elemezték az emberi gyengeséget és annak szükségességét, hogy bízzunk Amida Buddha Megváltó erejében, a fény buddhájában, aki a tiszta földön való újjászületést ígérte a hívőknek. A Zen meditációt a tudattal és az énnel kapcsolatos filozófiai problémák elemzésére használta. Nichiren magasztalta a Lótusz Szútra iránti odaadás erejét és a bodhiszattva ideálját, vagy ” leendő buddha.”E gyakorlat alátámasztására kidolgozott egy történelemfilozófiát és más buddhista iskolák kritikáját.
különbözőségeik ellenére a Kamakura filozófusok azon fáradoztak, hogy egyszerűsítsék a buddhista gyakorlatot, és hozzáférhetővé tegyék azt minden osztály laikusai számára. A legtöbb japán buddhista még ma is gyakorolja a vallási élet formáit, amelyek a Kamakura időszakban alakultak ki. E gondolkodók filozófiája továbbra is számos Japán kulturális feltételezést befolyásol. A Zen nem a megvilágosodás eszközeként, hanem öncélként helyezte a hangsúlyt a fegyelemre, míg a spirituális önellátás tiszta földi kritikája megerősítette az én mint elszigetelt ego felfogásának bizalmatlanságát. A japán esztétikai elméletek tovább fejlődtek a középkorban, és egyre inkább tükrözték a buddhista témákat az elkülönülésről, a szigorú gyakorlatról és a mindennapok ünnepléséről. A középkor folyamán a Shint-ok gondolkodása és gyakorlata lényegében felszívódott a buddhista vallási hegemóniába. A konfuciánus filozófia ebben az időszakban alig fejlődött kritikusan.