Abstract
Sebbene i genomi dei mammiferi siano diploidi, studi precedenti hanno ampiamente studiato le architetture medie della cromatina senza considerare le differenze tra cromosomi omologhi. Abbiamo generato set di dati Hi-C, ChIP-seq e RNA-seq da cellule T CD4 di topi B6, Cast e ibridi, per studiare l’organizzazione diploide della cromatina e la regolazione epigenetica. I nostri dati indicano che i modelli di interazione inter-cromosomica tra cromosomi omologhi sono simili e la somiglianza è altamente correlata con i loro livelli di coespressione allelica. La ricostruzione del nucleo 3D ha rivelato che le distanze dei cromosomi omologhi al centro del nucleo sono quasi le stesse. Le interazioni inter-cromosomiche alle estremità del centromero sono significativamente più deboli di quelle alle estremità dei telomeri, suggerendo che si trovano in diverse regioni all’interno dei territori cromosomici. La maggior parte dei compartimenti A|B o dei domini topologicamente associati (TAD) sono coerenti tra B6 e Cast. Abbiamo trovato che il 58% degli aploidi negli ibridi mantiene il loro stato di compartimento parentale a compartimenti divergenti B6/Cast a causa dell’effetto cis. Circa il 95% dei compartimenti divergenti B6/Cast trans-effettuati convergono allo stesso stato del compartimento potenzialmente a causa di un ambiente cellulare condiviso. Abbiamo mostrato che i geni espressi in modo differenziale tra i due aploidi nell’ibrido erano associati a effetti genetici o epigenetici. In sintesi, i nostri dati multi-omici dei topi ibridi hanno fornito informazioni specifiche aploidi sull’architettura nucleare 3D e una ricca risorsa per comprendere ulteriormente la regolazione epigenetica dell’espressione genica specifica aploide.
