La classificazione tradizionale ha imposto una divisione in forme simili a piante e animali sugli eucarioti unicellulari, o protisti; in una visione attuale i protisti sono un insieme diversificato di gruppi simili a piante, animali e funghi. La classificazione di questi in phyla è difficile a causa della loro struttura relativamente semplice e del record geologico limitato, ma lo studio dell’ultrastruttura e di altre caratteristiche sta fornendo nuove informazioni sulla classificazione protista. Le possibili classificazioni sono discusse, e una classificazione sommaria del mondo vivente in regni (Monera, Protista, Funghi, Animalia, Plantae) e phyla è suggerito. Questa classificazione suggerisce anche raggruppamenti di phyla in superphyla e form-superphyla, e un Protista del regno allargato (incluse alghe verdi, oomycotes e muffe melmose ma escluse le alghe rosse e brune). La classificazione cerca quindi di offrire un compromesso tra il protist e protoctist regni di Whittaker e Margulis e di combinare un elenco completo di phyla con il raggruppamento di questi per il trattamento sinottico.
