Macklis ha ricevuto una doppia laurea in ingegneria bioelettrica e letteratura dal Massachusetts Institute of Technology. Ha ricevuto il suo M. D. e Ph. D. nel 1984 dal programma di Harvard-MIT di Scienze della salute e della tecnologia (HST), dove è stato consigliato da Richard L. Sidman. Ha completato una borsa di studio post-dottorato in neuroscienze dello sviluppo con Sidman. Macklis si è formato clinicamente in medicina interna al Brigham and Women’s Hospital (BWH) e in neurologia per adulti nel programma di formazione neurologica Harvard-Longwood.
Macklis ha stabilito per la prima volta il suo laboratorio nella divisione di scienze di base delle neuroscienze del Boston Children’s Hospital (BCH). Nel 2002, si è trasferito al Massachusetts General Hospital (MGH), dove è stato direttore fondatore del MGH-HMS Center for Nervous System Repair (2002-2011). Ha anche co-diretto il programma di malattia di Parkinson e disturbi correlati a BWH.
Nel 2004, Macklis ha fondato il Neuroscience / Nervous System Diseases Program presso l’Harvard Stem Cell Institute dell’Università di Harvard, che ha diretto fino al 2013. Nel 2007, Macklis è stato nominato professore Max e Anne Wien di Scienze della vita. Il suo laboratorio si trasferì fisicamente a Cambridge, MA nel 2011. È membro della facoltà dei corsi di laurea di Harvard in Neuroscienze; Scienze biologiche e biomediche; Biologia dello sviluppo e rigenerativa; e molecole, cellule e organismi; così come il programma HST di Harvard-MIT.
Macklis è diventato un investigatore distinto del gruppo Paul G. Allen Frontiers nel 2015. È diventato un investigatore della Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI) nel 2017.
