esettanulmány
a beteg egy 3 éves lány volt, akinek Hirschsprung-kór teljes vastagbélformája volt. Az élet 2. napján (27 Április 2006) az atresia miatt a vékonybél elzáródásának sürgősségi műtétét végezték el, 31 cm vékonybél eltávolításával, majd terminális ileostomia és kolosztómia. Ezután teljes parenterális táplálkozásra volt szükség. Augusztus 25-én 2006, szubkután beültethető ér-hozzáférési port (szakács spektrum központi vénás katéter, szakács Írország Ltd.) a nutricath (Vygon, Franciaország) katéter véletlen eltávolítása után otthoni parenterális táplálkozásra helyezték.
négy hónappal később (2006 decemberében) az első szeptikus epizódot figyelték meg, hét pozitív vérmintát vettek a katéteren keresztül és egy perifériás vénából. A láz a vankomicin (40 mg/ttkg/nap, 10 nap) és a gentamicin (3 mg/ttkg/nap, 2 nap) kombinálásával végzett antimikrobiális kezelés megkezdése után azonnal megszűnt. A vér izolátumait először Micrococcus spp-ként azonosították. rutin biokémiai galériák felhasználásával, majd kocuria rhizophila néven molekuláris eszközök felhasználásával. Ezt követően a K. rhizophila hét másik szeptikus epizódját figyelték meg (kettő 2007-ben, négy 2008-ban és egy 2009-ben), és ugyanazzal az antimikrobiális terápiával oldották meg. Mivel azt feltételezték, hogy a katéter kolonizációja okozza a szepszist, az etanol záródik (70% etanolt csepegtetünk a katéter lumenébe 12 órán keresztül, majd kivesszük a katéter lumenéből; ezután izotóniás nátrium-klorid öblítést végeztünk) a katéterben az elmúlt négy epizód során szisztémás antibiotikumokkal társultak (17). Az utolsó szeptikus esemény idején, 2009-ben, egy lyukat észleltek a katéterben, amelyet egy speciális javító készlet segítségével javítottak meg. 2009 áprilisa után nem figyeltek meg új szeptikus epizódot.
a 3 éves időszak alatt (2007-2009), a BacT/Alert háromdimenziós (3D) rendszer (biomingonlagrieux, Marcy l ‘ Etoile, Franciaország), összesen 22 pozitív vérkultúrát kaptunk, 21 mintát a katéterből, egyet pedig perifériás vénából. Az összes tenyészet Gram-pozitív kókuszokat eredményezett, amelyek párokban, tetrádokban és klaszterekben fordultak elő, amelyeket előzetesen alapvető jellemzőkkel rendelkező Mikrokokkusz fajként azonosítottak. A kolóniák aerob körülmények között nőttek, sima és kör alakúak voltak, citromsárga árnyalattal vagy krémszínnel a vér agaron. Az izolátumok kataláz-pozitívak, oxidáz-negatívak, bacitracinra érzékenyek és furazolidonra rezisztensek voltak. Csak néhány pozitív reakciót találtak az ID 32 Staph galériával (biomingonitrieux), így a staphylococcus auricularis gyenge, 57% – os valószínűséggel jött létre. 2006-ban és 2007-ben a klinikai törzset Mikrokokkusznak tekintették, az azonosítási folyamat során más vizsgálat nélkül. 2008-ban használtuk a Vitek 2 ID-GPC kártyát (biomon! – au), amely Kocuria varianokat eredményezett látszólagos “kiváló” megbízhatósági pontszámmal (98%). Csak egyetlen diszkordáns tesztet (karbamidot) mutatott, mivel negatívnak tűnt erre a fajra, míg a K. varians izolátumok 87% – ában pozitívnak kell lennie. Annak érdekében, hogy tisztázzuk ezt a diszkordáns tesztet és megerősítsük a K. varians-t, 16S rRNS génanalízist használtunk. A DNS-extrakciót és a 16S rRNS génszekvencia-elemzést a korábban leírtak szerint végeztük (16). Az eljárást 11 klinikai izolátumon hajtották végre: négyet 2006-ban, hatot 2008-ban, egyet pedig 2009-ben gyógyítottak meg. Meglepő módon