Lathrop részt vett Vassar Főiskola, 1880-ban érettségizett. A következő 10 évben apja ügyvédi irodájában dolgozott, és különböző reformmozgalmak iránt érdeklődött. 1890-ben Chicagóba költözött, és csatlakozott Jane Addams-hez az újonnan alapított Hull House településen. 1893 júliusában a kormányzónál John P. Altgeld kinevezése, helyet kapott a Illinoisi jótékonysági Testület. Ez volt az első alkalom, hogy vállalja azt a fáradságos, részletes és szenvedélyesen odaadó munkát, amely jellemezni fogja karrierjét. Lathrop azonnal megkezdte az állam mind a 102 megyei alamizsnájának és gazdaságának személyes ellenőrzését. 1893-94 telén félbeszakította ezt a munkát, hogy ellenőrizze a Megyei Jótékonysági intézményeket szakács megye. A szakács megyei kórházról, menedékjogról és más intézményekről szóló éles leírásait fejezetként nyomtatták ki a Hull-House Térképeiben és papírjaiban (1895). Lathropot különösen zavarta az elmebetegekkel való bánásmód, akiket gyakran a fizikailag betegekkel együtt dobtak be, anélkül, hogy gondoskodtak volna a fiatalok és az idősek elválasztásáról. Ellenőrzései óta a mentális betegek extramuralis gondozásának erős szószólója volt, majd 1909-ben alapító tagja lett Clifford W. Beers ‘ s Országos mentálhigiénés Bizottság. 1901-ben lemondott az Illinoisi jótékonysági Testületről, hogy tiltakozzon a hatáskörébe tartozó intézmények többségének személyzetének alacsony minősége ellen. 1905-től ismét az igazgatóságban szolgált, amíg 1909-ben el nem fogadták az átszervezési tervét.
Lathrop érdeklődése a képzett személyzet megtalálásának problémája iránt a közintézmények alkalmazottai számára arra késztette, hogy csatlakozzon Graham Taylorhoz a Chicagói Társadalomtudományi Intézet 1903-04-ben. Rendszeresen tartott előadásokat az iskolában, amelyet rövidesen átneveztek Chicago School of Civics and Philanthropy – ra, és 1907-ben Sophonisba Breckinridge segítségével megalapította kutatási osztályát, és egy évig igazgatóként szolgált. Az iskola megbízottjaként folytatta, amíg az 1920-ban a Chicagói Egyetem szociális szolgáltatási igazgatásának iskolájává nem vált. Más területeken is tevékenykedett: 1899-ben csatlakozott Lucy Flower-hez abban a kampányban, amely szakács megyében biztosította a világ első fiatalkorúak Bíróságának létrehozását. 1908-ban csatlakozott Breckinridge-hez és Grace Abbotthoz az Immigrants’ Protective League megalakításában.
1912-ben William Howard Taft elnök Lathropot nevezte ki az újonnan létrehozott Amerikai Kereskedelmi és Munkaügyi Minisztérium Gyermekirodájának élére. Ő volt az első nő, aki törvényes szövetségi irodát vezetett az elnök kinevezésekor a Szenátus beleegyezésével. Korlátozott költségvetéssel és személyzettel először tanulmányt készített a csecsemőhalandóságról, és kidolgozta az egységes születési nyilvántartás tervét. Az elnökség későbbi tanulmányai a gyermekmunkára, az anyák nyugdíjára, az illegitimitásra, a fiatalkori bűnözésre, a táplálkozásra és az értelmi fogyatékosok kezelésére összpontosítottak. A Keating-Owen Gyermekmunkáról szóló törvény 1916-os elfogadását követően az irodán belül létrehoztak egy Gyermekmunkaosztályt annak érvényesítésére, Lathrop pedig régi munkatársát, Abbottot hozta be a divízió irányítására. (A törvényt 1918-ban alkotmányellenesnek nyilvánították, csakúgy, mint az 1919-es második törvényt 1922-ben.) Az I. világháború alatt az elnökség további felelősséget vállalt a katonák és a dolgozó anyák gyermekeiért és más ügyekért. 1918-19 folyamán Lathrop a szociális munka Országos Konferenciájának elnöke is volt.
Lathrop keményen kampányolt a Sheppard-Towner törvényért is, szövetségi forrásokat kínálva az államoknak anyasági és csecsemőgondozási programokra, amelyet röviddel azután fogadtak el, hogy egészségügyi okokból 1921-ben lemondott. (Abbott utódja volt. 1922-től az Illinois állambeli Rockfordban élt. Ebben az évben megválasztották az Illinois női szavazók Ligájának elnökévé, ugyanebben az évben kinevezték egy elnöki bizottságba, amely a bevándorlási állomás körülményeit vizsgálta Ellis Island, New York. Különböző folyóiratokba írt cikkeket, valamint egy fejezetet a gyermekhez, a klinikához és a bírósághoz (1925). 1925-től 1931-ig a Népszövetség Gyermekjóléti Bizottságának értékelője volt.
