Dr. Kagan 2007 májusa óta nyolc harctéri körözést hajtott végre Irakban az MNF-I parancsnoksága alatt, amelyek közül három Afganisztánban volt az Egyesült Államok Központi parancsnoksága (CENTCOM) és a Nemzetközi Biztonsági Segítségnyújtási erő (ISAF) számára. 2008 októberében a multinacionális erők-Irak-Egyesült Államok iraki missziójának közös Kampányterv-értékelő csoportjában, 2009 januárjában pedig a CENTCOM stratégiai felülvizsgálatának Polgári tanácsadó csoportjának részeként szolgált. Kagan Kabulban szolgált Stanley McChrystal tábornok Civil szakértőkből álló stratégiai értékelő csoportjának tagjaként a stratégiai felülvizsgálat során 2009 júniusában és júliusában. 2010 nyarán visszatért Afganisztánba, hogy segítse David Petraeus tábornokot az átmeneti feladatokban, miután átvette afganisztáni parancsnokságát. Kagan a CENTCOM Afganisztán-Pakisztán kiválósági központjának tudományos tanácsadó testületében is szolgál.
Kagan a Háborúkutató Intézet (ISW) alapítója és elnöke. Az ISW úgy írja le magát, mint egy “pártatlan non-profit agytröszt, amely kifejezetten a védelmi és külügyi kérdésekkel kapcsolatos kutatásokat és elemzéseket kíván nyújtani. Az ISW átfogó jelentéseket készít a háború valóságáról; összpontosítva a katonai műveletekre, az ellenséges fenyegetésekre és a politikai trendekre a különböző konfliktusövezetekben”.
május 25-én, 2010, Kagan részt vett egy eligazítást Capitol Hill középpontjában az iraki politikai válság, amely tartalmazza észrevételeit Iraki Nagykövet Samir Sumaidaie és Dr. Kenneth Pollack, vezető munkatársa a Brookings Institution. Kagan részt vett a Brookings Intézet rendezvénye “Afganisztán jövőjének kilátásai: az afgán elnökválasztás eredményének értékelése” címmel dr. Michael E. O ‘ Hanlon mellett.
Kagan szervezete, az ISW finanszírozta egy 34 perces dokumentumfilm elkészítését, a túlfeszültség: az elmondhatatlan történet a CIA igazgatójával, David Petraeus tábornokkal, az ISW elnökével, Jack Keane amerikai hadsereg tábornokkal (ret.) és James Dubik LTG (ret.) leírja az iraki túlfeszültség-stratégiát, és azt, hogy egyes magas rangú amerikai tisztek azt állítják, hogy pacifikálták az országot, és így megnyerték a háborút.
Keane tábornokkal együtt Kagan a Spirit of America tanácsadó testületének tagja, egy 501(c)(3) szervezet, amely támogatja a külföldön szolgáló amerikaiak biztonságát és sikerét, valamint a helyi embereket és partnereket, akiknek segíteni akarnak.