az összes kapott szekvencia teljes azonosságot mutatott a GenBank nukleotid adatbázisban letétbe helyezett K. rhizophila-val. A K. rhizophila izolátum 16S rRNS génszekvenciája 98% – os (457/466) hasonlóságot mutatott a K. rhizophila DC22201 törzs 16S rRNS génjével (GenBank csatlakozási szám. NC010617), és hasonlóságot mutatott 10 másik K. rhizophila törzs szekvenciáival, köztük Kovács történelmi típusú K. rhizophila TA68T törzsével (GenBank csatlakozási szám. NR_026452; hasonlóság 99%) és Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank csatlakozási szám. NC012803; hasonlóság 93%). Más Kocuria Fajok hasonlóságot mutattak 451/462 a Kocuria carniphila és 452/467 a Kocuria marina esetében. Végül és a közelmúltban mátrix-asszisztált lézeres deszorpciós ionizációs–repülési idő tömegspektrometria (MALDI-TOF MS) a korábban leírtak szerint (6), megerősítve a törzset, mint K. rhizophila. Négy klinikai izolátum spektrális profilja megegyezett a K. rhizophila típusú törzs spektrális profiljával (ábra. 1) és meglehetősen különbözik a kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea és Kocuria varians profiljától, amelyek mind megtalálhatók az Andromas adatbázisban. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.A vankomicin esetében 5 mg/liter, a teikoplanin esetében 1 mg/liter.
MALDI-TOF MS spektrális profilok. Négy felső sor, négy klinikai K. rhizophila izolátum a betegünktől; utolsó sor, az Andromas adatbázisban használt K. rhizophila típusú törzs.
a klinikai izolátumok genotipizálása az önkényesen alapozott PCR technikával hosszabb rámpaidőket igényelt, amint arról Ellinghaus et al. (8). A nyolc szeptikus Epizód 9 reprezentatív izolátumán végezték el, és ugyanazt a mintát mutatták, ami egy klonális K-t képvisel. rhizophila törzs visszanyert 3 év (ábra. 2).
a K. rhizophila törzsek önkényesen alapozott PCR mintái. Sávok: M, DNS létra; 1, DSM 11926 típusú törzs; 11, K. rhizophila egy másik betegtől (az 1. és 11. sáv törzsei nem kapcsolódnak egymáshoz); 2 és 3, két izolátum az első szeptikus epizódból; 4, izolátum a második epizódból; 5, izolátum a harmadik epizódból; 6, izolátum a negyedik epizódból; 7, izolátum az ötödik epizódból; 8, izolátum a hatodik epizódból; 9, izolátum a hetedik epizódból; 10, izolátum az utolsó szeptikus epizódból; 12, negatív kontroll. A 2-10 sávok hasonló mintázattal rendelkeznek, ugyanazt a törzset jelezve.
Mikrokokkális fajokat találtak a porban, a talajban, a vízben és az élelmiszerekben, valamint az emberek és állatok bőrén és nyálkahártyáján. Ezeknek a fajcsoportoknak a tagjai olyan fertőzéseket is okoznak, mint a meningitis, endocarditis és tüdőgyulladás, különösen immunhiányos betegeknél, valamint a beültetett vagy behelyezett eszközökkel kapcsolatos fertőzések (18, 21, 30). A közelmúltban létrehozott Kocuria nemzetség közül a dokumentált emberi fertőzéses esetek korlátozottak. A K típusú faj. beszámoltak arról, hogy a rosea katéterrel kapcsolatos bakterémiát okoz (2). A nemzetség másik tagja, a K. kristinae szintén beszámoltak arról, hogy katéterrel kapcsolatos bakterémiát okoz petefészekrákban (3) vagy akut kolecisztitiszben (14) szenvedő betegeknél. 2009-ben a K. marina által okozott peritonitis két esetét Lee et al. (12). Újabban, 2010-ben, Lai et al. (11) a Kocuria sp által okozott katéterrel kapcsolatos bakterémia és fertőző endocarditis., mivel Tsai et al. (27) K. varians fertőzést jelentettek agyi tályoggal kapcsolatban.
