Intero Genoma Sequenze di Cinque Ceppi di Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528, e NCTC7511

ANNUNCIO

Kocuria rosea è un non sporigeni, aerobica, ossidasi negativi, catalasi-positivi, Gram-positivi, asporigeni batterio che si sviluppa a pianta circolare, liscia, di colore rosato colonie su agar nutritivo. Questo organismo è tradizionalmente conosciuto come saprofita ed esiste comunemente nell’ambiente naturale (suolo, acqua e aria) (1). K. rosea è anche un commensale della pelle umana e dell’orofaringe ed è molto raramente un patogeno umano, anche se a causa di potenziali errori di identificazione e micrococci considerati come contaminanti, il suo ruolo nell’infezione potrebbe essere sottovalutato (2). K. rosea è stato descritto come un agente patogeno opportunistico; è noto per causare malattie correlate ai dispositivi medici nell’immunocompetente e in quelli con condizioni sottostanti, ed è stato implicato in casi isolati di infezione del tratto urinario, batteriemia, endocardite e peritonite in quelli sottoposti a dialisi peritoneale (3-6). Le tecniche di identificazione fenotipica e biochimica potrebbero non riuscire a identificare correttamente K. rosea e potrebbero essere necessari metodi di identificazione basati sul genoma per costruire un quadro più completo della malattia causata da questo organismo (2). Attualmente, ci sono solo tre sequenze del genoma di progetto disponibili per i ceppi di K. rosea. Qui riportiamo sequenze genomiche aggiuntive di cinque ceppi depositati nella National Collection of Type Cultures (NCTC). Tre di questi genomi sono stati assemblati in un unico contig.

A causa della natura storica dei ceppi sequenziati in questo studio, la disponibilità di metadati è limitata. I record NCTC evidenziano che tutti e cinque i ceppi sono stati isolati prima del 1949. In particolare, tutti sono elencati in uno studio condotto nel NCTC alla fine degli anni ‘ 40, il cui scopo era quello di fornire un sistema di classificazione ubiquitamente utile per cocchi gram-positivi aerobici catalasi-positivi esaminando 431 ceppi per caratteristiche morfologiche, caratteristiche biochimiche e sensibilità a due batteriofagi (7). È anche noto che NCTC7512, NCTC7514 e NCTC7528 facevano parte della Collezione Kral, una delle prime collezioni di colture microbiche al mondo che operò dal 1890 al 1911.

I cinque ceppi NCTC sono stati recuperati da ampolle liofilizzate, coltivate su agar nutritivo e incubate a 37°C per 48 h. Il DNA genomico è stato estratto dalle colture pure utilizzando il kit Qiagen midi e una punta genomica da 100/G (Manchester, UK). Il sequenziamento dell’intero genoma (WGS) è stato eseguito utilizzando la piattaforma Pacific Biosciences (PacBio) RS II. Il DNA è stato tagliato a 15 kb, seguito dalla preparazione di una libreria da 10 kb a 20 kb e dal sequenziamento utilizzando la chimica C4/P6.

Le letture di sequenza sono state assemblate utilizzando HGAP v3 del software di analisi SMRT v2.3. 0 (8). La copertura della piega da indirizzare quando si sceglie la lunghezza minima del frammento per l’assemblaggio è stata impostata su 30 e la dimensione approssimativa del genoma è stata impostata su 3 Mbp. Il gruppo è stato circolarizzato utilizzando Circlator v1.1. 3 (9). Infine, l’assemblaggio circolarizzato è stato lucidato utilizzando il protocollo PacBio RS_Resequencing e Faretra v1 del software di analisi SMRT v2.3. 0. L’annotazione automatica è stata eseguita utilizzando Prokka v1.5 e un database specifico del genere da RefSeq (10). Le statistiche riassuntive dei genomi dei cinque ceppi sono riportate nella Tabella 1.