Kocuria rhizophila DC2201(= NBRC 103217)

647>

a talaj Actinomycete kocuria rhizophila egy coccoid, Gram-pozitív baktérium. A Micrococcaceae családba tartozik a Micrococcineae alrendben, egy divergens baktériumcsoport, amelyről jelenleg csak korlátozott mennyiségű genomikai információ áll rendelkezésre. A típus törzse K. a rhizophilát (DSM 11926t) a keskenylevelű gyékény (Typha angustifolia) rizoszférájából izolálták. A Kocuria nemzetséget a Micrococcus nemzetségből hozták létre a Micrococcus nemzetség filogenetikai és kemotaxonómiai boncolása alapján. A Kocuria nemzetség tagjait különféle természetes forrásokból izolálták, beleértve az emlősök bőrét, a talajt, a rizoszférát, az erjesztett ételeket, a klinikai mintákat, az édesvizet és a tengeri üledékeket. K. a rhizophila ATCC 9341, korábban Micrococcus luteus, számos alkalmazásban minőségellenőrző törzsként van kijelölve, beleértve a különféle antibiotikumok érzékenységi vizsgálatait is. A K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) az IFO 12708-ból származik, és számos szerves oldószerrel szemben toleranciát mutató törzsként jellemezték. A kis genomméret, a gyors és nagy sejtsűrűségű növekedés képessége, valamint a sejtek robusztussága különböző növekedési körülmények között rendkívül előnyös lenne a bakteriális biokonverziós rendszer kifejlesztéséhez, amely zord körülmények között, például szerves oldószerekben használható.

a K. rhizophila dc2201 (= NBRC 103217) genomjának szekvenálása és annotálása egyetlen kör alakú kromoszómát mutatott ki (2 697 540 bp; G+C tartalom 71,16%), amely 2356 előre jelzett fehérjét kódoló gént tartalmazott. A legtöbb előre jelzett fehérjék (87.7%) ortológ volt az aktinobaktérium fehérjékre, és a genom meglehetősen jó szintet mutatott a taxonómiailag rokon aktinobaktérium genomokkal. Másrészt úgy tűnik, hogy a genom sokkal kisebb számban kódolja a másodlagos anyagcseréhez szükséges fehérjéket (a nemriboszomális peptid-szintetáz és a III-as típusú poliketid-szintáz mindegyikét), a transzkripciós szabályozást és a laterális géntranszfert, tükrözve a kis genomméretet. A növényi anyagok bomlásából származó fenolos vegyületek átalakulásának valószínű metabolikus útjai, valamint a membrán transzporthoz kapcsolódó nagyszámú gén jelenléte, különösen az aminosav transzporterek és a gyógyszer efflux szivattyúk hozzájárulhatnak a szervezet gyökérváladékainak felhasználásához, valamint a különböző szerves vegyületek toleranciájához.

ez a munka a japán new Energy and Industrial Technology Development Organization (Nedo) “az ipari Bioprocesszorok technológiai infrastruktúrájának fejlesztése” projekt részeként zajlott.

fotó:
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

az oldal tetejére