Míg K. a rhizophila-t olyan élelmiszerekből izolálták, mint a sajt (7) és a csirkehús (1), tudomásunk szerint a K. rhizophila emberi fertőzésről szóló második jelentés a Becker által leírt első után et al. 2008-ban (4). Míg a 3 éves perzisztens K. rhizophila törzsünk forrása nem volt világos, lehetséges, hogy a beteg rezidens bőrflórájának része volt, több alkalommal kolonizálta az intravaszkuláris eszközt. A hosszú távú intravaszkuláris eszköz (3 év) valószínűleg rést biztosított a perzisztens K. rhizophila törzs számára, amely az eszköz lyukán keresztül ismétlődik. Úgy tűnt, hogy a sérült eszköz javítása eddig megakadályozta az új szeptikus epizódok előfordulását. Az egész kórterem személyzetét gyakran emlékeztetik az aszeptikus protokoll szigorú alkalmazására a központi vénás katéter kezelésével kapcsolatban. Jelenleg a gyermek jó egészségben van, mindig folyékony széklet van. A parenterális táplálkozás heti 5 napra csökkenthető.
az ID 32 Staph galéria nem tette lehetővé k megbízható azonosítását. rhizophila mivel a kereskedelemben kapható diagnosztikai készlet adatbázisa csak korlátozott számú mikrokokkális fajt tartalmaz, nem terjed ki a nemrégiben leírt fajokra, és nem tükrözi a Stackebrandt et al. (23). A Vitek 2 ID-GP kártya kétértelműen azonosított több Kocuria fajt (K. varians, K. kristinae és K. rosea), de nem K. rhizophila. Sőt, a koaguláz-negatív staphylococcusok téves azonosítása Kocuriaként a Vitek 2 rendszer standard biokémiai elemzésével nem ritka, a fenotípusos variabilitás miatt (5). Ezzel szemben a 16S rRNS génelemzés vagy a MALDI-TOF MS alkalmazása megfelelő volt a K. rhizophila pontos azonosításához.
jelenleg kevés adat áll rendelkezésre a Kocuria spp antimikrobiális érzékenységéről. vagy más mikrokockákat, sőt, a súlyos fertőzések általánosan elfogadott terápiás rendjét még nem határozták meg. 1995-ben von Eiff et al. (29) több gyógyszer Mic-je 188 mikrokokális törzsön: a rifampin, a penicillin, az imipenem, az ampicillin, a klindamicin, a cefotaxim, a vankomicin/teikoplanin és a gentamicin Mic-je (mg/liter) sorrendben 0,031, 0 volt.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, és 1, míg az amikacin, eritromicin, foszfomicin és fuzidinsav MIC90s értéke >2 mg/liter volt. Esetünkben a törzs érzékeny volt a vankomicinre és a gentamicinre, és e két gyógyszer kombinációja mindig lehetővé tette a vérkultúrák sterilizálását.
összefoglalva, ha a mikrokoccira emlékeztető organizmust ismételten izolálják a vérkultúrákból, fontos a rutin biokémiai rendszerektől eltérő eszközök használata, mint például a 16S rRNS génszekvenálás vagy a MALDI-TOF MS, a fajok pontos azonosításához. Javasoljuk továbbá, hogy gondosan ellenőrizze a hosszú távú intravaszkuláris eszközök integritását,és javítsa meg a megmentett központi vezetékek károsodását.
nukleotidszekvencia csatlakozási szám.
a K. rhizophila izolátum 16S rRNS génszekvenciáját jq272742 csatlakozási szám alatt nyújtották be a Genbankhoz.
